Detailed information on CNT308742


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30583813Zea maysEchinochloa crusgalli2.5525.4591.6784forward

Expression of CNT308742

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (31 aa)
MHVSNKNQGGTVKPCVFELCSHVFRFFFELL*

>peptide 2 (30 aa)
MLYYKCLGFSIVWYFTVLPIDNFTLNFKKF*

>peptide 3 (32 aa)
MTTQPLAHWLGRGRKLREDAKPLVYCIWWHQA*

>peptide 4 (33 aa)
MRSHWCIAYGGTKHEAGTALLARKSQAHSNLIL*

>peptide 5 (37 aa)
MSVLVAFDSWIGALSNGSVEIVIYGPFSLKREELEPF*

>peptide 6 (46 aa)
MKWTSDGDPSVHDDRDRVLNLSSLHLSCVPNFQLQCRLRWLISDHL*

>peptide 7 (51 aa)
MKLPCLTRPTGCLLHTVATHQHCWPALRHIFALRPLDTCFLSQQHAETLHL*

>peptide 8 (56 aa)
MVLHRNYKKNILLSHRPKLFQLLKFLQVEMTILYCLSCCTINALVFPLFGILLSCQ*

>peptide 9 (58 aa)
MKNALMPALLACPYQARPALPSASRGEILKSQSKTNATPPPPHPPKKNNNRVPIFSPG*

>peptide 10 (35 aa)
MLFFKTLVKTRDENGQKRYLFGNKFFSHFSLIVNK*

Sequence

>CNT308742
TTTTCCTATCTCCACTTGTTGGCGACTTGGTAGTAGACTCGCGGATACGATCCTTCTAGACACTTCGACGCGCCCGTTATAAAGGCCGGCGCATCCGGGC
CATGACCACACAGCCCCTTGCTCATTGGCTAGGGCGGGGAAGGAAATTGCGGGAGGATGCGAAGCCATTGGTGTATTGCATATGGTGGCACCAAGCATGA
GGCAGGAACTGCATTACTTGCAAGAAAGTCACAAGCTCATTCCAATCTGATTCTCTAAACTTTGGAGGTCTCTTACACCTAGGCCTGAAAGCTCCTCTCC
CATTAGTTGCCTACAACATTGGAAAAGAGTTTCTCACATTATCTTAGAATCCATTGCAAGATCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGC
CTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAGAGCTATCGGTAAAACAGGAAGTCCCTAGAAAGGAAAATCGTGATTTGGAAAGGAAATTCATCAACAAACCTGA
GTCGGAAGGATGCTTAGGAAGCGGGTACTCCCTATGTTCCAGATTATAGTTCATTTAGATTTGATGTAAGCTTAACTTCTCTAACTTTGATAAGTCTATA
GAAAAATGCACTAACGCATGCATCCTCGAATTAGTTTTACTAAATTTCCATGAAAATATCTCGATGGTGCATTTAATTTAACTTATAGATGCTATTTTTT
AAAACTTTAGTCAAAACTAGGGATGAAAACGGTCAGAAACGGTATTTATTCGGTAATAAGTTTTTTAGTCATTTTTCTTTGATTGTGAATAAATAGGATA
TAGAATCTATAATACAAATTTGTATTCTTGTTTTTAACATTCAGCTTCTAAAGATTCATAAAAGGTAAACCTCAAATTCATCATATATTTTTTTAAATAA
TAGATATAAACTTCGGTATGGATTCGAAAATAAATTCGGTAATTTTTTCAACTTTTTGTGTTGTAGGGAGCAAATAATACATAAAGCAATTTATGTAATA
TTTTATTCGTATTTGTACTAATGTGCTTGATAACATAAAAAAAGATCAATATTAAATTTTATACATATCTAATTTAAAATATTAAATTTGTTCTAACCGT
TCGAATTACCATTTTCATCCCACTCAAAACTAGAGAAGTTTGGAGCATGTTATACTGTCTGTCATGTGCGTGTAGTTTCCATGAAAAAATAGTATCTAAA
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ATCAAAGACCAACGCCACCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCAAAAAAAAACAACAACCGTGTGCCAATTTTTTCACCTGGCTAGGCAAGGAGAGGGAGCGGC
AAAGGTTCCAAATGGCTCTTTAAAAACGACGTGAACTATAATTTGGAACAAAAATGAGTGTATTGGTGGCCTTCGACTCCTGGATAGGAGCCTTATCAAA
TGGTTCGGTAGAAATAGTTATTTACGGCCCTTTTTCATTAAAAAGGGAGGAGCTAGAGCCATTTTGAAAAACTCTTGAGCCTTATCAAATGGTTCGGTAG
AAATAGTTATTTACGGCCCTTTTTCATTAAAAAGGGAGGAGCTAGAGCCATTTTGAAAAAACTCTTGAGGGCCTGTTTGGCCCTTTTTCATTAAAAAGGG
AGGAGCTAGAGCCATTTTGAAAAACTCTGAGGGCCTGTTTGGCAACAATGTTTTACACATGATAATACCGTAGTTTTGGTAGCTCCAAAAATAACATGGT
TTTGAGAAACATTGTTTGGAGACAATATTATAAACCATGGTATTAGGCAAAAGCTAGTCATGCCATAAAAACTTTAGGTTGTAGTGGAATCTCCAATACT
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AACCATGGTATTGCATAGAAACTATAAAAAAAATATTTTGCTCTCACACAGACCTAAACTCTTCCAGCTCCTAAAGTTTCTCCAGGTTGAAATGACAATC
TTATACTGTCTGTCATGTTGTACTATAAATGCCTTGGTTTTTCCATTGTTTGGTATTTTACTGTCCTGCCAATAGACAATTTCACTTTGAATTTTAAAAA
GTTTTGACATAAAAATTTAAAATGGACACTTTGCCATAGCAGGTGTTATCACTGTGCATACTCTAAAGCATGGCGGTTTAAGATAGTTAACAAGCTTGGT
GATATTCAATTAATCATTGCTGACGTATTTTGTTGTTAACAGGATTCAATCAATTATTTCTGGGGTGGTCTACAGCCAATGCATAGTCTCTATCTGTGTG
TGTGTTTTGTGTTTCCCGTGCACTCTATTCCTTTCGAGAGGCACTCTATGTCAGGTGCCTGAAATATGGTTTAGCTTCAGGCAATGAAGTGGACGTCGGA
TGGAGATCCGAGTGTCCACGATGACAGAGACCGGGTTTTGAATCTCTCGTCTCTCCATCTCTCATGCGTTCCCAACTTCCAACTCCAATGCCGTCTCCGC
TGGCTGATCAGTGATCACCTCTGACCCTCTCTGGTGATGTGTACCCATTGTTAATCTCTCCAATGAAGCTACCCTGCCTGACCAGGCCCACAGGCTGTCT
CCTGCATACGGTGGCAACACACCAACACTGCTGGCCTGCCCTAAGACACATCTTCGCGTTGCGTCCACTGGATACCTGCTTTCTTAGTCAGCAGCATGCC
GAAACCCTCCATTTGTGAAACCTCAGCGGTGATAGGCGGTGGTTGTCGAACGCTGGCATGAAGGTGTGAGCTCCCAACTGCTGAATCGTGTTCCTCTTTT
ACATGCACGTGTCCAACAAGAACCAAGGTGGAACTGTAAAGCCTTGTGTCTTTGAACTTTGCAGCCACGTATTCAGATTTTTTTTTGAGTTATTGTAATT
TATTTACATTCCCTCTAGAACCGAGATTAGCGCTACCTCAGTACACTGCCGGTGCAAGATAAACGAAGGAAGCTGGGATTGCATGGCACTGCGGTCTGTT
ATGTAGCCGTGGAACAGCAAGACAAAAAGACATGGATATTCCTTGTTTGGATTGGGGTGTTTGATCCAGAAACAGTCTCATTGCTAATTGTTTCATTATT
ACTACAAATCTTGGTCGAGGCGTGAATATCCTTGCTCTTGATATAATTATAGTATTTTGAATCCCTATTGTGTTTTTTACTTAAGTGATAAATGT