Detailed information on CNT30691818


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30109604Oryza sativaOryza longistaminata9.7522.1287.41286forward
CNT30577250Oryza sativaOryza barthii7.1631.8790.95210forward

Expression of CNT30691818

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (48 aa)
MLIQVHICVSVSCSIYSLLEFFPLLFDSRRNTILSVLKGEKYANMLIR*

>peptide 2 (40 aa)
MLSHRMFGHMHGVLNVGKKAITQIACKLRDESFKPNCAMI*

>peptide 3 (37 aa)
MTILNSRGFTICCFQSLIFYIIIKHVPVSFLVSGPVV*

>peptide 4 (34 aa)
MNNLEVSIGFCAAKKNGVPEGEDSAGPGEVFTRH*

>peptide 5 (34 aa)
MVCRKEKIQLVQEKSLLVISSSNIALATACGKII*

>peptide 6 (32 aa)
VAKFAGKVLVSRIIFLRSIYRIRFLKGPKVRH*

Sequence

>CNT30691818
CTGTAGCAAAATTTGCCGGCAAGGTATTGGTTTCTAGAATAATTTTTTTAAGATCTATTTATAGAATAAGATTTTTAAAAGGACCAAAAGTTAGGCACTG
ATTAGTTCCCAAAACAAAAATTTTCATGCTATCACATCGAATGTTTGGACACATGCATGGAGTATTAAATGTAGGAAAAAAAGCAATTACACAGATTGCG
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GTTTATGTGTGTAGAAAAGTTTAATGTGATGGAAAAGTTGGAAGTTTAAAGAAAAACTTTGGATCTAAACACGGTGAAGACCTTAAAGAAAAATTCAGCT
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GCGTAGCTCCGGCCGCGCGGTGGCCGTTTGCCGGGTGGGTATCCCCCCGGTCGGCACACGCGCGTCACGGTGAAACGCAGCGCGGATCGCGTACGTGAAA
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TGCACGCGCATATAGTAGCTTTCGCACGGGTTAATTGATTAATCCTTAATTAATCGCGTCGCCTGCTGGTCTTGGGTCGTCGTCTTGGCACATGTGGTCT
TGTAGAAGCTACTACATGAAATAGCAGAAGCTATTTTTCCTCCCCGCGACCACCGGTCGACGCTGCATTGTTGGCACGTTTGCTCTGTCCCCTGGAATTT
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CAGCTGGTCCAGGAGAAGTCTTTACTCGTCATTAGCTCTTCAAACATCGCACTAGCGACAGCGTGTGGTAAAATCATTTGACGTGTTGATTAATAGTTGG
GATGCTGATTCAAGTTCACATTTGTGTGAGCGTCTCCTGTTCAATCTACTCGTTGCTTGAATTTTTCCCCCTTTTGTTCGACAGTCGGAGAAATACTATT
TTAAGTGTATTGAAGGGAGAAAAATACGCCAACATGCTAATAAGATAATCATGTTGATTAGTTGCAATGATGCCTTGAAAATTTGGGATCCCTTTCATCA
GAGAATTGTTAATTGTTGTTGAGGAAAATTGCAGGAATCCCTCTAAACTTGAAGTACAGTGCCGAACAAGTCCCTTGAACTTTAAAGTAAATTTGAAAAT
GTATAAAATCAACAATAAGGTTCAATTAGATCTCAATAAGTGTTTGCTTAGCTAAAAGTTTGGTGGTATACCTTAACTTTCTTCCTTCTGTTGAAAGTAT
ATACCAACAATTATTTTTCCTTATGTCCCCGC