Detailed information on CNT30575718


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30690196Oryza barthiiOryza sativa6.6320.3989.17157reverse complement
CNT30104980Oryza barthiiOryza longistaminata3.8822.4485.8792forward

Expression of CNT30575718

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (31 aa)
MFVHLIQRIHICRQGWFILRKEMYLFSFSLI*

>peptide 2 (29 aa)
MLVILAFPTFILMLLNLDKYICLDSLTSI*

>peptide 3 (43 aa)
PLRPVRSVSLHSLSPPPSTASRAAAACRRSLSHQTIKISLKLI*

>peptide 4 (36 aa)
MLYDVLFSRTISTRAIPVHSALESHRICMLKNMLSS*

>peptide 5 (51 aa)
MLSNLYNVCTFDSTNTYMQTRLVYFKEGNVPLLFFIDLGVLISQLIFHFCT*

>peptide 6 (80 aa)
ASSSRTLGEPPLPLPTSLHRFPRCRCLPPVAVSPNNQDFSEANINSTSVPFNRCIFLRYCPLLRRHTFILQISLVSHLSV*

Sequence

>CNT30575718
CGCCTCTTCGTCCCGTACGCTCGGTGAGCCTCCACTCCCTCTCCCCACCTCCCTCCACCGCTTCCCGCGCTGCCGCTGCTTGCCGCCGGTCGCTGTCTCA
CCAAACAATCAAGATTTCTCTGAAGCTAATATAAATTCTACAAGTGTCCCGTTCAATAGGTGCATCTTTCTTCGTTATTGTCCACTCCTTCGTAGGCATA
CATTTATACTTCAAATTTCCCTTGTTTCCCACCTCTCTGTATAGGAGTATTCATATATGGATTAATTGTCACTGCTTCTGTGGTCCAGTTTTAAAGTTGA
AGGTTTATTCTACATACCTTGTGCATCTTAAATAATTAATTTCACCTGTGATCAAACTGCCTCGGTCTGTGCCACTCCATCGAAGGTGAAACACATGAAT
TCAGTAAGAACAGCATACTGCATATTCATGGTCTCTTCTAGCACATATCCTGATCATTTTTTATTGCTAAACTATTGATATCTTCATACTATAAACCTCG
AATGACTGTTTGTCACATGAAGGCTTCATGGTAGCCAGCCTCATCTAAGTATTCCTTTTGCACCAAAAGCACTATTTGGTCGTAAAATACTAATACCATC
TATCTCATTCCCTTTAGAGCTAAAAATGCATTGCACAATTGTTAGTCAAGTGACACATAGCTCCACTACCTAACTTATTGTTATATTTGTACCGGATCAT
GTATTCCAGCAACATTTGGCAACTTTAATGCCATATGTTTTTGTGGTATGCTGATTCAGATTCATGTCCTGGATCTTTCTGTGCATACTAATTTAACCTT
TTTTGGGTAAATTACATAGGTACTAATCTTTAAGTGTAAACTATATACTTCCTCCGTTTCACAATGTTAGTCATTCTAGCATTTCCCACATTCATATTGA
TGTTATTGAATCTAGATAAATATATATGTCTAGATTCATTAACATCAATATGAATGTGGGAAATGCTAGAATGACTTACGTTGTGAAACGGAGGGAGTAC
TAATCTTTATGGGTAAACTACTAATCTTACAACATACATGCTGGTATGTTAAATCTTTTGGTATCTCCTAAAAAATTGCTATATCCTTTGCTATATACAT
ATTCCTGCCATTTTGCCAAGTAAATGAGTTGTGCCCTTCATATCATCCATGAGGTAAGTGTATGATATTAAATAAAATGAATCAACATGTTATCTAATCT
ATATAATGTTTGTACATTTGATTCAACGAATACATATATGCAGACAAGGCTGGTTTATTTTAAGGAAGGAAATGTACCTCTTCTCTTTTTCATTGATCTA
GGAGTACTAATCAGCCAGCTTATATTTCATTTTTGCACTTGATATTTGGTGCCATCTCACTTGTCATCTCATAGTATTATCGATTCATTGTTTTTCACCT
TGCTTTCAAGACGATGCTTATACCGAACAACATAGACAGTTGCACTATATGTGTTTTAGATTTTATGATAACCATTCCTTAAGTTCACTTTTTTTTCCCC
TTTCATTGTACTAGCAGATAAGCAGCCATCAGACCCTACCATCCTGCTTTGTTTTGCATTTGAGATTGCATTTACCACCTTTTAGGGTTGCTAACTTTCT
TTCCATTTTATTCGCTATGTTATATGATGTATTGTTTAGTAGGACAATATCAACGAGGGCAATTCCAGTTCACAGTGCTTTAGAGAGCCACCGCATTTGT
ATGTTAAAAAATATGCTGTCAAGTTGATGGTACGGCAATGAGCAAACTTCTAAGGAGAAAGATTGTTACCATTGCTAAAATAGGAGTATTCGAAGAAATA
GCTACCTCCGTGACTGACTGACTATTGATGAATCATATGTGTTTATGCAACCATCTGCTTCAGGGCCTATCAATGGGCAGGTCCTACAACTGTTTATTTG
ATTGACTTGCTGCGGTGCAGTGGCTTTTCTTGGTGTGACGGGTCTTTTCAACATCGCAACCTTTACCTTGAGTTAAATTCAGTGTCCTGCTCTGTTATTG
AAATGAGTTCAATCCAAATTCTGTGGATGTTGCTTGCTGCTTCACCAACCTAACAGTGGAGTTGCTTCACACAGACATCACTGATAGGATGAGGTTACAA
GACTGAGCAGTGAGCACTCGTAATCTTCACTTCAAACTTGAAAGTTCAAGTACAAGATGTGATACTGATGTTACCACGTTGGAAGACAATTCCATTGCCT
CTTTTCTTAAGCCTTGAAGATGACGACTGTTATAGTGCATGATTAGTAAAAAAAATGTCGTTGCATATACATTGATAATTTATTGATTATTTGTGTTCAT
TCTTTTTATTTTGCACATTGTTAATATGTTCTTATTAAAAGCATTATTTTACTGGTTTAATGATTACTA