Detailed information on CNT30103412


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30694625Oryza rufipogonOryza sativa6.6336.7794.24139forward
CNT30555058Oryza rufipogonOryza glaberrima59.3565.196.31244forward
CNT30577682Oryza rufipogonOryza barthii52.7263.2296.291105reverse complement

Expression of CNT30103412

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (35 aa)
MWGGLANMYTHFGILQLGLTGIIDQSKLSRFFFNE*

>peptide 2 (31 aa)
MKYLVMTQDASGMTSCTYFTTQTIINLCTRK*

>peptide 3 (39 aa)
MKKFSHFLFFFFFTVLVQLHLGWAFLLERHFKFVNRLFC*

>peptide 4 (60 aa)
KKITYGFKRLPKLSLFLITRTYIPLPFINIPHGTTSITLELYSKLKIIKQKNKSKTMNLH*

>peptide 5 (70 aa)
MSTKFISCLTQSVYMFVGTKKILQLGGLVCSLLSAQRCKQRPMLVVMLSMLLNQIRTKISIVIVINTRGL*

Sequence

>CNT30103412
AAAAAAAATCACATATGGATTTAAGAGACTTCCAAAACTATCTCTCTTTTTAATCACACGAACTTATATTCCTTTGCCTTTTATAAATATACCACACGGT
ACTACTTCTATAACTCTAGAATTATATAGTAAACTCAAAATTATTAAGCAAAAAAATAAATCTAAAACAATGAATTTACATTAATTTTCCTTCTTTAGAT
ATACTACACATACTCGATACTACTGCTATAACTCTAAAATATACACTAAACCCAAAATTATTATAGAAAAAAATCAAAACATTTAAAAACATTAAAAAAT
AATAGTTTTTTTATGAAATATTTAGTTATGACACAAGATGCATCCGGAATGACATCGTGCACATATTTTACAACGCAGACCATTATCAACCTATGTACCA
GAAAATAAAATATTAAAAAAAATCATTCTAAACAAAATTAGATTTATTTTTTGAGTAAAAAATACGGATATATGATAATATATAATATATTAAAAAAATA
AAACTGCAAGTCTAAATGGAAAAAACGTTTTAAATTTTATACGGTTTGGGGTTACATGTAAAGTTTGTAACACAGCTAAAAATAATAAAAAACTAAATAA
AATATCTAATATAGTTAAAAGAAAAACGTATAAAAGCAAATCGAGCAAATGTAGCTCTTTACTATGTGTTGTCTTACGTCAAATCGAATAAAGAATATTA
CTGTTGTAATAATTAATAATAATAAAAAGAACATGTAAAATATTATAGTTGTGCAATCTTGTGCATTACTGCATCTTTTGTCGAGTTGTACATGTGTTTT
CGTTCTTTCCTTTTCCAGCTCGCAGATATACCTTAATCTAACCATGATTTCACGGGGAACGCCAATAGCTTTCTGCTAATAATGGTGGAGCACATGAGTA
TACCACTCAGATTGTTTTCAGTCTATCCTAGCGTTGTTTTACCATTTGCCACCTAATGCACATATTCGTACTGCAAAGTTGTATTCTCTAGCACCAATTT
TGCTTGATTTGACAACAGTCTGGTGGTCATGTCATACTAGTAACTCAATTTTCTTTTTTCTTAAGCACTACTCTAATCAAGTAGCACGCGTTCATGAGTC
TCACGTTGTTTACATTCAGCTATTCATATCAAAATTCATCTTAAAAGTAAGGGTGTGTTTAGTTATTTGGGTATTAAACATAGACTAATAACAAAATAAA
TTATAGATTCCGCCTGTAAACTGCGAGACGAATTTATTAAGCCTAATTAATTCGTCGTTAGCAAATGTTTACTGTAGCATCATATTGTCAAATCATGGCG
TAATTAGGCTCAAAATATTCATCTCGCAATTTACATGCAAACTGTGCAATTGGTTTTTTTTTCCACATTTAATATCCTATGCATGTATCCAAACATTTGA
TGTGATGTTTTTGGCCAAAATTTTTTGGGATCTAAACAAGACCTAATATTTATCATATGTCAACTAAATTCATCTCGTGCCTAACGCAAAGCGTATATAT
GTTTGTAGGTACAAAAAAAATTCTCCAACTTGGCGGGTTGGTCTGCTCTCTCCTAAGCGCCCAACGTTGTAAGCAACGACCCATGTTGGTGGTGATGTTG
TCAATGCTACTTAACCAGATAAGGACGAAGATAAGCATAGTTATCGTCATTAATACTCGAGGCTTATGAAGAAATTCTCTCATTTTCTTTTTTTTTTCTT
TTTTACTGTTTTAGTTCAATTGCACTTAGGTTGGGCGTTTCTGCTTGAACGACATTTTAAATTTGTAAACCGTTTGTTTTGTTAGTTTGGCTTACTCGCT
GGTCTGGTGTGATGTCATCTGCTTTTAGTTATGATTTACCTGTTTAGATGAAAAAAAAGTTAAAGAAAATTAATAGATTATATGTGTTGTGATCAAATAG
ATGGTTTCGACAAAGGGGAAGGTTTTTAGGGGTGGAGAAATATAGTTGATTGTACTTGTAAACTCGCATGTGGGGAGGGCTAGCGAATATGTATACGCAT
TTCGGTATACTTCAGCTAGGGCTGACTGGAATCATCGACCAATCGAAACTGTCAAGATTTTTTTTCAATGAATGAATGAATGGATGGGACATGTTG