« Back to Brassica oleracea search


Detailed information on CNT30235275


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30403020Brassica oleraceaBeta vulgaris3.5828.2198.777forward
CNT30611088Brassica oleraceaArabis alpina3.320.9498.5971reverse complement
CNT30653503Brassica oleraceaRosa chinensis3.428.8510073forward
CNT30342066Brassica oleraceaEragrostis tef3.1624.1186.7668forward

Expression of CNT30235275

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (75 aa)
LISNIRIRSFFYIVFFMLNSDLLIGTKHAEGLPRISCTAPKRKGEQRSQLSLNKGSSRRVHFTEFPIKKLFNIEE*

>peptide 2 (50 aa)
MILGQYTFNVGNYDPENPNVSDPNAKAITSTAGNQISVVRSGCMIPHLCI*

>peptide 3 (35 aa)
MFSKITFKIAIDLSSAKKKRSTEITALFDSWTVYI*

>peptide 4 (29 aa)
VDLQYPNQILFLYCLLYVKFRFVDWYKTC*

>peptide 5 (51 aa)
MILALGARGPEFDSRNAPIDFLGSVCYEFQLINIRDFSCPLVPCFQRSRLR*

Sequence

>CNT30235275
TGTTGATCTCCAATATCCGAATCAGATCCTTTTTTTATATTGTCTTCTTTATGTTAAATTCAGATTTGTTGATTGGTACAAAACATGCTGAAGGACTTCC
AAGAATTAGCTGCACTGCACCAAAAAGAAAAGGTGAACAGAGATCACAGCTCTCTTTGAACAAAGGGTCGAGTCGACGAGTTCATTTTACAGAATTCCCC
ATAAAGAAACTTTTCAATATTGAAGAATAGTAAGAGAACTTTGATTGTTGTGTTTTAATCTCAAAGTAAGAACTATGATTCTTGGACAGTATACATTTAA
CGTCGGCAATTATGATCCTGAAAATCCGAATGTTTCTGATCCAAATGCAAAGGCTATAACCTCGACAGCGGGAAATCAAATTTCAGTCGTTAGATCAGGT
TGCATGATACCACATCTATGCATTTAAGAGATTCTAATGATTGATTTTTTTCTTACTAATCAAATGAAGAAGACAAGATCCAAATTGTACCTTTGCTATT
AGATGCGTTTGCTTAGATACTAATAAACAACCAGCAATGATTCTATTCAACCATCTAAAAAAACAACTTTTCACATAAATCAAATTGAAAGATCAAAATG
GCATTTCCAAGATATGATCAAATTAACAGCATGCCTATAGGCATCTTAATTGAGTTAAAGTAGCAACAGGGCATTTGGTCTACTGGTATGATTCTCGCTT
TGGGTGCGAGAGGTCCCGAGTTCGATTCTCGGAATGCCCCCGTTGACTTTTTGAACAAATTATGTTTAGTATGACAATTAAGTGTTGAACAAACTTTAAA
CACAACACACAGGTATTTAAAAGGTCTTCATAAACAATTGGGCATTTGGTCTAGTGGTATGATTCTCGCTTTGGGTGCGAGACTTTTTGAACAAATTATG
TTTAGTATGACAATTAAGTGTTGAACAAACTTTAAACACAACACACAGGTATTTAAAAGGTCTTCATAAACAATTGGGCATTTGGTCTAGTGGTATGATT
CTCGCTTTGGGTGCGAGACTTTTTGAACAAATTATGTTTAGTATGATAATTAAGTGTTGAACAAACTTTAAACACAACACACAGGTATTTAAAAGGTCTT
CATAAACAATTGGGCATTTGGTCTAGTGGTATGATTCTCGCTTTGGGTGCGAGACTTTTTGAACAAATTATGTTTAGTATGATAATTAAGTGTTGAACAA
ACTTTAAACACAACACACAAGTAGTTAAAAGGTCTTCATAAACAATTGGGCATTTGGTCTAGTGGTATGATTCTCGCTTTGGGTGCGAGAGGTCCCGAGT
TCGATTCTCGGAATGCCCCCATTGACTTTTTAGGCAGTGTATGTTATGAATTCCAGCTAATTAATATAAGAGACTTTTCTTGTCCTTTGGTACCATGTTT
TCAAAGATCACGTTTAAGATAGCAATTGACTTATCATCTGCCAAAAAGAAAAGGTCAACAGAGATCACAGCTCTCTTTGATTCTTGGACAGTATACATTT
AATGTCTGCAATTATGATCCTAAAAATCTGAATGTTTCTGATCCAAATGCAAAGGCTATAACCTCAACAGCGGGAAATCAAATTTCAGTCATTAGATCAG
GTTGCATGATACCACATCTATGCACTTAAGAGATTCTAATGATTGATTTTTTTCTTACTAATCAAATGAAGAAAACAAGATCCAAATTGTACCTTTGCTA
TTAGATGCGTTTGCTTAGATACTAATAAACAACCAGAAATGATTCTATTCAACCATCTACAAAAACAAATTTTCCCATAAATCAAATTGAAAGATCAAAA
TGGCATTTCCAAGATATGATCAAATTAGCAGCATGCATATAGTCATCTTAATTGAGTTAAAGTAGTAACAGGGCATTTTGTCTAGTGGTATGATTCTCGC
TTTGGGTGCGAGAGGCCCCGAGTTCGATTCTCGGAATGCCCCCCTTGACTTTTTGAACAGTTTATGTTTAGTATGATAATTAAGTTTTGTTACTGACAAT
CCTATCTTCTAGTGCCAGATTTTTTTAAGATTAAACTCAGCAGTTGGCCACTCCCTAGACATTCACCATCAGTATATATTACAAACAATCACAGAAACAT
ACCTTTGCATTCAGGATATGTGAATGAGATAACTAATCATATAATATCAG