« Back to Oryza barthii search


Detailed information on CNT30577682


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT004481, E-value = 2e-21

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30696000Oryza barthiiOryza sativa5.9527.0197.12104forward
CNT30555058Oryza barthiiOryza glaberrima64.759.181001131reverse complement
CNT30103412Oryza barthiiOryza rufipogon63.2252.7296.381105reverse complement

Expression of CNT30577682

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (66 aa)
MIFLIFYFLVHRLIMVCVVKYVHDVIPDASCVITKYFIKKLLFFNVFKCFDFFSIIILGLVYILEL*

>peptide 2 (52 aa)
MREFLHKPRVLMKITMLIFVLIWLSSIDKFTTNMGRCLQRWALRREQTNPPS*

>peptide 3 (32 aa)
EFTKYNQLYFSTPKNLPLFVETIYLITTHIIY*

Sequence

>CNT30577682
GAGTTTACCAAGTACAATCAACTATATTTCTCCACCCCTAAAAACCTTCCCCTGTTTGTCGAAACCATCTATTTGATCACAACACATATAATCTATTAAT
TTTCTTTAACTTTTTTTTCATCAAAACAGGTAAATCATAACTAAAAGCAGATGACATCACACCGAACCAGCGAGTAAGCCAAACTAACAAAACAAATGGT
TTACAAATTTAAAATGTCGTTGAAGCAGAAACACCCAACCTAAGTGCAATTGAACTAAAACAGTAAAAAAGAAAAAAAATGAGAGAATTTCTTCATAAGC
CTCGAGTATTAATGAAGATAACTATGCTTATCTTCGTCCTTATCTGGTTAAGTAGCATTGACAAATTCACCACCAACATGGGTCGTTGCTTACAACGTTG
GGCGCTTAGGAGAGAGCAGACCAACCCGCCAAGTTAGAGAATTTTTTTGTGTACCTACAAACATATATACGCTTTGCGTTAGGCACGAGATGAATTAAGT
TGACATATTATAAATATTAGGTCTTGTTTAGATCCCAAAAAATTTTGGCCAAAAACATCACATCAAATATTTGGACACATGCATAGGATATTAAATGTGG
AAAAAAAAACCAATTGCACAGTTTGTATGTAAATTGCGAGATGAATATTTTGAGCCTAATTACGCCATGATTTGACAATATGATGTTACAGTAAACATTT
GCTAACGACGAATTAATTAGGCTTAATAAATTTGTCTCGCAGTTTATAGGCGGAATCTATAATTTATTTTGTTATTAGTCTATGTTTAATACCCAAATAA
CTAAACACACCCTTACTTCTAAGATGAATTTTGATATAAATAGCCGAATGTAAACAACGCGAGACTCAAGAACGCGTGCTACTTAATTAGAGTAGTGCTT
AAGAAAAAAGAAAATTGAGTTACTAGTATGACATGACCACCAACGACTGTTGTCAAATTAAGCAAAATTGGTACTAGAGAATACAACTTTGCAGTACGAA
CATGTGCATTAGGTGGCAAATGGTAAAACAACGCTAGGATAGACTGAAAACAATCTGAGTGGTATACTCATGTGCTCCACCGTTATTAGCAGAAAGCTAT
TGGCGTAAGACGACACATAGTAAAGAGCTACATTTGCTCGATTTGCTTTTATACGTTTTTCTTTTAATTATATTAGATATTTTATTTAGTTTTTTTTATT
ATTTTTAGCTGTGTTACAAACTTTACATGTAACCCAAACCGTATAAAATTTTAAACGTTTTTTCCATTTAGACTTGCAGTTTTATTTTTTTAATATATTA
TATATTATCATATATCCGTATTTTTTACTCAAAAAATAAATCTAATTTTGTTTAGAATGATTTTTTTAATATTTTATTTTCTGGTACATAGGTTGATAAT
GGTCTGCGTTGTAAAATATGTGCACGATGTCATTCCGGATGCATCTTGTGTCATAACTAAATATTTCATAAAAAAACTATTATTTTTTAATGTTTTTAAA
TGTTTTGATTTTTTTTCTATAATAATTTTGGGTTTAGTGTATATTTTAGAGTTATAGCAGTAATATCGAGTATGTGTAGTATATCTAAAGAAGGAAAATT
AATGTAAATTCATTGTTTTAGATTTATTTTTTTGCTTAATAATTTTGAGTTTACTATATAATTCTAGAGTTATAGAAGTAGTACCGTGTGGTATATTTAT
AAAAGGCAAAGGAATAGAAGTTCGTGTGATTGAAAAGAGAGATAGTTT