Detailed information on CNT3099672


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT002231, E-value = 0.0

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30690051Oryza rufipogonOryza sativa78.499.798.311655forward
CNT30554571Oryza rufipogonOryza glaberrima65.0966.1594.981374forward
CNT30574887Oryza rufipogonOryza barthii71.5894.9795.91511forward

Expression of CNT3099672

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (35 aa)
RKPLLLPPLSSSLLVLSFFPQAELSSHFSSPNPIQ*

>peptide 2 (38 aa)
MVDEICWTWTGDRAMMGGWFPLMQVAPSRSLRIEHFDI*

>peptide 3 (44 aa)
RENPFFFLPFHLHCLFFLFFLKLSSHLTSPLQIPSNSPRSIPAC*

>peptide 4 (50 aa)
MWIIMDVIMLDGGVGMLCHVGMDFGSPWMMMRAPFGLICLYISELYTCCP*

>peptide 5 (50 aa)
MHGELREIEIGEESGGFSLHGCSSNMTLFPSIWSSISIIAARRWLQLIRC*

>peptide 6 (30 aa)
MTLRPGCYHVSEVWWNLEKRGSENRNRFLR*

>peptide 7 (32 aa)
MSYASCVVIALPRAARAMSDLLQLGSCSVGLP*

Sequence

>CNT3099672
AGAGAAAACCCCTTCTTCTTCCTCCCCTTTCATCTTCACTGCTTGTTCTTTCTTTTTTTCCTCAAGCTGAGCTCTCATCTCACTTCTCCTCTCCAAATCC
CATCCAATAGCCCAAGATCAATTCCTGCATGTTAGATCACAACAATCCCCATCATCCAAGCTTTCCATCCATCCCAACATCTTGCACATGCATGGAGAGT
TGAGAGAGATCGAAATAGGAGAAGAGAGTGGTGGTTTCAGCCTGCATGGTTGCAGCAGCAACATGACTTTGTTTCCCTCCATTTGGTCATCCATCTCCAT
TATTGCAGCTAGGAGGTGGCTGCAGCTCATCCGGTGTTAATCTCTTTTGATTTCGGTTGAAGCAGCCCTAGGCAACGTCTCTTGCCGTCAGCCCAAGACC
TTGCTCCATCTCTTGCCATTAGCCCGAGGCCTTAGCCTCGCATGACCCTACGTCCAGGTTGCTACCATGTGAGCGAAGTCTGGTGGAATTTGGAGAAAAG
GGGGAGCGAAAATAGAAATCGATTTCTGAGATAGCTTTTGAGCTGAAAGAGATTCGGAGATTCCGGAGAGTAACGAGTCATATCCCGAGGAGGATAGTGA
CTACCCTCAGCAGCAAGGCAAGCACCTAAGCATATAGAACCTATGCTTTCTCTAAAAATGATTTGGTTGCAATCTATACGTATATATATGCATGCATTGC
CTAGATATTAATATTGTCAGTTTATGGTGTATGGGTAGAACCTATTTATGCATTTAGTTCTTGTGTTATTGCTGTCCTTATATCCTATTACCACTGGTTG
GGATTATTTGGGATTTCTTATTCATTAATGCTTAGCCATGCTTAGTGCTAATAGAACTATAGGGATGGACAGTGCTATTAATTGTGGTATATAAACAACT
TGCATTATTGGGCATAAAACTTGAGCACTTACACTAAATAATGGTTGATGAAATATGTTGGACTTGGACGGGTGATAGGGCGATGATGGGAGGTTGGTTT
CCCCTGATGCAAGTTGCCCCGTCTAGGTCGTTAAGGATCGAACATTTTGACATCTAATCAAGCATCCTACGTATTTTCCACATGTCTTATTTGGGACCGG
CTTGTTCTTACTAGTTCTACTGTGATCATTTATACCACATTGAAGAGTTGTGAGGCAGGTAGCCTTTGGAGGGCCTCGGGTGCCTAGGTTTGGCCGGGGG
TGCCTCCTGCGTGGCGCGCCCGCCTTGGTCACATCACGCACGCACATGACTGAGTCGTCGGGAACCCCAGCGTGGTATAGGTGGTTGGGGTGGGGCTAAG
AAAGGGCATTTAATGAGCTTGAATCACTTGTGTACCGCACTTGACGGGGTGTGTAGCATTTGATCTTTGTTCATTTCGTGTGGGTCCAATTGTACACCTC
TGATCAGAGTATAATCTATTCGAATAGCCGCGTCCTCGGTTATGGACAATGCTTGATGTGTTAGTTAGTTATGTTAGCATCAAATGTGGATTATTATGGA
TGTGATTATGCTTGATGGTGGTGTTGGCATGTTGTGCCATGTTGGTATGGACTTTGGTAGTCCATGGATGATGATGAGAGCGCCGTTTGGGCTCATTTGC
TTATACATTTCAGAATTATATACTTGCTGTCCATAAATTAAAATGATGCTAGATTTACTTGTCCTTGCTTATTTTACTCATTAATTGCTCAATAAAATTA
GCTTTATGCAAATGTTGAACCTAGAGACCCACTGTAGGCTAGAAAGCTTGCATATTTCTCTCTCCCTTATGTATATATAATTTTGGGTAAGACTTGCGAG
TACAATCTTGTACTTAACCGGTGTCTGCAATTTTAGGAGAGGATTCCGGTTATGAGTTATGCTTCTTGTGTGGTCATTGCTCTGCCGAGGGCGGCGAGGG
CAATGAGTGATCTCTTGCAGCTTGGCTCTTGCTCGGTTGGTTTGCCCTAGTGGAGTTGTGGCACCACCGGTTTTATCTTTTGCTTATGAACTCTATTTGA
GACTTCCGCTGCTATATTTATGTGTCGTATGTTGAGACCTCGGACCCTATTATGTGTCATGTACCTCGCTGCACTTTAACCCTATTATGGTACTTGCTAT
GTTTATTAATT