Detailed information on CNT30689863


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30670881Oryza sativaSetaria viridis2.2449.7690.48105forward
CNT30519752Oryza sativaSetaria italica2.3730.9290.99111reverse complement

Expression of CNT30689863

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (37 aa)
MHQIRHLGTMKWIIIFTITYKFDDINFGDSDLLFQRK*

>peptide 2 (34 aa)
MTHYLQFITPSISYRVNHHPHIIFTLFHIICRCI*

>peptide 3 (41 aa)
MHLLLHCSVFTRNPIYLYKSSPLLQFSASWCFHVTPFCPHR*

>peptide 4 (39 aa)
MTTVVGRTQMNWGIWMRRILEGVLGVPCDYIDRKYNDVT*

>peptide 5 (47 aa)
MFTVAPHCQIMEQLGLKDLSRKLVAICTINYFLAYIEYFMQVFKRSI*

>peptide 6 (42 aa)
GKVLTCHIEYYIGYRIGCSSTNKKNLIIEFVSKPRDEFIKSN*

>peptide 7 (59 aa)
MTFDGNKLYMKVVELNGIVYDIYNLKYLKCKNLKRNKVNNIFNLYNKNIHDMVSKLCIK*

>peptide 8 (32 aa)
MKLDEYKLYIKIVELDERSTTLLLKTLLFEII*

>peptide 9 (29 aa)
MFFYSNSEKQYDNGYGRASFYMFLICFHH*

Sequence

>CNT30689863
GGGTAAAGTTTTGACCTGTCACATTGAATATTATATAGGGTATCGTATAGGATGTTCGAGCACTAATAAAAAAAACCTAATTATAGAATTTGTTAGTAAA
CCACGAGACGAATTTATTAAGTCTAATTAATCCGTCATTAGCAAATGTTTACTGTAGCACCACATTGTCAAATCATGGAGCAATTAGGCTTAAAAGATTT
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TCTAATTTTTAATTTGTTAAATCTCAATATAAAAGTGGGTTAGATAAAATTTTGTTAAATACTTCTCTTGTTTCTGTAGTTCATAGATTTTTCTGGGATT
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AGTCAGCCCAAGTCTCTCTTCCTCTCCTCGGCCTGCTTGCGTCCGGCCTAGCCGGCCCAGTCCGCCGTCCCTCCCTCCTCTCTCTCTCGGTGCCGCTGAC
AGGTGGGGCCCACCTGTCATTCGTCTTCAACCTTCGGCCGCTCCTAGCCGCGCCGCAAGCCGCCGATCTCCTTCTAAAATCCGGCCGTCTCCTTCCTCCT
TCGGCCGAATTGATTGAGGGGAAATAATCTCCTCGATCTCCTCTTCCTTTTCTCTTTAGGAATCCCGGGCTAATTTCGTTTGGAAACCGACGGATTTGAG
CTCGATTCGGATCAATCTCTCTCTTCTAACCCTAAAACTTTCCATCTCCTTGCCGCCGGCCATGGGCCTCCGTCGCCGCCTCCTAGCCCCT