Detailed information on CNT30116141


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30554139Oryza nivaraOryza glaberrima53.5529.692.241560forward
CNT30370554Oryza nivaraOryza glumipatula23.4155.8698.68682forward
CNT30102331Oryza nivaraOryza rufipogon57.3334.8698.921670forward
CNT30576747Oryza nivaraOryza barthii53.5525.0992.181560forward

Expression of CNT30116141

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (53 aa)
MLCILSIERSELAVPFKLSLYLYVVPFKLSVYLYDLISECVILTTFLLMYLYV*

>peptide 2 (62 aa)
MADVLLTVLLRFYSLFGILLIGGFFVGMQPGLVYQPRYQSFACFTTNIEYCSERCCVSWVSA*

>peptide 3 (74 aa)
MPPSAYHCPSMLGGTLSLVIGPCAESAVGGSVYLHTYFASYVCKSFLDVLSCLSVLHIVCPEKEDFSVDICYPP*

>peptide 4 (75 aa)
MAGAWWSTMPLRAQKYRTRGYEDLCWALVGWLPGLVGLLPNTPFLLPNFSTMFSTNHASTISYGKATPYASALWR*

>peptide 5 (38 aa)
MALRQWWVALNCLNNTGFIYVNWVVLALTFSFAPCCLA*

>peptide 6 (36 aa)
MKLSYLVPIWCIRITLFSHVWWTGGVYVIHTCKLCQ*

>peptide 7 (32 aa)
MILGIIHLHQNGIFSYASSYMIPSIQVYAVYS*

>peptide 8 (46 aa)
MCHFNHFSLDVSLCLNISSINGACLYRTCAVECLRPSYSSFNILPS*

>peptide 9 (45 aa)
MFEYIVHKWSLSLSYMCSRVPETLLFFIQYIAVVTCMKHRSLFGL*

>peptide 10 (44 aa)
NVLSCYVSLSWFCFPSFQMKLVLVNQCSVPLHSIVFSQLSCLFI*

>peptide 11 (41 aa)
MTTKNKLAVFCCWPYGETMGVWDSSALVMPLGLDGPSLLQYY

Sequence

>CNT30116141
GAATGTCCTATCTTGCTATGTTTCTTTAAGTTGGTTCTGTTTTCCTTCCTTCCAAATGAAATTGGTTCTTGTGAATCAATGTAGCGTCCCTTTACACAGT
ATTGTTTTCTCCCAGTTGTCTTGTCTTTTTATTTGACTTTTCATATATGTAAGGGAAAGAAGAAGGCCTTAGAGAAAAAAAAGTAGAAAAAGGAAAATAA
GATAGGGGTAAGCTCATCCTAGAACCCTAGTTGGCTTGCAGTCACCTTCTTCCTCACCGCAATGGCTGGTGCCTGGTGGAGTACGATGCCTCTTAGGGCA
CAGAAGTATAGAACACGTGGGTATGAAGACCTATGTTGGGCTTTGGTGGGCTGGCTGCCTGGCTTAGTGGGCCTTTTACCAAATACCCCCTTTCTTCTTC
CTAATTTCTCTACCATGTTCTCCACTAATCACGCCTCAACCATCTCATATGGCAAAGCAACGCCTTATGCCTCAGCGCTATGGCGCTAAGGCAGTGGTGG
GTCGCGTTAAACTGCCTTAACAACACTGGTTTCATATATGTAAATTGGGTTGTACTTGCACTGACCTTTTCTTTTGCACCCTGTTGCCTTGCATAAATTT
GTTGGTACATGGCTGATGTTTTACTCACTGTTTTGTTAAGATTTTACAGTTTGTTTGGAATTTTGTTAATTGGTGGGTTTTTTGTTGGGATGCAACCGGG
CTTGGTCTACCAACCCAGATACCAATCCTTTGCTTGCTTTACCACTAATATTGAGTATTGTTCAGAAAGGTGCTGTGTGAGCTGGGTTTCTGCCTAGGAG
CTAGGTTACCTGTTAATACTTGTGCAGCAGGCGGGAGGATGCCGCCTAGCGCCTACCATTGCCCTAGTATGCTGGGTGGAACCTTGTCACTGGTTATAGG
TCCATGTGCAGAAAGTGCGGTAGGTGGGTCGGTCTACTTGCATACCTACTTTGCCTCGTATGTTTGTAAGAGTTTCTTGGATGTTCTATCTTGCTTATCT
GTACTGCATATAGTCTGCCCCGAAAAAGAAGATTTTTCTGTTGATATTTGTTATCCTCCATAATTAACTTCTCAGTGCCCTTATCATAGAATTATCTCCA
GGGAATGCCCTACGTTGTTTGCTCTTGTAGTTGGTTTTGTTTGCCTCCCTTCATATGAAAATTGGTTGTTGTGAACCAATGTAACCCTTTACATCCAGAC
GTCTTTTTTGTTTGTTTTCCCGTGGTGCTGACTTTTTGTTTTTAGTTCTATGAAGCTGAGTTATCTTGTTCCTATTTGGTGTATTAGAATAACGCTCTTT
TCACATGTTTGGTGGACAGGTGGAGTTTATGTTATTCATACATGCAAGTTATGTCAATGACACCTAACTGGTTTAGTTTAGATCCTTGTGTCTCATTGTC
TCCTTTGCAAGGCAGAAGTTCTATTTGATTAAAGCAATGCTGCAATGTATGTTGATTGTGAGGCAATGACTGAAAAGGATGATTATGAGAGCAATACTGA
ATCACCTGTCTGTTTGTATTAGTATGTGAGTGTGACAATAATATTAATGGCAACTATATCCTTCGTCATTAGCTGGAAGAACATTTTTTTTTGTTTTAAA
AAGCAAATATAGCTCGTGTGATAGTACTTTTTATCGGTCTGGTTACCAATTTGTAGTCATGTGCCCTCATGCTTTCATGTTTTGGGACTGTGTTGATTGC
TGTTAGGAGCCTTCAAAAGCTGCATGGTGTTGTATTTATTTTACTAATTTGCTAATTTGCATGTCTTGGTGAGTATTCAGGTGCTTTCTTTATGACTGAT
GATGCCTTCCCCATCTTTTCTTTTGCTATTTATTGGCTAGCTTAATCCAGAGTCTTATTCTGCTGTAGCTTTTGGGGATTAAGTTAGTTTTTAGTCGCAT
ATAGTGGAATTGATTGTCTTGTTTCAGCAAGCAAGATAAATTTCCACTCTTCCAACTGTATTATTTATTGCAAGCAAGATAAATTTCCACTCCTCCAACT
GTATTATTTATCTTTATGTAGAGCTCGCCCCCTGATTCTCGAGCGATGATCTTCTTCTCTCCTGAACCACTGACCATCACTTAGCCCAACCCACAACAAA
TCTGCTTTGTTCTTTCGTACTTACGACTGGTTACGTTAGTTGTGCAGGTGTGATGTCTGGTATATGACCAGAAGTTGCTCTGTGTGTTTGTAGTAGGGAT
TTGAACCGTGCCTTCTTGTTTAAATGTCATTTTATTGCTTTCATGGATGATCCTAGGTATCATTCACCTTCATCAGAACGGAATTTTCAGTTATGCTAGC
TCTTATATGATTCCATCTATACAAGTGTATGCTGTGTATTCTTAGTATTGAGCGTTCAGAACTTGCTGTTCCTTTTAAGCTCAGTTTGTATTTATATGTT
GTTCCTTTTAAGCTCAGTGTGTATTTATATGATTTGATTAGTGAATGTGTCATTTTAACCACTTTTCTCTTGATGTATCTTTATGTTTGAATATATCGTC
CATAAATGGAGCTTGTCTTTATCGTACATGTGCAGTAGAGTGCCTGAGACCCTCCTATTCTTCATTCAATATATTGCCGTCGTGACTTGCATGAAACATC
GTTCTCTTTTTGGACTTTGAGGCTCACTCTGAATTACTGTTGCCTGAATCTGTGATCGATAAGCTAATTATGTCTGGAGTCTGCTCATTCTCATGATATC
CCGTTTTCTTTACCGGATATGCTTGCAGGTGCTTCGTCGATTGTACCCGTTTGTACCTTACTAAACATGAGGGATTGTTCATGCAATGACGACTAAGAAT
AAACTGGCTGTATTTTGTTGCTGGCCCTATGGCGAGACCATGGGAGTATGGGACTCGAGTGCGCTAGTTATGCCGTTAGGATTAGATGGACCTAGTCTTT
TACAATACTACCC