Detailed information on CNT30690868


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT002853, E-value = 0.0

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30578505Oryza sativaOryza barthii36.5628.0992.69438forward

Expression of CNT30690868

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (43 aa)
MCGSAPPPELQVFSSTAALLDLRLILLLDFRSILLLDLSFISS*

>peptide 2 (64 aa)
LFFLVLPFSPSRLTLSQCRRFLGSAGDAAALPSAGYRAPLRRPLKQMSRSRESVYWLHASLPLS*

>peptide 3 (33 aa)
MVVTTTAAAAACFGLHDQPETWVGNDSHKLFYQ*

>peptide 4 (40 aa)
MINIVLVIHLLAWLFPSCTCDTSTWLVRWDNLKLFVNFLN*

>peptide 5 (32 aa)
SLFPRSPLLSLTAHALPVPPLLRQRRRRRRSP*

Sequence

>CNT30690868
ATCTCTTTTTCCTCGTTCTCCCCTTCTCTCCCTCACGGCTCACGCTCTCCCAGTGCCGCCGCTTCTTAGGCAGCGCCGGCGACGCCGCCGCTCTCCCTAG
CGCCGGCTACCGCGCCCCACTCCGGCGACCCCTCAAGCAGATGTCCCGCAGCCGCGAATCGGTTTATTGGCTCCACGCTTCTCTGCCCCTAAGCTAACCC
CAGCCACCAGTCTCCTGCTGCTGCTGCCGCCGTGGAGATGGCTGGTGGAAACACAGCGCAACTCCGGTGGCTGCATCCCTTTCCCCCATAGGATCTACTC
TCCTCCCCTATTTTAATTTTTTGGTTACCTCGGTTGATTCTACCGTGATTGAAAAATGTGTGGTTCAGCTCCTCCTCCAGAACTCCAAGTCTTCTCTTCT
ACTGCTGCTCTTCTGGATCTAAGACTGATCCTCTTGCTTGATTTTCGCTCCATCTTGCTTCTTGACCTGAGTTTCATCTCTTCCTAGAGCTGAAACCCTT
CTTCATCCAAGAACTAAACAACCCTGCTTCTCCTTCAGATTTGGTTTTCCTCTCTCTGATTACTTGGCCATGGTTACTACTACTGTTGGTTCATGTATTG
GTTTGAGCTGGACTTCAGTTGAGCTATTTCTCTCTGGGTGGAGCTAACACTTAAGCTAATTTTTCCTGGAGCTTGGTTCTATGGTTGTAACTACTACTGC
CGCAGCTGCTGCTTGTTTTGGTTTGCACGACCAACCCGAGACTTGGGTTGGAAATGATTCACACAAATTATTTTATCAATGATAAATATTGTACTGGTGA
TTCACCTGCTTGCATGGCTATTCCCATCCTGTACTTGTGACACCTCAACATGGCTTGTTCGGTGGGATAACCTAAAGCTATTTGTTAATTTCCTTAATTA
ATGGAAAATTGGTAGAGTCTGAGGTGTTTGATACTTTTGCACTTGAATCCCTCAAGTCTGGTAAAATTGGAGGTTACCATTAGTTTAGGGACTGATTTGT
AATTTGTTCTATAACGCAGGGTCCCTTTTTGAAATATTACTAATTACACGATATGTTCTCGGCTAATGTATTTGTACAATATATGAAATGCATACTGTAT
AATAAGATTTTAAATATATAACTATATCCATGTATGTATGGATGGTTGCAAAACTGTACTGGTCAATTGTGAATAAAGTGCTATAGCTTCCATGGTGA