Detailed information on CNT3062643


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot:
sp|P56785|TI214_ARATH, E-value = 0.0

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30272010Arabidopsis lyrataChenopodium quinoa5.6941.5982.49257forward
CNT30237505Arabidopsis lyrataBrassica oleracea11.0123.6789.13497forward
CNT30313805Arabidopsis lyrataCamelina sativa8.697.2495.1388forward
CNT30612782Arabidopsis lyrataArabis alpina9.5597.7390.72431forward
CNT30608392Arabidopsis lyrataGossypium raimondii1.6423.0586.4974forward
CNT3027120Arabidopsis lyrataPopulus trichocarpa1.2625.2289.4757forward
CNT30321088Arabidopsis lyrataAsparagus officinalis5.4526.2582.93246forward
CNT30114853Arabidopsis lyrataEutrema salsugineum1.9724.7292.1389forward

Expression of CNT3062643

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (32 aa)
MYFCLKKFPNNCFTPLGTHGSFNYLSTKIRLL*

>peptide 2 (30 aa)
MNWKSRIHAYSYHTEMISVSSIKPIAIHTS*

>peptide 3 (30 aa)
MKDSLFLKKNLYLILNKKGCYAYVIFKNSL*

>peptide 4 (29 aa)
MLLIKLISCIKIEFKTIPHICAYSCFHIP*

>peptide 5 (35 aa)
MSRLISPLSIEDIAISFGLFSLTKRQYTFTLLRIF*

>peptide 6 (39 aa)
MKFLRIFFFSPHISNEKKKSLSILSKKGGNVLLLEKIPK*

>peptide 7 (46 aa)
MIPRKIAIDSCSMQNFRKKKDLRINRVFFLLNVCQIFFDDSIILES*

>peptide 8 (47 aa)
MIFLLTFMFSLKFKRSNLIGMTHGFILYVLENKKNSGKKKNSKFVIR*

>peptide 9 (68 aa)
MYFFLLLVSTQGSIFTFFVNQKLRILQSKYFLCRISPIPRILYFSRKEETKQLSRAMPIDMSKIFSVE*

Sequence

>CNT3062643
AAAAAGAAATCCTTCCCCTTTTAATATGAATTGAAAGATATTAATTTTACTGATCAGTAATAATAATGGTAGTTTTTTTGTACAAGGATCTGAATTTAAT
TATCAACTTCTTAATTCTTCATTTTATAAAAAAAATCTAAATTTAGATCTCAAAAAGAAGGATTCTGTTAATTTATTTATGGATCCGCTCTAATTGGTAT
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GAAAAGAAGAGACTAAACAATTATCTAGGGCAATGCCTATAGACATGTCAAAAATTTTTTCTGTAGAATGAATAGAGTTATAGCAAAAAAGATTATATAT
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TCTGCCAAATTTTTTTTGATGACTCAATTATTTTAGAATCATAACGCAGTTTGGTACAACTATTAGTTAAGTTTTGTTTTTCTTTTGAAATAGTTTCTAT
TTGATTTCTGATTGTCTTTTTTCTATCAATCAAATTTTTTATTTTGTTTTCGCTAAGTGAAGAATTTGTCCACTCCATGGATTTTTTTTGAACAGATAGT
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TACATTTTCTTCATTTTCGCCTTCCAATTCTTCCAACTCACTTATTAATTTGTATGACCATCGAGGAACTTTTTTATTGATTTCATGGAAATCAATAAAA
TTTTTTATAAGCGTTTGATCGTTGCTATCAGTTCTAACGATATCACATAAAAATTTGAAAATTTTTATTTCTTCTTCTGAATGAATTTTTTCTTCTTCTT
GGGGTTCTGAAAAAAAAGAAAGTTTTTTCTCTATTGACAAATATTTTCTATTAAATTTTTCTATTGTTTGCTCAAATTTGTGATAATTAATCTTCAGAAG
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CCATTCCTTATCTAAAGCTTCAATTCGATTTAAAAATTCTTTTTTTAAGTTTTCCTTTTTTTCTTCATGGATCAAACTCCAATAAGTAGAAACTTGGTCA
GAGGGTATTTTTTCTCTTGTAAATGAAGGTATCCTTTTTTGGATCATTTCAAAAAAGGTGGAAAGGTTGGGGGGATATGTAAAAGAGATTCGTTCTTTTC
CATCACTTTGGCAT