Detailed information on CNT30508892


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT3059817Solanum lycopersicumArabidopsis lyrata2.4120.2886.32117reverse complement

Expression of CNT30508892

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (36 aa)
MFSKDFKVELSNFMILPRVLASIIFKRLLWIKLLLY*

>peptide 2 (36 aa)
MPALWQLFYFHHRIICRSFFFFVICIMIQSKFLEFF*

>peptide 3 (61 aa)
MEDRTTHVWTYAPLMGIVSCMQLHYKLKGEVVISPHFQIRVLEFIYGYFGYFKHVYKCLTH*

>peptide 4 (61 aa)
MEWWYDALFTLFCCFLYLNYVLIGILHLWWQCYVFYLQLMWPCRRYFLYYDDHGLVGNYLK*

>peptide 5 (47 aa)
MIESRLLVAKPFAFLLNQSMSRLLYFSRWGEAVSSCSASLVLACVKA*

>peptide 6 (40 aa)
MFSYSSRYSKVIGGRQNFYELFLYCVYVFLDFSVIFGAFM*

>peptide 7 (30 aa)
MSRDDRDVRRLSHLRASYCVLCVYVLFMRL*

>peptide 8 (30 aa)
MSCFYIVYMFFLIFQSFLGHLCNILQSTCN*

>peptide 9 (29 aa)
MDVIFLIYLSRSFDSLWKDNVILSICCYT*

>peptide 10 (30 aa)
MSYDDIYRQCVECHRVLRSNVMCLETTLCF*

Sequence

>CNT30508892
CGATATTCTAAGGTCATTACTGGCGCAAGTCGCAATCTTTTTGAGGGATTTCTTGGTATTGTATATGTGATTTTCTAGATTTTTAGTCATTTTAGAGAAT
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TCTATGTACTTCTAGAATGATATGTAATGTGTTTTAAAGTGAAGTATGTGGTGTCTTGTCTTTGTTAGTTTGTGTCCCTTACTTGATGTATATATGATTA
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TTAGAGCCCTTCGTGATGATTTTGTTGGACAAGATAGAAGTCGCGGTGTTTATTTCACTCAAGATTGGGTCTCTTTACTAGGTGTTCTATCTTTAGCTTC
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ATGATTCAATCAAAATTTCTCGAGTTCTTCTAATTTGTAACTTCACCGAAATCGGAATAGTTCCTATACTAAGTGGAGTTACTGTAAAGTGACTCTCAAA
TTTATGATATTTGGTAAAAATGTTTTCTTATGTGTTTATAAATTGTTAAATGTTGTCCTTATGATTACAATATGATTTTTAAAAGAAAATATGGATATTC
CAATAATAGTTTGTTTTCATGATTTTTATGAATTATGCCATACTTACTACGTGTTGTTGTACTAATCCATGCTATTATCTATCTCTATAGTTCTTGTAGG
TAAGGAGCTTTTGGGATGTAAATACTTGGACCGTATCATCGTTCAAGAG