Detailed information on CNT30527931


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot:
sp|Q40253|L6_LINUS, E-value = 2e-47

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30126889Eucalyptus grandisCorymbia citriodora19.3649.2384.68705forward
CNT30103699Eucalyptus grandisOryza rufipogon1.3721.559250forward

Expression of CNT30527931

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (31 aa)
MTRFLGQKLVAGNSEGAFFQDSHLNSEKRFL*

>peptide 2 (33 aa)
MGVSGVFLGFVCVFFRKQNFSTFLLRFKMFIQT*

>peptide 3 (30 aa)
SFYMRVSAKSSLKRILILKSKLRNMDKRYY*

>peptide 4 (34 aa)
MAKGSPPVFAAIFLDRLKNAFGGKMLLKACLLKS*

>peptide 5 (36 aa)
MRKESIQCKEFQIKSEIAGKQLKEDFCNEQSRGRCT*

>peptide 6 (60 aa)
MKSHVSQCWEMQLQQVYISSRSVKLSFCFRISWPTRVKSKNKDGKLMLVYCSRNGILNKM*

>peptide 7 (68 aa)
MLETLFVLSPRISCKSCLCRCRRPKLELSDAFNIPYVLGVPSLDSSNLLESLCPALHNLNPTRFFMQR*

>peptide 8 (38 aa)
MTIYNRATLGLLFLQENDMLHLIICSYLKLTPARPKMA*

>peptide 9 (57 aa)
MLLTYPMFSVSHPLILATSLRASAQRCTISTPRVFSCSVNASLYTLVSSFTSEGCTS*

Sequence

>CNT30527931
CTTCTTTTTATATGAGGGTATCAGCAAAATCAAGTTTAAAGAGGATATTAATTTTAAAGTCAAAACTACGAAACATGGATAAGCGGTATTATTGAACCAG
ACAAAGCAACAAGCAATGAAACCAAAAACAGATAAAGTCAAAACTACGAAACATTAGAAATATTTTGAGGAGGAATAGTTGCTAGTAGTGCTATTAAAAT
GCGTAATATCAATAATGCCTTCTACTGGACGTTTATGGTACGGGATGAGTAGTTTGAAGAGCATATTTAACTGTTGAATACTAAATAATACCAGGTTGCT
TGTTCAATTTCACTCGCAAATTTCTTATAATTTTACTAAGTTCTCTTTAGTGTTTGGCTTTTTTTGGGCATCGTATCCCTTGCATATCAGTCCTATTCAC
TACTCAATGTTTCAATTAACTAACCTTAAACGTCTATTAGGTACAGCTTATTGGGATAATTAAGGAACACAAAACAACGTGAATGTTAGATAATGTCATT
TAAAGGCAGTGTAGGTCAATAGATATTAAGCCACAAGACATTGATTCCAGCAAATGTATTAACAGTATATATTCTCTATTGACTTACATTAATAAATGTA
AGGGAAATATACAGACAAATGGAAAAGTAATTGCTTGATTCGAGATATTTCCAGTGACATTTAATAGGTGAGCTTTTAAAGATTAAAAGTAATTCAGCTA
TGAAATGAGGGATTGGTATCCTAGACATTCTTCAAGAGCTATATTTCTTCTTTCAATTGAGTCAATAAAATTTAACTAGAAATTAAAAAAAAAAATCAAT
AAAATGACAATCTACAACCGTGCGACACTCGGACTGTTGTTCCTGCAAGAAAATGACATGTTGCACCTTATAATTTGCTCGTACCTTAAGTTGACTCCAG
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TAAAGAGTTCCAAATAAAGTCGGAAATAGCAGGAAAACAATTGAAGGAAGATTTCTGCAATGAACAAAGTAGAGGAAGGTGCACTTAGACTTTTACCTTC
TTTCTTTTGATCATATCAAGACCTTCTTCATGATTCCACACCCGAGAACGCTTTCCTGGGTCTTTGTAGTTTTCTTGGTACACAATGCTCCGGCCTAAGT
CTTTAAGCTGATCATGCATCCACAATTGGTTCTTTGTTGTAATTTTTACTAAGGACATTAAAAGTAGAACTTCAATCGCCTCATCCGGAAAATATCTACA
GTCATTCCACATGTAATCTGCATCTCTCTTATTTTCTCCAACTAGAAAGCAAGCAATATCAAGAAAGATTTGTCGTTGGTGATGATCTAACGCCTCGTAA
CTCAACATTAACTTATCCTTCACATCCTTATGAGGACACCCTTCCATCTTTTTCAACATACTTTGCCACACTGCTTCCTTTTTCCCATATAAAAATGAGC
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CTTGCTAAAAAGTTGAAGCGTTTCGAGATTGTTGAGCTCCTTAGCTTCATAAATTAAACAATGCTCAAATTGATCTTCGAATTCACATAAAACACTTTTA
TCTCTTGTTGTAACAAGTATTCTACTTCCCAAACCAAACCATTCTTTCTTTGCTGCTAACGCCATAAGTTGGCTCCTATGATTTGCATCATCAAGGAAAA
TAAGAACTTTCTTTCCACTAAATAGTTGTCGGATCAAATTTTTCCCTTGATCGATGCTAGAAACCTTGTTTGTTTTGTCCCCAAGGATATCATGCAAGAG
TTGCCTTTGCAGATGTAGAAGACCGAAACTTGAACTTTCTGATGCTTTTAACATACCCTATGTTCTCGGTGTCCCATCCCTTGATTCTAGCAACCTCCTT
GAGAGCCTCTGCCCAGCGTTGCACAATCTCAACCCCACGCGTTTTTTCATGCAGCGTTAATGCATCTCTATATACTTTGGTTTCAAGCTTCACATCGGAA
GGTTGCACATCATAGAAAATGGGCATAACCTCCAGTTTCCTGGTTTTCCTACACTCCATCATTTTCTCCAGCTCGCGCAAGCACCAACTACTAGAGGCAT
AGCCTTTAGAGAAGATGGGAATGCAGATTTTCGAGTCATCAATGGCCTGAAAGATCTCAGGACCGATCTCTTCACCAACGTTAATCCCTTGCTTGTCTAT
GAAAACACTGATACCCCTATCTAACAGGGCATAATGGAGGACATCTGTGAAGTTAAGGCGAGTATCCGGTCCTCGAAAACTCAGGAACACGTCGTACTCA
GGTCTAGATGAGCCATGGCCAGTGGAACTAGTTTCTGGAGAAGAGCTCCTTCTTCTTTTCATCTTTAACTGTGTCTGCTAAAATTCTAAAAGCAAGTCAC
AAAAGATTTGACATGCTTTAAAAGGGACCAGCAAGTGATGTTCAGGTAGGTAAGCGAGGATCAGTTTCCATTTACGTCCTGTTGCGGCATTGATTGAGAG
AAATTGCAGATATGTGATTGAAGGATTAAGAAATGGCCTAAGCCCCACAAGTTGACCAGCCGATGGGGTGAGAATCAAATAAAATGTCCAAAATATGTAA
CTCTACATATGAAGTCGCATGTCTCACAGTGCTGGGAAATGCAACTCCAGCAAGTTTATATTAGTTCGAGATCTGTGAAATTGAGTTTCTGTTTTCGGAT
TTCATGGCCCACCAGAGTCAAGTCAAAGAATAAGGATGGCAAGTTGATGTTAGTGTATTGCTCTAGAAACGGTATATTAAATAAAATGTGATGATTAAGT
TTTATTTTTTCTACTTTATGGTAAAGTAATATTTCTAATTAATGTTAAGGGAAAGGGAGGAGAGGGAACTTTGTGATTATGTCGTTCAACCACTAATAAA
ATAGACGTAAATGTATATATAGTTGGGTTTCATAAAGGACACATAATAAAATAGAACTTAAGGAGCTAATCCAGATGGGAGTTAGCGGAGTTTTCTTAGG
ATTTGTTTGTGTGTTTTTCAGAAAGCAAAACTTTTCTACTTTCTTGTTGAGATTTAAAATGTTTATTCAAACATAAGAGAATTATATGTAAATTTTTTAT
CAATTTTTCTGTGCTGTGAAAATTTTAGATATTTCAAGGGAAAAAATGCACAATTGTGTCGGAAATAAATATTAAATTAAACAAAACGTAAAACATAAAA
AATTTCCGATGCAAGCTCGAAACTAGTTTTCTTTTTTCTTTTTTTGGCTTGTGAAAGCGTAAAGTTTGAAATCGACTACTGGTGGTGGACCATATCAAGT
CAACATAACATTTCTGATATAAAAAAAGGGGTGAAAGTTAG