Detailed information on CNT3077993


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30374531Brassica junceaArabidopsis thaliana2.9723.9287.07116reverse complement

Expression of CNT3077993

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (30 aa)
MYHIGTDLCIYCNRCDVCVSNGQYVLALIS*

>peptide 2 (29 aa)
MFFLKKKIVLCYNMQIRFYFIFTFFQIQF*

>peptide 3 (34 aa)
MSRWAETMVILISVRIVWSDVSHRNRSLYILQSL*

>peptide 4 (33 aa)
MLQHANTILFYFYFFPNTILDSRKNKYNRGQDR*

>peptide 5 (38 aa)
MLQEYSGHVICIIRMSRRHLAYLNGLLVHFDSTKYIII*

>peptide 6 (37 aa)
MIPTQNFVLNDSLDSNHANFVLPPNIAHHRWLDPYVP*

>peptide 7 (46 aa)
MYITIQEHQFSDETENYIVYIDFKFVMYERVIFERAKRISCMRESV*

>peptide 8 (42 aa)
MNTHMARSCEKLGNATAHIRCIYFTFTDFLSSLVSILQQPTT*

>peptide 9 (77 aa)
SRSLDFCALRLVAYETKLYQLKCSAPLHVREIKKPTKAIKKGDSPNEQEIRLLLSSHQIFVSFLFFSFAFLVMFFSI*

Sequence

>CNT3077993
TCAAGATCTTTGGATTTTTGTGCGTTGCGTCTTGTAGCTTATGAAACGAAACTCTATCAATTAAAATGTTCTGCCCCTTTGCATGTAAGAGAGATAAAGA
AACCGACAAAAGCCATAAAGAAAGGTGACTCTCCGAATGAGCAAGAGATAAGGCTCCTCTTATCTTCTCATCAGATCTTTGTTTCTTTCCTCTTCTTTTC
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TTGTACAGATTTTGGTTCGATCTGATTGCATGCGAGGTGAGAGCTTTAAACTTTAACCATTCATTATAGTTTGAGGTGTGGGTGGTATCGAAAAAGCTTA
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ACGATCCAGTCAAATCCAAAATAGTTTCAGTTTCAGATATTAATCAGGTTATGAGTTTTTAAATATCAGTTTATACTTGATTAAATTCAGTATATTTCCA
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TGAATTATATGTGACAATATCTGAAAAATCATGATTCACGACAAACCAAAATCTTGTACGGACGAGAATCATACATAATGAAACCTAAACAAATTAAATT
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