Detailed information on CNT30612022


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT3060146Arabis alpinaArabidopsis lyrata6.0428.7886.52141reverse complement
CNT30480070Arabis alpinaArabidopsis halleri4.828.0789.29112forward

Expression of CNT30612022

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (52 aa)
VAVSTEISCRHLYLYHYLFLLVSFVFSNLYLFIRGRQRERPNQWRKSAKIRS*

>peptide 2 (49 aa)
MIITPRPPCRGPTPTPGSQAETSLTVGALVREVRNACLLTLQSPVGHPS*

>peptide 3 (88 aa)
MHHIFSDNAPNISKIWGVTMITSNISWLSLSFPYVLFCYIYPLVLFEFTVTRSLLTFDVRSSHAISMTMAFSGSHSSLLINYTWVIVV*

>peptide 4 (30 aa)
MNLKIKSTNIKKLSKCLYKSTKKKSQSIQK*

>peptide 5 (42 aa)
MCYLVLESRLLLEFVDTYSSIYFTLSIYFKYLLILKIILIFI*

Sequence

>CNT30612022
CGTCGCCGTCTCCACCGAGATTAGTTGCCGACATCTCTATCTCTATCACTATCTCTTTCTCTTAGTCTCTTTCGTTTTCTCTAATCTCTATCTTTTTATC
CGGGGAAGACAGAGAGAGCGACCTAATCAATGGCGGAAATCGGCAAAGATTCGCAGCTAAGGAAACTTGTATTCATTTCTCCCTTTCTATTGTCGCTTTC
TTGACCCTTCTGCTTCTCTGATTCTTAGTTCCTCTCATGTTCATAGATTGCTGGTGAATCGTGACTCAAAGGTCACCAATTTTGTTGAGGTTTGTGGGTT
TTTTTTATCTTGATTCTAGTTTTGTTTTTGCTTACTAGATTAGGGTCGGAGAAAAGTATCATCATGTGTTATTTGGTTTTAGAATCAAGATTATTGTTAG
AGTTTGTAGATACGTATTCATCGATTTATTTTACACTATCGATTTATTTTAAATATTTATTAATTTTAAAAATTATTTTAATTTTTATTTAAAACTAAAA
AATCAAATTATTTTGTTTTAAAAAAATAGATAGATTAATGATTAACTAATAGCCTAATAGTAAAAATATCATTTCAAACTAAAAATAGGGTAGTTTTCAA
ATATTAACAAATTTGGTATAGTTTTCAAATTTTCAAACAAATTTAGGGTACTTGTCCAATTCTCTCGATTTAAAAACTATACCAAATTAAAAATCTTTCT
GTAGCCTAGTGGTCTATCAAGTGCTGAGGGGCACCAAATCTCGGGTTCGATCCTTCTATCATGAGTTAAAAAGTTGACAAAAAAAAATAAAAAATTATAC
CAAATTGTTAACATTTGTAAACTACCATTTTTAATTTGAAATGACATTTTATCTTTAATTAATCATTAATCAGCCTAGTTTTTTTCTAAAACAAAATAAT
TTGGTTTTTCAATTTTGAATAAAAATTATATATAATTTTTAACTAATAAATATCTAATAATTATGATGATAAAAAAATAATCTAATAACTTTAAAATATA
ATCTATTTTCTATTAATTTAAATAAAATTAGTCATTATTTTTTTATAAAATAATTACGAATTTAAATGTTGTAATTTAAAATTAATTTTATGATTTACAG
TTTAATTAATTTATATATTAACTTGTTAAATCGATGAATATATTAATTAAGCCAGTGGTTTAAAAAGTCGACAAAGTAAAAAGTCAACGAACATAATATA
AATTGATAGTGTAAAATAAATCGATGAATACAAAAAATTAAGTAGAAGAACATAACAAAATTAAGTCAATGTTTATATAAATCGACAAAGAAAAAAAGTC
AACCAATACGAATCTAAATCCACAGTTGAAAATAAGTCGATGAATCTGAAAATTAAGTCGACGAACATAAAAAAACTAAGTAAATGTTTATATAAATCGA
CAAAGAAAAAAAGTCAATCAATACAAAAATAAATCCACGGTTGAAAATAAATAGACGAATCTCAAAATTAAATCGACGAACTTAAAAAGTAAGTCAATGG
TTACATAAGTCGACAAAGAGAAAAGTTAATCAATATAAATATAAATCTATAGTTGAAATAAGTCGACTTAACTGAAATTAAGTCGAGGAACATAAAAAAG
AAGTCAATAGTTTAAACAAATCAATATCAACGAAGAAAAATATAAATCTATGTTTGTCTTGTGTTGCACGGCGTGTTAAGGATTTATATTTCCCCCCGTT
TCATTGTGATGATTATAACGCCCCGACCGCCCTGCCGTGGCCCCACGCCCACTCCCGGCTCGCAAGCCGAGACTTCTCTGACGGTCGGTGCGTTAGTCCG
GGAGGTTCGAAATGCATGTTTACTGACCCTGCAATCACCAGTAGGTCACCCATCTTGAAATTGCTTTAGGTCAAGCACACTTAACTCTGGAGTTCTCGCA
TGATGTGTGACCGAGAAAATAAGTGCACTTTGGTGACATAGGTAGCCAAATCAATTCTTTTTAAGCCTCTCCGCATGCACCACATATTCTCAGACAATGC
ACCAAACATTTCTAAAATCTGGGGTGTTACAATGATCACTAGTAACATCTCGTGGCTTAGTTTGTCTTTTCCTTATGTTTTATTTTGTTATATATACCCT
TTGGTCTTATTTGAATTCACAGTGACTAGATCTCTTTTAACGTTTGATGTAAGATCTTCACACGCCATCTCAATGACGATGGCTTTTTCTGGATCCCATT
CGAGTCTACTAATAAATTATACTTGGGTTATTGTAGTATAGGGTAAAACTTGGACTGTATTAAGATGCATGATAAATTTGATGTATTTTCAGTTAAAAAT
TAGTCATTCCGTTGCAAATTACTTGTCATTCTAG