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Detailed information on CNT30555058


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT002805, E-value = 5e-62

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30696000Oryza glaberrimaOryza sativa5.4427.0197.12104reverse complement
CNT30103412Oryza glaberrimaOryza rufipogon65.159.3596.381244forward
CNT30577682Oryza glaberrimaOryza barthii59.1864.71001131reverse complement

Expression of CNT30555058

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (31 aa)
MKYLVMTQDASGMTSCTYFTTQTIINLCTRK*

>peptide 2 (59 aa)
KITYGFKRLPKLSLFSITRTSIPLPFINIPHGTTSITLELYSKLKIIKQKNKSKTMNLH*

>peptide 3 (35 aa)
MWGGLANMYTHFGILQLGLTGIIDQSKLSSFFFNK*

Sequence

>CNT30555058
AAAAAATCACATATGGATTTAAGAGACTTCCAAAACTATCTCTCTTTTCAATCACACGAACTTCTATTCCTTTGCCTTTTATAAATATACCACACGGTAC
TACTTCTATAACTCTAGAATTATATAGTAAACTCAAAATTATTAAGCAAAAAAATAAATCTAAAACAATGAATTTACATTAATTTTCCTTCTTTAGATAT
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TGGAGCACATGAGTATACCACTCAGATTGTTTTCAGTCTATCCTAGCGTTGTTTTACCATTTGCCACCTAATGCACATGTTCGTACTGCAAAGTTGTATT
CTCTAGTACCAATTTTGCTTAATTTGACAACAGTCGTTGGTGGTCATGTCATACTAGTAACTCAATTTTCTTTTTTCTTAAGCACTACTCTAATTAAGTA
GCACGCGTTCTTGAGTCTCGCGTTGTTTACATTCGGCTATTTATATCAAAATTCATCTTAGAAGTAAGGGTGTGTTTAGTTATTTGGGTATTAAACATAG
ACTAATAACAAAATAAATTATAGATTCCGCCTATAAACTGCGAGACAAATTTATTAAGCCTAATTAATTCGTCGTTAGCAAATGTTTACTGTAACATCAT
ATTGTCAAATCATGGCGTAATTAGGCTCAAAATATTCATCTCGCAATTTACATACAAACTGTGCAATTGGTTTTTTTTTCCACATTTAATATCCTATGCA
TGTGTCCAAATATTTGATGTGATGTTTTTGGCCAAAATTTTTTGGGATCTAAACAAGACCTAATATTTATAATATGTCAACTTAATTCATCTCGTGCCTA
ACGCAAAGCGTATATATGTTTGTAGGTACACAAAAAAATTCTCTAACTTGGCGGGTTGGTCTGCTCTCTCCTAAGCGCCCAACGTTGTAAGCAACGACCC
ATGTTGGTGGTGAATTTGTCAATGCTACTTAACCAGATAAGGACGAAGATAAGCATAGTTATCTTCATTAATACTCGAGGCTTATGAAGAAATTCTCTCA
TTTTTTTTCTTTTTTACTGTTTTAGTTCAATTGCACTTAGGTTGGGTGTTTCTGCTTCAACGACATTTTAAATTTGTAAACCATTTGTTTTGTTAGTTTG
GCTTACTCGCTGGTTCGGTGTGATGTCATCTGCTTTTAGTTATGATTTACCTGTTTTGATGAAAAAAAAGTTAAAGAAAATTAATAGATTATATGTGTTG
TGATCAAATAGATGGTTTCGACAAACAGGGGAAGGTTTTTAGGGGTGGAGAAATATAGTTGATTGTACTTGGTAAACTCGCATGTGGGGAGGGCTAGCGA
ATATGTATACGCATTTCGGTATACTTCAGCTAGGTTTGACTGGAATCATCGACCAATCGAAACTGTCAAGTTTTTTTTTCAATAAATGAATGAATGGATG
GGACATGTTGC