Detailed information on CNT3099887


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT000291, E-value = 0.0

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30597133Oryza rufipogonOryza meridionalis36.4633.3588.34832forward
CNT30370210Oryza rufipogonOryza glumipatula32.9546.3388.83752forward
CNT30110249Oryza rufipogonOryza longistaminata25.6476.6794.02585forward

Expression of CNT3099887

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (76 aa)
LFSASLSRHSSLSTPKPKKPRERAPTLPLHLSFVVGRRKGGRRRSPTTTGTRPRLRELWSALQAPPQPTSSPFRAL*

>peptide 2 (81 aa)
MYRVPCSCMIIISHHVGKVYKLCRVKTNRLAVLAVMSGVWICVEYRLVFILLNAEIYLQIVMKFKNELLAAMDGNEVYIYT*

>peptide 3 (75 aa)
MAQQVRRSATVFFTSGCRRHCRFRLLRSSSSRSSRRRSPAEGRRRREDARAVAVTKTPEKFNLTRDDCLIGEEVI*

>peptide 4 (61 aa)
MGPPLNGSRSYNGYGLGWSNTYRAGVRLNHEFWKSFVVSNKSGTYVSRAMLLHDYYFASCG*

>peptide 5 (56 aa)
MVITCVPMCTDRXRVRPNRPKDFTQCQFISYTVQPHVLVLDSPSLVNYLWFSLTFW*

Sequence

>CNT3099887
CTCTTCTCCGCCAGTCTGAGTCGCCATTCTTCACTGTCCACCCCTAAGCCGAAGAAACCCAGGGAGAGAGCTCCAACTCTCCCTCTCCACCTCTCTTTCG
TCGTCGGCCGCCGAAAAGGGGGACGCCGCCGATCGCCAACGACGACGGGAACGCGACCTCGTCTACGGGAGCTCTGGAGCGCGCTCCAAGCGCCGCCGCA
GCCGACATCGTCGCCGTTCCGAGCGCTGTAGACCGAGCCAAGCCGAGCCGTCACGCCAACGCCTTCTCCTTGAAGTCCTCCTCAAAACCCCTCAATAATC
CCAGGCAATGGCGCAGCAAGTGCGGAGATCGGCCACCGTCTTCTTCACCTCCGGTTGCCGTCGCCATTGTCGTTTCCGCCTCCTCCGCAGCTCGTCGTCC
CGTTCGAGCCGTCGCCGTTCACCCGCAGAAGGACGCCGTCGCCGGGAGGATGCGCGAGCCGTTGCTGTCACCAAGACCCCGGAAAAGTTCAACCTAACCC
GCGATGATTGCTTAATCGGTGAAGAAGTGATTTAGGTGTTGACTTTTTCCAGTTACAAGGCAAGTCCCACCTCCCTCTCTTTGATCACTTTGAACCTATG
TTTTGGAGGTTATTGAAAATGTTTGCAAATCTTGCATGCCGATTGTACGCTAATAAATTAAAATTTTGTTAAACTTGTTAGACAAACTCCTATTATTTGC
ATTATCACCTTAACCCCACATATATCCTTATCTATCATTCCTAACCTTAGGAACAATATGACTATACCACTTCATATATGAGTTTTGGAGTCACTAGGTT
ACTATAATGCTTAGCCATGCTTAGAATGGTCTTCCTTATTATTATGGGCTCATTACAAACATGAAAATTGATTTTGAAATAATCTGGACAGAACTTTAAT
ACTTGTAATTTTGATAAATAAAATAATGGAAAACATGGATTTTAGGTTTGGGCCTCAAGTGGTGCACATATGGTGATTACTTGTGTACCGATGTGTACCG
ATAGGNGGAGAGTGCGCCCAAACCGACCTAAGGACTTCACTCAATGTCAGTTCATTTCGTATACAGTACAACCACATGTGCTAGTATTGGATAGCCCAAG
CTTAGTAAACTATTTATGGTTTAGCCTTACATTCTGGTAGGCCGGTGTGTGTGAGTTCGGATAACTCAGAGGAACTTCCTATTTACCCCGGTGTGGTAGT
TTAGGTGACTAAGTCTGTCCAATACAATGGTATTGTGCCACGTGGGTGGGTTCCCGTTGTGTCCGCCACCACGGCGTTAAGTTTAAGGCATGGGCCCGCC
ACTTAACGGTTCTAGGTCATATAATGGGTATGGCTTAGGATGGAGTAACACGTATCGTGCTGGTGTAAGGCTAAATCATGAATTTTGGAAAAGCTTTGTT
GTGAGTAATAAATCGGGTACTTATGTATCGCGTGCCATGCTCTTGCATGATTATTATTTCGCATCATGTGGGTAAAGTGTACAAACTCTGCAGAGTTAAA
ACTAATCGATTAGCCGTGCTCGCGGTCATGAGCGGCGTGTGGATATGTGTTGAGTATAGACTTGTGTTTATTCTTCTAAATGCTGAAATTTACCTTCAAA
TTGTGATGAAATTTAAGAATGAACTCCTTGCTGCCATGGATGGCAATGAGGTGTATATTTATACATGACTAATGACTACTTTGATGCCCATATATGTCAA
GTACTAGCTTGCTGAAATTTATTTGAAAGCAAATCTGATTTGGAAATGTTTTATGCAAATAAAATTTGCTTTATGCTAAAAAGAACCATACTATGCCTTT
CTTGATTACATGTGCAAGTAGGATGTTAGGCTTGTCTTGGTGCTTGCCAGTACATTATTTTTAATAATGTACTAACTCTTATTGTTGAATTAACCTTTTA
CTTGCAGGTTTTAGATTTAGTCTTTGAGTGATGCGGGTAATCGACTGTTTCTTCTAGGACTTGAACTTAATGGGGTAAACCCCTAGTCGGTGTGCTTGTG
GATTGGGTAGACAAGCTTCCGTTGTTCTCTCATGTGTCTATTTGGCCGGTCGGCCTATGTAATTATTAAGTTGTTGTAAGTCTTAAGTTTCTTTCATCTT
AGTTGTGTTTGCTATGTATAATCATGCTTAAGATGAAAGTGTGGATCTAGTGCACATCCTAAGAATTCACATGAGTATGAGTTAGAAATATTTGAGAGGT
TGTAGATCTTTAGCCATTTTGTCAAGTCTAAATCTCCTGAATGTGTAACACATCTGGTCGCCACCTTCGAGTGGTTTGACGG