Detailed information on CNT30597168


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30697615Oryza meridionalisOryza sativa71.9563.7393.241272forward
CNT30555582Oryza meridionalisOryza glaberrima71.9520.595.051272reverse complement
CNT30371298Oryza meridionalisOryza glumipatula25.237.9585.43446forward
CNT30110006Oryza meridionalisOryza longistaminata64.0358.4197.881132forward
CNT30104449Oryza meridionalisOryza rufipogon58.6554.6996.621037forward
CNT30578550Oryza meridionalisOryza barthii71.9518.2395.051272reverse complement

Expression of CNT30597168

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (57 aa)
MQPDPRCFLFVADGPMASFLFSRGHSSPFPLRRGWAGGKSVGKGSIGFDLTSFAAVC*

>peptide 2 (58 aa)
MLWFRAMVNCNLLKFKYVNIVQLVCFHYKQLSKNILFVIRTFKPEKLKLVVWIGHGYE*

>peptide 3 (70 aa)
MIHLAVTSFEQYYKVVKVILKSFDYLGEINLKIYFKNIYGPQHYKAICLKFLLSRNKCFMNYGGVLSSSI*

>peptide 4 (60 aa)
MFSPFQSRLLLRFWVKITSEIDIIWRPFVCLENSGYLSPSCCAFMVVLSEHRHGHSSPRI*

>peptide 5 (67 aa)
MAIVLREFDVNLFTSGKSYISQLLTCCEGSFVVTKKAHPKVSVVDDSFGSYFFRTILQGCEGDSEIF*

>peptide 6 (54 aa)
RYPPRWFSSPLLYKCSPILAAFFSLRMVPWLPSSSRAVILPLFPSAAGGLVVSR*

>peptide 7 (51 aa)
GILLGGSPLRSSINAARSSLLSFRCGWSHGFLPLLARSFFPFSPPPRVGWW*

>peptide 8 (34 aa)
MANCGLLCWVYYARSVGLCQFMFGSMDLSWIFWA*

>peptide 9 (32 aa)
MEEFSVAVFDFYLVQFASPVVSFTYGLVLFHN*

Sequence

>CNT30597168
TCGGTATCCTCCTCGGTGGTTCTCCTCTCCGCTCCTCTATAAATGCAGCCCGATCCTCGCTGCTTTCTTTTCGTTGCGGATGGTCCCATGGCTTCCTTCC
TCTTCTCGCGCGGTCATTCTTCCCCTTTTCCCCTCCGCCGCGGGTGGGCTGGTGGTAAGTCGGTAGGTAAGGGATCCATCGGTTTCGATCTCACCTCGTT
CGCTGCCGTTTGTTGATTGATGATCAGGTGCACCAACTAGCCGGATAGATTGCCCGCTTGCTCGTCCTTTTCTGGGGCTTGATCCGTTCAGTTTGGAGGG
GTCTAGTTTCGGCGATTTGCTTCTGCTGTTGTGTTAGTTTTCTGAACACAGTATCTCTTTCGATTGGTTTATGGCTAATTGTGGTTTGCTGTGTTGGGTA
TACTATGCGCGATCGGTTGGTTTGTGTCAATTCATGTTTGGTTCGATGGATTTGTCGTGGATATTTTGGGCTTGATCAAGGCTAGATAAACTGAAGTTTT
CGCTCTGAAATGGTCATGCTATGCAGTTTTTCCTTCAGATCTGGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCTTATCAGAAAATTTAAGTAGGTCTGTTCAGAG
CTTTCAAATCACCGGCTTGAACTTGTTCAACTTCGGCAATATCTTGAATATGGTTGGGTGCCATCTTAACCGGACCATGTATTGCTTTTTGGCTTTGATA
AAAATCGGCAATATGTGCTCGAGTTTGAGGTAAACTAGGGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACTTAGGATTTCTCACGA
GGATTTAAGGAGCTCTTTTTGACTGCCTTCCCTGTGGATTAATTTATCCTAGTACAGGAACTACAGATTACTTGCTGCTTGACCTGCTCAGTTTGAGGTA
CAGATCTCGTGATTTTCCTGTTTACTGGTGTTAGTTTTAGCCTTTTAGGAACCTTGATGCTTTGGTTTAGGGCTATGGTTAATTGCAATTTATTGAAATT
TAAATATGTCAATATTGTGCAGTTGGTTTGCTTCCATTACAAGCAACTGTCCAAGAACATTTTATTTGTAATACGAACATTTAAACCAGAGAAATTGAAG
CTTGTTGTATGGATTGGTCATGGTTACGAATAGTCATTGGTGTATAAGATGTTTTCTCCATTCCAGTCAAGACTGCTGCTACGCTTTTGGGTCAAAATAA
CAAGTGAGATTGATATTATTTGGAGGCCATTTGTCTGCTTGGAAAACTCTGGTTATTTAAGTCCATCCTGCTGCGCTTTTATGGTTGTCTTGTCAGAACA
TAGACATGGCCATAGTTCTCCGAGAATTTGATGTTAACTTGTTTACTTCCGGAAAAAGCTATATCAGTCAGTTATTAACTTGCTGTGAGGGGAGTTTTGT
AGTAACTAAGAAGGCACATCCTAAAGTTTCTGTGGTAGATGATTCATTTGGCAGTTACTTCTTTCGAACAATATTACAAGGTTGTGAAGGTGATTCTGAA
ATCTTTTGACTACTTGGGTGAAATTAATTTGAAGATTTATTTCAAGAACATTTATGGACCTCAACATTATAAAGCCATCTGTTTGAAGTTTCTTCTGAGT
AGAAACAAATGCTTTATGAACTATGGAGGAGTTCTCAGTAGCAGTATTTGACTTCTACTTGGTCCAGTTTGCATCTCCAGTAGTATCCTTCACATATGGG
CTTGTACTGTTCCATAACTAGCTAGGCCCTGGGTTCATTTCAACATATGATTGGCCCTCTTGTATGTT