Detailed information on CNT30692082


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30554221Oryza sativaOryza glaberrima10.1437.387.46279forward
CNT30370421Oryza sativaOryza glumipatula10.1435.1887.46279forward
CNT30100941Oryza sativaOryza rufipogon20.4797.2498.93563forward
CNT30576731Oryza sativaOryza barthii10.1434.3687.46279forward

Expression of CNT30692082

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (58 aa)
PFLPFSFSPSRSPSPSAAVSQAVPSLSPAPAATPHSGDPSSRRRPESVSWLLASLPLS*

>peptide 2 (57 aa)
LLFSRSLSLPHALPVPAPPFPRQCRRSPLRRLPHPTPATPLAVAGLNRFLGSSLLCP*

>peptide 3 (74 aa)
MLYLSAFGAADSPAWATCLLLALTPHSCMLGGINLKLYTNFPINGDLVMSDMFVAFAIESLKFSEIGVYYEFRD*

>peptide 4 (29 aa)
MILGDYMVPYSGSAATLLDSDSRVLLMEL*

>peptide 5 (35 aa)
MQMQLTTPTHTSICITQESSHDIIVLSFQSPDYLP*

>peptide 6 (38 aa)
MRSCLPKCIYIMILDKLKCFLLLTPNNYKLELTYLLIS*

>peptide 7 (40 aa)
SFSPVLFLSLTLSQSQRRRFPGSAVALPCAGCHTPLRRPL*

Sequence

>CNT30692082
CTCCTTTTCTCCCGTTCTCTTTCTCTCCCTCACGCTCTCCCAGTCCCAGCGCCGCCGTTTCCCAGGCAGTGCCGTCGCTCTCCCCTGCGCCGGCTGCCAC
ACCCCACTCCGGCGACCCCTCTAGCCGTCGCCGGCCTGAATCGGTTTCTTGGCTCCTCGCTTCTCTGCCCCTAAGCTAACCCCAGCCACCGGTCTCCTGC
CGCTGCAGCCGCCGTGGAGATGGCCGGTGGAAACACAGGCAACTCCGGTGGCTGCATCCCTCTCCTCCATAGCTGAGCTACCTATTCCATCCTCCCAGCT
CTGATCCCTATTGTGATATACTGGTGTGGTGTCCTCTCTTGTATGGTGTTGTTTATAAACGGTGATGTACGGGTGATGCTTGTGAATTTGTCCGAATGAT
TATACTTTTAGGGTTGTATTTACTGGATCTAGGGTTCTAGAGAAATTGGCTTGCTAAGATGGATGATGCCTATATGTTCATGATGAATGAATGCTGACAT
GAATAGAAATCACACTAGCATGATTAAATCCTTAATTATGCTTATGCAATGACCATCGAAATATTGAAATTTGCTACAAACTAATAAACTAACATGATCA
GATCCTTATGTTGCCATGCTGAACAGTAATCCGGAGGATTAATATGATTTCATTCATGCATGATGCATCATGGTAGTATCACTTAAGGGATTTAATGACC
TAAAAATTATAAATCTTGATCTTGATGTCAAAGTATACTAACTACTGAAATCACAAGTAAATAATGGTGTTTTATGGTATTGGTCTTAGCAAGGTTATGC
TGATCAACTACTAAAGTTCAGATTATAACAGATTATGATATTATGCTCTTCTCTAGATGACTTGCTGTAGAGACCCATAAGTTTAGGTTCATTCAAACTA
AAAATATACTTGTACACTAGCTATCCAGATTAATCCTATAGATTCAGTATCACTTGTATTAAGAACTAAATGCATTGATTGATTTTTAAGACTGCTAATG
TTTCTCACGGTGGGATACAATTTATATTGATTAATACTTACAGAACTAATATATGCCATGTTTTAATCTATAATCATTTGCTCTAGATGCTTTGCTATAG
AGACATATAACTCTACTCATTAATTCTAACAATTCAATTTGATTTCCTTTACTGACCTACTACAGCACGATCTGTATATGTTTTACTTGACATAACCTGA
ACAAGTGAGATTAGGTGAACCCTTCTTCAGTACTGAAGGTTATTTTATTTAAGTTATAACTAAATTCTAACTATTTATAATTTCAGGATTCACCAAACAG
ATGCATGCGCAGCTGTTTACCTAAATGCATTTACATAATGATTCTAGACAAACTAAAATGTTTCTTGTTACTAACCCCAAATAATTATAAACTAGAATTA
ACCTATTTACTTATCAGTTAAATAAAAATATTTATGTCCTACTGGTTACACTTCCTACTCTGCAGCTCAAATTACTTAATATTCTTGTTCATCTTCTAAT
GGATGCAAATGCAACTCACAACTCCTACACATACTAGTATATGCATCACTCAAGAATCATCTCATGATATAATTGTACTTTCATTTCAATCTCCTGATTA
CCTGCCATGATTTTAGGTGACTGATATATGGTTCACTACTCTGGTTCTGCAGCTTCAATCTCCTGATTACCTGCCATGATTTTAGGTGATTATATGGTTC
CCTACTCTGGTTCTGCAGCTACTCTTCTGGACTCTGATTCAAGGGTTCTCCTGATGGAACTCTGATTTCTCCTCTTTGAGCTGAAGCACCACCTGCTCCT
CCAGAAACTGAAACCCCTCTCTTCTTGAAGCTCAAGTACCTCCTACTTGATTTGCACACTTGCTACCGATTTCTTTGATTTCTTGTTCTTGCTGATTTTA
CCTCCTAATCCAATTTACAACAGTTGCCTACTTTCTTTCTTGATTTGAAGCTCCTTATTTCTCCTGGATCTCAAGCATCTCCTACTCTATTTCTTTCTTC
TTGTCCTGCTTCTGCTGTTACTGATCCATCTTGATCCATCTTGTTTCTTGAGCTGGAGTACCATCTCCTCCTAGAGCTGAAATCCCTGTTCATGTAGGAA
CTGAACACCCCTTCTTCTCCTTTTACTCCTCTGACCTCCCTCTCTATGGTTGCTTGACCACGGATGCTATAGTTGAGCTGTGGTGTGGTTGAGATGTAGA
ACTTTTAGTTGGTTATCACTCTTTCTCCCAATCTCCACTGATTTCCAGCCGAGGCTGCTTGCTGTTGTTGGGATCTTACTACTACTATGGCTGCTGTACT
ACTGGGAGTTGCTAGCTGCAGCTAGGTGTCTATCGTTGCAACCAAGGCTGGCTCTACCTGACTCTGGATAATTCACATTGATATGCTTTATCTCAGTGCA
TTTGGTGCTGCTGATTCACCTGCTTGGGCCACATGTCTGCTGCTAGCTTTGACACCTCACTCTTGCATGCTCGGTGGAATAAATCTAAAGCTCTATACTA
ATTTCCCAATTAATGGAGATTTGGTAATGTCTGATATGTTTGTTGCTTTTGCAATTGAGTCCCTCAAGTTTAGTGAAATTGGAGTTTACTATGAGTTTAG
AGACTGATGTGCAATTACCCTAAAACTCAAGAGTTTTTCTGAAAAATAAATAATTATTGAATCTTTGACGAGATGGTTCAGTTTATGGTATTATATCTAT
AAGCACCATGTATATATGCACAATACATGGGATGCATACTGTATAAAATTT