Detailed information on CNT3099957


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT000291, E-value = 0.0

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30689906Oryza rufipogonOryza sativa10098.8499.542393forward
CNT30574690Oryza rufipogonOryza barthii94.9100.497.752271forward
CNT30115525Oryza rufipogonOryza nivara26.2410099.2628forward

Expression of CNT3099957

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (56 aa)
MVITCVPMCTDRXRVRPNRPKDFTQCQFISYTVQPHVLVLDSPSLVNYLWFSLTFW*

>peptide 2 (61 aa)
MGPPLNGSRSYNGYGLGWSNTYRAGVRLNHEFWKSFVVSNKSGTYVSRAMLLHDYYFASCG*

>peptide 3 (81 aa)
MYRVPCSCMIIISHHVGKVYKLCRVKTNRLAVLAVMSGVWICVEYRLVFILLNAEIYLQIVMKFKNELLAAMDGNEVYIYT*

>peptide 4 (76 aa)
LGFPFLALFSASLSRHSSLSTPKPKKPRERAPTLPLHLSFVVGRRKGGRRRSPTSRLHPYLIHVLLSSLHAEQILF*

>peptide 5 (74 aa)
MAQQVRRSATVFFTSGCRRHCRFRLLRSSSRSSRRRSPAEGRRRREDARAVAVTKTPEKFNLTRDDCLIGEEVI*

>peptide 6 (67 aa)
MPSKSSFDSILFRPLQRRERDLVYGSSGARSKRRRSRHRRRSERCRPSQAEPSRQRLLLEVLLKTPQ*

Sequence

>CNT3099957
CTCGGTTTCCCTTTTCTCGCTCTCTTCTCCGCCAGTCTGAGTCGCCATTCTTCACTGTCCACCCCTAAGCCGAAGAAACCCAGGGAGAGAGCTCCAACTC
TCCCTCTCCACCTCTCTTTCGTCGTCGGCCGCCGAAAAGGGGGACGCCGCCGATCGCCAACGAGTCGTCTCCATCCCTATCTGATTCACGTTCTATTATC
TTCTCTCCATGCCGAGCAAATCCTCTTTTGACTCCATCTTGTTTCGTCCACTGCAGCGACGGGAACGCGACCTCGTCTACGGGAGCTCTGGAGCGCGCTC
CAAGCGCCGCCGCAGCCGACATCGTCGCCGTTCCGAGCGCTGTAGACCGAGCCAAGCCGAGCCGTCACGCCAACGCCTTCTCCTTGAAGTCCTCCTCAAA
ACCCCTCAATAATCCCAGGCAATGGCGCAGCAAGTGCGGAGATCGGCCACCGTCTTCTTCACCTCCGGTTGCCGTCGCCATTGTCGTTTCCGCCTCCTCC
GCTCGTCGTCCCGTTCGAGCCGTCGCCGTTCACCCGCAGAAGGACGCCGTCGCCGGGAGGATGCGCGAGCCGTTGCTGTCACCAAGACCCCGGAAAAGTT
CAACCTAACCCGCGATGATTGCTTAATCGGTGAAGAAGTGATTTAGGTGTTGACTTTTTCCAGTTACAAGGCAAGTCCCACCTCCCTCTCTTTGATCACT
TTGAACCTATGTTTTGGAGGTTATTGAAAATGTTTGCAAATCTTGCATGCCGATTGTACGCTAATAAATTAAAATTTTGTTAAACTTGTTAGACAAACTC
CTATTATTTGCATTATCACCTTAACCCCACATATATCCTTATCTATCATTCCTAACCTTAGGAACAATATGACTATACCACTTCATATATGAGTTTTGGA
GTCACTAGGTTACTATAATGCTTAGCCATGCTTAGAATGGTCTTCCTTATTATTATGGGCTCATTACAAACATGAAAATTGATTTTGAAATAATCTGGAC
AGAACTTTAATACTTGTAATTTTGATAAATAAAATAATGGAAAACATGGATTTTAGGTTTGGGCCTCAAGTGGTGCACATATGGTGATTACTTGTGTACC
GATGTGTACCGATAGGNGGAGAGTGCGCCCAAACCGACCTAAGGACTTCACTCAATGTCAGTTCATTTCGTATACAGTACAACCACATGTGCTAGTATTG
GATAGCCCAAGCTTAGTAAACTATTTATGGTTTAGCCTTACATTCTGGTAGGCCGGTGTGTGTGAGTTCGGATAACTCAGAGGAACTTCCTATTTACCCC
GGTGTGGTAGTTTAGGTGACTAAGTCTGTCCAATACAATGGTATTGTGCCACGTGGGTGGGTTCCCGTTGTGTCCGCCACCACGGCGTTAAGTTTAAGGC
ATGGGCCCGCCACTTAACGGTTCTAGGTCATATAATGGGTATGGCTTAGGATGGAGTAACACGTATCGTGCTGGTGTAAGGCTAAATCATGAATTTTGGA
AAAGCTTTGTTGTGAGTAATAAATCGGGTACTTATGTATCGCGTGCCATGCTCTTGCATGATTATTATTTCGCATCATGTGGGTAAAGTGTACAAACTCT
GCAGAGTTAAAACTAATCGATTAGCCGTGCTCGCGGTCATGAGCGGCGTGTGGATATGTGTTGAGTATAGACTTGTGTTTATTCTTCTAAATGCTGAAAT
TTACCTTCAAATTGTGATGAAATTTAAGAATGAACTCCTTGCTGCCATGGATGGCAATGAGGTGTATATTTATACATGACTAATGACTACTTTGATGCCC
ATATATGTCAAGTACTAGCTTGCTGAAATTTATTTGAAAGCAAATCTGATTTGGAAATGTTTTATGCAAATAAAATTTGCTTTATGCTAAAAAGAACCAT
ACTATGCCTTTCTTGATTACATGTGCAAGTAGGATGTTAGGCTTGTCTTGGTGCTTGCCAGTACATTATTTTTAATAATGTACTAACTCTTATTGTTGAA
TTAACCTTTTACTTGCAGGTTTTAGATTTAGTCTTTGAGTGATGCGGGTAATCGACTGTTTCTTCTAGGACTTGAACTTAATGGGGTAAACCCCTAGTCG
GTGTGCTTGTGGATTGGGTAGACAAGCTTCCGTTGTTCTCTCATGTGTCTATTTGGCCGGTCGGCCTATGTAATTATTAAGTTGTTGTAAGTCTTAAGTT
TCTTTCATCTTAGTTGTGTTTGCTATGTATAATCATGCTTAAGATGAAAGTGTGGATCTAGTGCACATCCTAAGAATTCACATGAGTATGAGTTAGAAAT
ATTTGAGAGGTTGTAGATCTTTAGCCATTTTGTCAAGTCTAAATCTCCTGAATGTGTAACACATCTGGTCGCCACCTTCGAGTGGTTTGACGG