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Detailed information on CNT3025025


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30571517Populus trichocarpaVitis vinifera6.1622.6885.04127forward

Expression of CNT3025025

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (44 aa)
MLSNVEATKTGTNRVHNKTFFVSNKTLVVFSWEISILTSQQSPI*

>peptide 2 (73 aa)
MLSMTQSLLALTPARASSDNSTMTPTSRLAIAVTWPMVRVSPPSLTTGFLYSSIMRLTSSRWLPFSDSAAMPQF

>peptide 3 (50 aa)
MTQYIISHLNNRSLIIAICLGIFASNDPKFQLTERTSLCFHCFERAKKRH*

Sequence

>CNT3025025
TGATGCTTCAATCTATGTGTGAGGTGATCAGTAAACTCAGGTTTTCCTTGCATAACTTCAGCAAAGATTGCTGACAAAACTTCTGATAGGATTGCCAACA
CATTAGTCTCAAAAAGCACCATTGAAGCTAGACCGGAACCCACTGCAGTACCATTCACTAGTGCTAGACCCTCCTTCGGCTGCAACTCAAAAAAGCCGCC
ATCAATCCCAGCTTGTGTAAAGGCTTCAGCAGGGCTCAGGGGCTCTCCATTGGGTCCAACTGCCTTTGAATTAGGCCTGCCTGTCAAGAGCCCAGCAATG
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GCCATTCCCAAAGATACCGGCATTCAAGAACCTAGTGAAATAAAATCCCATAAACCACATTAGCAACAACCTTAATTAGCAAAAAAAAAAAACAATTAGG
TGACAAGTTTATTTGGTAATAGCATTTTTAATTAGGTATTCTTGCAAGAACCTCAGCGTAGTGTAGGTGACAATTTGTAACCAAAAAATGTTACTAGCAG
CTAGGATAGTTTCTTGCACTCTTTCTTAACATTGGCAAACCATAATTAACGAAGTAAATTACAAGTAATTAATGATGTTTACCGTCCGGGACCCTAGACT
TTTTCTCTTTGAATATTTTTTATTAGATGGTTAAATAACACAAAACGAGTCAAGTCAACTTGGAAATATACACAAAGTAAAACATTTTATTTAAAATTCA
GGCACCTAAATGATCTTTGATACGTAATTTAAATATAATTAGGCCGGTTGGAAATATTCAACCCTTTATAATAGTTTAATTATTTCACTGCTTTAATCTG
ATCACCTACCTACCACATCATCTCTCTCTCTCTATTTTTTTTTGTCCTTGCTGGACTTCCACGTACAACTTACCAACCTAACAATAACAAGTTAACAAGA
CTGCTGATGAAACGTGTGCGTGCTAATTTCAGGCATTTTCCAGGATAGTGAAGGAGCACCTCATAAATTAAGGCTCACATGCACTTGGAGTATCTTCCTC
CCTAACAAAAACTCCTTAGATTTTAATTTTTAATTTTTTTTTAATCTTTATGACACAATACATCATCTCCCATCTTAACAATCGATCATTAATTATTGCT
ATATGTCTTGGGATTTTTGCCAGTAATGATCCAAAATTCCAATTAACTGAAAGAACGTCCCTTTGCTTCCATTGTTTTGAAAGGGCCAAAAAAAGACATT
AATAATTGTTAATATGTTTGTTACATGATTAGATCAATTTGTCTATGTGATTAATGATTCAACTGCTAACGCAGACATATGTTGTCGAACGTGGAAGCAA
CTAAAACAGGAACGAATCGTGTCCACAACAAGACCTTTTTTGTCTCTAACAAGACATTAGTTGTTTTTTCCTGGGAAATATCAATACTAACAAGCCAACA
ATCCCCTATTTAAAGTAACAAATTAACAATATCATGGCAAAAAAAAAAACTGCGTGATATATACAGTAATTAAAAAAGCTACCTTACTAGCAGTTAAGAT
ACAAGTAAAGTAAATTTTGGGATTTGTCATGAGTTTGATTACCTTATAAGCTCCTTTTGAAGCTCTCCACCTTGCTTGGTTCTTCTATGTGAGGTTGCAC
CAAAACCAGTAGTAACACCATAACTGTCTGTGCCCTTGCTCATGCTGTCCATGACCCAGTCACTGCTGGCTTTGACACCAGCTCGAGCCTCCTCTGACAA
CTCCACCATGACACCAACGTCACGGCTAGCAATTGCAGTTACCTGGCCTATGGTCAGGGTCTCACCTCCTAGCTTGACCACAGGCTTCCTGTACTCCTCG
ATCATGCGCTTGACCTCATCTAGGTGGCTTCCTTTTAGTGACTCTGCGGCCATGCCCCAGTTC