Detailed information on CNT30693736


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30111613Oryza sativaOryza longistaminata15.5497.5899.65282forward
CNT30101702Oryza sativaOryza rufipogon31.52100100572forward

Expression of CNT30693736

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (40 aa)
MQLITLIKMGAMLSCVFEGKKEEAVSTETDPYCRGASILK*

>peptide 2 (40 aa)
MAAGRHLTLAGKTYKCPSAAVKFSPESFHLIYICSVSRTR*

>peptide 3 (33 aa)
MNFPGYLFNPCATLRRKSCVCVNLKLTCWQMSI*

>peptide 4 (33 aa)
MSKLFPFLVFFYLDSMKGYTTAHVTLDARYVQM*

>peptide 5 (36 aa)
SIYSCCLKSIMIFQVLDVTRLHNVNNLLSLHYFHIV*

>peptide 6 (40 aa)
MSLVLQLIVVNHYSSSNGVSSVVQTTSVTVEFQLESTPLI*

Sequence

>CNT30693736
AGCATATATTCCTGTTGCCTTAAATCCATCATGATTTTTCAGGTTTTGGATGTCACACGTCTTCACAATGTTAACAACTTGCTTAGCCTACATTATTTCC
ATATTGTTTAGTGTTTACTGAGTACTGACCATAGCAAATCTTGTTTGCATGGATGAATCACATTCACAATCCAATGGCCTTATCCTCTTGATTGACTATG
TCTAAGCTCTTCCCCTTTTTAGTGTTTTTCTATTTGGATTCCATGAAGGGCTATACTACTGCACATGTCACACTTGATGCCAGGTATGTTCAAATGTAGA
AGAGATTAATTCTAGCAATTTCGTTCTACAGTTGATTGCAGATTGTAAAGTTCAGTGAACCACCCTTTGACATCAGAAACCTCTCACTAGTGTGTCTATC
TAATCCGTTGATGCTTTCTTTAGTTAGACAAACTATGTGTGTTCTGAGTTAGAATATAATATCCTGGATCTTCTGTGTTCTGTGCATGTCTCTTTGTGTA
TATATGCTTGGAGTCATGCTGTAATGATCTTCAAATTTGTCCAAGATTACCACTATCCATGAGAATATCTGCTATTGCTTTATTTGGATTTTTTGGTGAT
CGATGAGATTTTACTATATCCTATACTGTTCAGATAGCCTGAAATTCTGAAATCGTTTTCTTCAGGAGCTATGTTATTCCTGTTTAGTTTTTATATTATG
AGAAATATGTGGATCATTTATACCCTGGGTTGAACTGCACTTAACTTCTCCTGAAGACCATGTGTTGCCTCTATATTTCCATCATATCTTGTGCCATTGT
TTGTTCTGAGGGCTGTAGTTAAACTCATTTTTTTTTCCTGTTGGACTGCTGTGTTTTCCCCTGATTTTTCCATGGTTATGTGTTTATAATTTTACTCCTT
TGACTTGACATCTATTTGTAGCACAAACGGATAAGGAATCAGAGTTGTACATTTTATTTTCTAGCAGTTATCCATGGGATGGCAGCTGGGAGGCATCTGA
CCCTGGCTGGTAAGACATACAAGTGCCCCTCTGCAGCTGTAAAATTCAGTCCTGAATCTTTTCACTTAATTTATATCTGTAGTGTTAGCAGAACAAGATG
ATCATTAGCCATTGAGATGATGTAGCAGGCAGTCATATGAGATTTTTTTGGACTTCAATGTTAGCATGGCCCATTTCCTGATTAATTGGACTGGTTGATC
TGCAAAGGTTGGTCTTGTTAGCTGAAGTGACACCATATGCAGCTTATTACCTTGATAAAAATGGGAGCAATGCTCTCATGCGTTTTTGAGGGAAAAAAAG
AGGAAGCAGTGTCAACGGAAACTGATCCTTACTGCAGAGGTGCATCAATACTGAAATGAGTCTTGTGCTACAGTTAATTGTAGTAAATCACTACAGCAGT
AGCAATGGTGTTTCCAGTGTAGTGCAGACAACTTCTGTTACTGTAGAATTTCAACTGGAAAGTACACCTCTGATCTGATGTTCAGAATTGATCCTAAAAC
ATGACACAAAATTGATGCCGACTCAAGTGAACTTGTCAAGAGTCTGCGTGACAAGTTGCTTCTGTATTTAAAGTTGGTGATGATAATGCCAAAATTCTGG
TGCATGAAGGTTCTCTAACCCGTTGTTGGATGGGTTTTAAGAAAAACAAGTTGTCAACCGATTTTTATTGTAAATCATTCTAGGAAACATACTCCAAACT
AATATGAATTTTCCTGGTTATTTATTTAATCCGTGTGCCACTTTACGTAGAAAATCATGTGTTTGTGTAAACCTTAAATTGACATGTTGGCAAATGTCAA
TATAGAATTGTTTTT