Detailed information on CNT30606970


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot:
sp|Q2L917|ATPB_GOSHI, E-value = 1e-29

BLAST vs NONCODE:
NONORUT002105, E-value = 2e-30

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30710344Gossypium raimondiiGlycine max1035.8685.88170forward
CNT30104429Gossypium raimondiiOryza rufipogon10.8828.0384.86185forward

Expression of CNT30606970

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (46 aa)
MEKKIENLITKMFSALDFEGCCYSYAMEYLEQLLCQSLPFLLLEHL*

>peptide 2 (44 aa)
MWVFCVKSSFHSQASVLRISEIIKHDGYADSDSLSNLISQPEQL*

>peptide 3 (69 aa)
MHNFETLKSFSLSPSSGAPQILSKSPSLPLQLRPDNGEKKPSIASKKRWNRHYAELLIVGEATWVKRRG*

>peptide 4 (68 aa)
MGSCCNVGTCGAEATCCFRASVTLGQLGLVIGLGCNLGFGSVLVSIVGPRALIGYYTSHIDALNESHT*

>peptide 5 (30 aa)
MNPKSTTFFTNTSTNAQNLSFNPQQMALKG*

>peptide 6 (31 aa)
MQMQSATTPSTPFDIYLFDAIVTHVFFSCGY*

>peptide 7 (40 aa)
MSSFLVVISKSIYYQIDLQSSHNLGITINLEDKKPPTLNR*

>peptide 8 (39 aa)
MLLFLCYGILRATPVSITSVPLVRASVALIATTLNSIIS*

Sequence

>CNT30606970
GGGCCACTGAAACAGGCTCTAAACGACGTCGTTTTACGACCTATATATGCATAATTTTGAAACCCTAAAATCATTTTCCCTCAGCCCCTCTTCTGGTGCG
CCGCAAATTCTCTCAAAGTCCCCTTCTCTGCCGCTCCAACTCCGACCAGACAACGGCGAAAAGAAGCCTTCAATCGCCTCCAAAAAACGGTGGAATCGGC
ATTATGCGGAGTTGCTGATCGTGGGTGAAGCGACGTGGGTGAAGCGACGTGGGTGATGGGTAGTTGCTGCAACGTGGGAACGTGCGGCGCTGAGGCTACC
TGCTGCTTTAGGGCTTCTGTTACCTTAGGCCAATTGGGCCTTGTAATTGGGTTAGGTTGTAATTTGGGCTTTGGGTCAGTTTTAGTGAGTATAGTTGGGC
CCCGGGCACTAATTGGGTATTACACAAGTCATATTGATGCACTTAATGAGTCCCATACTTAACATAATTCGACATTCAGGAAGGAAGAGTCTATAAGTTG
AAAGATAAAAGAGCACATCTTAAACCAACCCCCCCCGCTCTTTCTATCTATACATATAGTTAATAGTCATGTAGAAAGCAATGTGGGTGTTTTGTGTAAA
ATCATCATTTCATTCCCAAGCCTCAGTATTACGAATCTCAGAAATCATTAAGCATGATGGATATGCAGATAGTGACAGTTTATCCAATCTCATCTCCCAA
CCAGAGCAGCTTTAGAATCCATCCATCCTTATGAATCCCAAGTCAACCACTTTCTTCACTAACACATCCACAAATGCCCAAAATCTCAGCTTCAACCCAC
AACAGATGGCATTAAAAGGGTGATCATTAACACTGCCTCCCCAGCCATAGTGACCATGCAGATGCAGTCAGCCACCACACCTTCCACACCCTTCGATATT
TACTTGTTTGATGCCATAGTAACACATGTCTTCTTTTCTTGTGGTTATTAGTAAATCAATCTATTATCAAATCGATTTACAAAGTAGCCATAATTTAGGA
ATCACGATTAATTTAGAAGACAAGAAACCACCAACACTTAACCGGTGAGCAAAATTTGATCCACTTAACAAACCTGTTCATTTAAGTGGTTTTATTGGTC
TAATCAATTATGGTCTCGATTAAATTATTATTAAAATTCTGAGCTGATAAACTTAACAGACTTAATATATGCTATTTTTATTTATTTTAAATGTATTTAT
TATATATAATATGATCTAGATATATATATATTTTATAACATTATAGAAGAAAAAAAAAAAGTAGGTTAATCAACTTAATCAAGAAATCGATTCAGTTGGT
TAAGCGACCGTCGATGAATTCAATTAAAGTTGGAGATAATTGACTAAATTAAATTTGAGAAACGAATTGAACTAATGGAAAAAAAAATCGAAAACTTAAT
AACAAAGATGTTTAGTGCATTGGATTTTGAGGGATGCTGCTATTCCTATGCTATGGAATACTTAGAGCAACTCCTGTGTCAATCACTTCCGTTCCTCTTG
TTAGAGCATCTGTAGCACTCATAGCTACAACTCTTAACTCGATTATTTCTTAATAATTGTTGTACCTCACAAGTTACATTAATTTGTTGACCAGCGGTAT
CTCGACCCTTAACTACTAGAGCGTTGTAAATATTATGCATCTTGCCCGAGGGAAAGGCTACATCCAATATTGGACCGATGATTTGAGAAATACGCCCCAG