Detailed information on CNT3012766


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30450840Zea maysSaccharum spontaneum15.4692.7591.9358forward

Expression of CNT3012766

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (75 aa)
QGRARTSHDRTNSHRHRTPLPSVRRPNPTARIHAPNDGGASGSLAARRGRSEAHRGASLWSVRSMSPQEARQRDR*

>peptide 2 (79 aa)
MLTPAARDQHQCFSTSCLSAVPLARPDLSGMTPVTRGLLSFKLVWMQCSPKRKTVNNKLYGHLNEQYGRFKIRTYTFTK*

>peptide 3 (87 aa)
MIARVSCGWRHCVSQVQGAFMFCATVLGCSWCFLVPKHGAVVTFKLYSLLNEYAELLTSCRLFSKEKYILYSKILDRYRCRLQFLSF*

>peptide 4 (94 aa)
GPRPNFTRPDQFASASNTSALCKETQPHRAHPCPQRRRCVGLPRRTPRAERGSPRSKPLVREKHVSAGGTATRSVDCNGEEEVIVLFHMADYGS*

>peptide 5 (41 aa)
MNFNLGYWNDKKKLHSLDQLKPCYNRWLIFQNIFFHLSCFA*

>peptide 6 (38 aa)
MISWKTANRRQASKIMFTLPYPFLIGAVLVDLREERGH*

>peptide 7 (37 aa)
MVVECKKRSITNTVTIKVYRNRAISTSDENSLMSRER*

>peptide 8 (35 aa)
MVDVILLFCLIWVIECAKFFFKKKYVYIQSFPQFV*

>peptide 9 (31 aa)
MTNDRKSFLWLAPLCVPGSGCFYVLCNSFGL*

>peptide 10 (30 aa)
MVDFSEYFFPFELLCLILYVIFLSVGKALV*

>peptide 11 (30 aa)
MFLYELPFCRSAGSTRSFWHDTSHQGVAVV*

>peptide 12 (29 aa)
MPPTTAVRRAPSPHAAGGARLTAEQASGP*

Sequence

>CNT3012766
CAGGGCCGCGCCCGAACTTCACACGACCGGACCAATTCGCATCGGCATCGAACACCTCTGCCCTCTGTAAGGAGACCCAACCCCACCGCGCGCATCCATG
CCCCCAACGACGGCGGTGCGTCGGGCTCCCTCGCCGCACGCCGCGGGCGGAGCGAGGCTCACCGCGGAGCAAGCCTCTGGTCCGTGAGAAGCATGTCTCC
GCAGGAGGCACGGCAACGCGATCGGTAGATTGCAACGGCGAAGAGGAGGTTATTGTGCTGTTCCATATGGCTGATTATGGAAGTTAATGGTGGTTGAGTG
CAAGAAAAGAAGTATAACTAACACTGTAACGATCAAGGTATACAGAAACAGAGCTATTAGCACTAGTGATGAAAACAGTCTCATGAGTCGTGAAAGGTAG
CTTCTACCTCCCTCATCTATTATATGATTTCCTGGAAGACTGCTAACAGGCGGCAAGCTTCAAAGATCATGTTCACATTGCCGTATCCTTTCTTAATCGG
CGCTGTCCTTGTAGATTTACGTGAGGAACGTGGACATTGAGCTATATTATAGTTGGAATCTTCATGTTTAATCCTTTTACTTAATCCAACATGATGCTAT
CTTGTAGAAGGAAGTTCTCATTAGTGGATGACAAATGATCGCAAGAGTTTCTTGTGGCTGGCGCCACTGTGTGTCCCAGGTTCAGGGTGCTTTTATGTTT
TGTGCAACAGTTTTGGGTTGTAGTTGGTGTTTCTTGGTGCCTAAACATGGGGCTGTTGTAACATTTAAACTTTATTCCTTATTGAATGAATACGCAGAGC
TTCTGACTTCCTGCCGTCTATTTTCGAAGGAAAAATATATTCTTTATTCTAAAATCCTTGACAGATATAGATGTAGGTTACAATTTCTTTCTTTTTAGTA
TATATCACTGGGATATAGTTTGAATAGTGGTATTTCACAATGCTGATTTCGTAGTACTTTGAGCTATTCTAGTTACCCAAATAGTTGTATTTGTTCAAAA
GGTGGACAAAAAGGGTGCTCATGCAGTCATGTGACTCACCATGATAGATTTTTTTAGCTTGCTGAGGTGCTAATTGCTATGGGGTGTCGATCCCATTACC
TATGGAAACACATAATCATGTATTTATGTAGCTTCTCGGCATAAGATTCTTCCCATTTGACATTTTGAACATTGACTATAATTTTTTACGCGGTAACAAT
TTTTTATATGGCTCAATGAATTCAGCAGTTATGATCCAAACCTTTTGGGCATCTTTTTAAAGCATCTCTGAAAAACCAGCAAGCAGCAGTGGTGCAGAAT
TTACTGGACTAATTAGAGATATGACATTATTGTGGACAAAGTGTTATGAATTTTAATTTGGGTTACTGGAATGACAAAAAAAAATTGCACTCATTGGATC
AGCTGAAACCTTGTTACAATAGATGGTTGATTTTTCAGAATATTTTTTTCCATTTGAGTTGCTTTGCCTGATTCTGTATGTGATTTTTCTGTCAGTAGGA
AAAGCATTGGTATAATACTCTAGCAAAAACAAGGAAGATTCAGTTATGCTGCATATGTGTTATCTATATTAATTTTATGTTGTACATAGTATTACTTACT
TAGTTATAATCTATTGCTTGCCTTAAACACTAGAGACAGCTGTCAGTTCTTTTTAAAAGTTTGCATTTGGTGGCCTAATAATTGATCAGCCAACTAAACG
ACTTTCTGTCTTCAGCTTGATGGTCACTGCTTGCTGACTGGTTTCAGACTGTTGGGTGCTCCAAGGGCAGCAATAGGGCTTGTCTAGAAAGTGAGGTACA
GACGTAAGGCAACCTCTCATTCCTGATCAGGCAGGAAAAGCATGTCTCTGACCAAACATAATCGCTTGGAGTGACTAGCGGAGAGGTAAGGTAAAGCTAT
ATGCTCACTCCAGCCGCCAGAGACCAGCACCAATGTTTCTCTACGAGCTGCCTTTCTGCCGTTCCGCTGGCTCGACCCGATCTTTCTGGCATGACACCAG
TCACCAGGGGGTTGCTGTCGTTTAAACTCGTCTGGATGCAATGTTCACCAAAACGCAAAACCGTAAACAACAAGCTATACGGCCATTTAAACGAGCAATA
TGGCCGATTTAAAATAAGAACATATACTTTTACTAAATAAAAATATACCTTTGCAAATATTTCTGAATTAATTTGACATTTTGACTGGCTATGGTTGATG
TGATTCTTCTCTTTTGCTTGATTTGGGTGATTGAGTGCGCTAAGTTTTTTTTTAAAAAAAAATATGTTTATATCCAATCCTTTCCACAATTTGTTTAGAC
TTTTCTTGCATTTTCC