Detailed information on CNT30575904


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30690536Oryza barthiiOryza sativa4.325.788.55166reverse complement
CNT30553099Oryza barthiiOryza glaberrima99.9590.9698.943855forward
CNT30369160Oryza barthiiOryza glumipatula2.7523.7191.51106reverse complement
CNT30100592Oryza barthiiOryza rufipogon100.5290.1297.783877forward

Expression of CNT30575904

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (45 aa)
MVSNKNVLSLPISLFPPHFSMVVWVWSPFISQGQDCSWASQTIST*

>peptide 2 (45 aa)
MINKVEHSWISYLIIVVNQETNSANPEKVSTPKILKHTADKVDMV*

>peptide 3 (69 aa)
MDYCLWMAMLFNKMKSLNIMKYYFLDPIKLQMQSVSLLPCELKFHFFTYSYCTIHGCFIIDVLSFVECA*

>peptide 4 (66 aa)
MLWWSCGGGYPLLVIKVLNLLGFSIAQNCIFPLLKIAGNKFDSIGQYNLLVMLCKMLCQIHEYYPH*

>peptide 5 (40 aa)
MAICIALHLEAMSPQLLSTIFLAPPPFSFKVKLKISFESL*

>peptide 6 (39 aa)
MINLPCFIGVEIGGSIVGLFLLSFQVYLSRTVCCRRGCC*

>peptide 7 (42 aa)
MKNTRVYDGVYRRVAQLLARHLSPFETKYLFILYSTRYLFSE*

>peptide 8 (42 aa)
MISPLLIYELFFLTFSCCCCCLVTFLILCFQQGSFALMQVTC*

>peptide 9 (37 aa)
MGLVPFYQSRTGLLLGESNNFHLAHSFRYFSEQIIFL*

>peptide 10 (34 aa)
MYLAFESYMAAQYLHTISEFWVKVSNYFKDKLDI*

>peptide 11 (74 aa)
MYCPSPYLCFPPIFPWLYGFGPLLSVKDRTALGRVKQFPLSTFLSLFFGANHFSIKNALPYSTPLLTSQHTLFM*

>peptide 12 (77 aa)
MLGKKLGQLRPSNAGKDGKEWLLLEELQGQIARAASRNVNHGNLHSPSFGSYVPPTIEYYFFSSTSLFIQGKIENII*

Sequence

>CNT30575904
CTTGCTCTCCTTCTCTCTCTCTCTAATCTAGATCCAGAGCCGGTGGGGAAGTTGGATGTGACAGATCAAGGCCGCCGGATCTGTTGAGCTCAGCAGCGGC
AGCAGCTTGGCGATGATGGCAGCAATGTCTCAGACATGCCCTCCTCCCCACTGGTGACAAGCATGAGGCCACGGCCGAAGCTTATCTTTCGCACCTCCAT
CAGACTAAGTTTCTAATTTTCTTGACATGCTAGGGAAGAAGCTCGGCCAACTGCGACCTTCTAACGCAGGGAAGGATGGAAAGGAGTGGCTCCTGCTTGA
AGAGCTGCAGGGACAGATCGCCAGGGCAGCCTCGAGGAATGTGAACCATGGCAATCTGCATAGCCCTTCATTTGGAAGCTATGTCCCCCCAACTATTGAG
TACTATTTTTTTAGCTCCACCTCCCTTTTCATTCAAGGTAAAATTGAAAATATCATTTGAAAGTTTGTAAAATACTATGTATTTGGCGTTTGAATCCTAC
ATGGCTGCACAATATTTGCACACTATCTCTGAATTTTGGGTAAAAGTTAGTAATTATTTTAAAGACAAGCTAGATATATGAAGTTTTTAAAATATAACCT
CTATTATTAGCTATTGGTTCTCACTGGTAAAGCAAGTATACAGTTAATCAATCTGGGCACTGCAACCTTAAAGCAATAGTTTTCCTTACTTGTTCTTGCT
TTTCTTCAAATTAAGTTGAAATCTAAATATTCATCCAGTGATTTTGGAAGATGAAAAACACTCGTGTGTATGATGGAGTTTATAGGAGAGTAGCACAATT
ACTTGCAAGACATTTGTCCCCTTTTGAAACAAAGTACTTATTTATTTTATATAGTACAAGATATTTGTTCAGTGAGTAGATAAAAATCCAGTTTGTTGTG
AAGGCTTCCAAATGGGCTAATTTTGCACTATATGATTAGCCCTTTGCTTATATATGAACTTTTTTTTTTAACATTCTCTTGCTGTTGCTGCTGCTTAGTG
ACATTTCTCATTCTGTGCTTTCAGCAGGGCAGCTTTGCTCTTATGCAAGTGACATGTTAACACTGCAGTTGTTATACTATAGGCTGTGTGATAGTTTGCT
GGTCAAGTTGGACGCATACTAAATGTTTGTGATCTTTTGATGATTAATTTACCTTGTTTTATAGGTGTAGAAATTGGTGGAAGCATAGTTGGTTTGTTTC
TGCTCTCATTTCAGGTCTACTTGTCCCGTACTGTTTGCTGCCGGCGTGGATGCTGCTGAGTCCCCACACATCAGCCACGACTAGAATCCTGGAATAGCCG
CTACCATATATATGGCGTTTGCTTCCTAGAATCCTTTTGCTTTACATAAAACTGCAATCCAGACTATGAACAAACACTTATGGTTCAAATCCTATAACCC
TTAATTATTATTACTATAAATGTCTACTGCTTTGATATGATCCTTATCTTCAGCTTAAACATATGCCATGAAAAAAAAATGCATGAAGTAACTCTCAGCC
AACTATGGTTTGCTATCCTCTAGATGGAAAGGTATAGCTGGGGTACATATTTGTAGCTAATCTGGGATGAGCTACATTTTTTTCCAGCCTGATTCATGTC
TAGCAATGTAAGCTTTATAAATATTTGATCTTAGTCAATCTTGTGGAAATGGTATTATTTTGGCTTAATTTTCCTTTCTTATCTTTCAGAATAACATAGC
TTCCTGATCACCAAACTGCTCATGCTCCTTGATTAGAACATAAATGGTTAGTAATAAAAATGTATTGTCCCTCCCCATATCTCTGTTTCCCCCCCATTTT
TCCATGGTTGTATGGGTTTGGTCCCCTTTTATCAGTCAAGGACAGGACTGCTCTTGGGCGAGTCAAACAATTTCCACTTAGCACATTCCTTTCGTTATTT
TTCGGAGCAAATCATTTTTCTATAAAAAATGCTTTACCCTACTCTACTCCACTACTAACATCTCAACACACTCTGTTTATGTGAGCAAACATATATAAAT
TATGTGTACAACCGTACCTCTCACATATGTAGTTTTTTATCTGTAGATTAATTGAATATGCACATGAGAATTGCTTGATTAGGCCTGGTGTTATGGTGCT
GAATTGCTGATTGAAAAGCTGGTGATAATGTTGGTATCGTTTTGGTATTAGTTCATATTTTAGAAAGGTTGCAAGCTTATTGCTATTATGTTGGCTTAAT
ACTCACAGGCAGATGTTGTTTTTGCATGCTAAGTGATATTGATAGGTGCTAAGCTCTTGGAAATTGTTACAAACCAGAAACATAATTACCTCATTCAGTT
TTTCTACAATAAATATTTTTCTCTTGAATGACCAAAATTAATTCTATGCCTTCTTTTTGCTTAATTGTTGATTACACATTTATGCTAAACTAATTACTGC
TCTTTCTGTGACATTTTAAGCATCCTCTGACAAGTGTTAGGTAGAGCCTGCTTTCATTTGCCGCAGATCGGGTTTAAGTGTATGATCAACAAAGTGGAAC
ACTCATGGATATCATACCTAATTATTGTTGTTAACCAGGAAACGAACTCGGCAAATCCAGAGAAAGTGTCAACACCTAAGATTTTGAAGCACACAGCTGA
CAAAGTGGACATGGTGTAACAATTTCTAGAACAAGATGCACCATTTATAGAGAAAAATGTAGTACACGTATTCTCACAGCAGTCCTAGGAGTGCAATTGA
TTTTTTTACATGGATGAAATGGAAGGCACGATACTCTGTTCCTGTGAATGAATTGAGACCATCCTAATGTTGGTTTGCACAGTTTGATCATGCAAAGTTA
AAGAAGATGTTGTGGTGGTCTTGCGGAGGTGGGTATCCATTACTGGTGATTAAGGTGTTAAATTTGCTTGGATTTTCCATTGCTCAGAATTGTATATTTC
CATTACTGAAAATTGCAGGCAACAAGTTTGATTCCATTGGCCAATATAATCTTTTAGTGATGTTGTGTAAAATGTTATGTCAAATCCATGAGTATTACCC
ACACTAGAACCAAATTTGTGCCACAATGTGTTGTGATTATTGCTGAGGCATAGAATTTATTTGTAAAAAAAAATGTGTTATTAGCTTGACAGAAGAAAAA
AACTACCAGATTACGTTTTATAGGATAAACATTGAACTAATTTGTTTAGTATGACATTTTGTTGAAGCTATCTTTTTCTTAATGACTTTGGAAGTAATGT
AGTGTTTCATAACTAATTACAATACCTTCAATGAAGAGATTATCGTCCTAATGCTTTTGTTTCATGTGCACTCTATTGCGTTAAAAAAAGAAGTGGAACC
TGAAGAACTTTAGAGGACCTCGCTTGGCCAGTTGGCCTGTCTCTGTGTCATTATAGCTTCTCACTTACAGGCAACCAAGGTCTCTTCATGGATTATTGCT
TGTGGATGGCCATGCTCTTCAACAAAATGAAAAGTTTAAATATAATGAAATATTATTTCCTTGATCCCATAAAGCTTCAGATGCAGAGTGTGAGCTTGCT
GCCCTGTGAGCTAAAATTCCATTTTTTTACATATTCCTATTGTACTATTCATGGCTGCTTTATAATTGATGTGCTTTCGTTTGTAGAGTGTGCTTGAATT
ATTAATCAAATAAGCAGATTTACTGTAGGAATTCATGTAAGCATATTTTATAAACATAACTAAACTTGCCATTCATCTGGTCCAAGGAGGCCATCGCGTC
CATGGTGTTTTACTCCTTCAGTGGACTGCTTTTACGCTATTATAAACATAAAAATGGATTTATGGAAGTCTAGATTTCCAACTGTAAATTTTTGTGCTAT
TCATCATCAAAGTTCATAGTGTATATTCTGTTATGTGTAATTCCTACTGTATTGTTC