Detailed information on CNT30575570


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT005458, E-value = 2e-10

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30553227Oryza barthiiOryza glaberrima98.2284.799.884074forward
CNT30110600Oryza barthiiOryza longistaminata42.0260.2398.111743forward
CNT30118033Oryza barthiiOryza nivara73.8410099.443063forward

Expression of CNT30575570

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (47 aa)
SMNLSPSPRLAQLFFLIFRRGRRRLLPRIPPPFLLPPTCHRRRHPWQ*

>peptide 2 (47 aa)
MEKNLILTECICVQIVDKRMSNVLFWRRHETICVIILVHIPFMQIFN*

>peptide 3 (86 aa)
LNESFAVSEACTTLLPHLPPRAATAAAQDPPAFSPSAHLPPTPPPLAVTPPPRCQRHRRRRLLLWQCGGLLLPCLHQKPVEWEAPS*

>peptide 4 (76 aa)
MRFHRCIKIYCVTMKPVATTILGYQYVLPRCTSWVMSCGSCPYPPGKYVDRLCEVLGQRHRDIVLGRRYGERYVYR*

>peptide 5 (39 aa)
MLVSLQFTYEGDMKSGMSNSCGFASFSGHTYFHPFCSKQ*

>peptide 6 (34 aa)
MREIFSLYFLTWVHFESGRIGSVGSVEYKEVVCD*

Sequence

>CNT30575570
TCTCAATGAATCTTTCGCCGTCTCCGAGGCTTGCACAACTCTTCTTCCTCATCTTCCGCCGCGGGCGGCGACGGCTGCTGCCCAGGATCCCCCCGCCTTT
TCTCCTTCCGCCCACCTGCCACCGACGCCGCCACCCCTGGCAGTGACTCCTCCTCCCCGCTGCCAACGCCACCGCCGTCGACGCCTACTCCTGTGGCAGT
GTGGAGGACTGCTGCTTCCCTGTCTCCATCAGAAACCTGTCGAATGGGAGGCACCATCATAATTATATGATCTAACAATATGAAGTAACCATCAACTGAT
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GCAACGGGAAATGCTATATACATGGCCAGCCATTTATATTCAGTGTTTAAGTCGATATATTGACCACAGATTTGGTTTATATCAGTAAATGGCCATGTTT
TTTTCCCAAGTTATGTTTCTAAATATGTAGACTGTGGTACGATATTTATAAAGTTCAAGTTGTCTTTGTTTCCCAGAAAATCTTAGGTCTAGCAGACTTA
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CTCAAGTTAGTTTTCTTCCTTGTAGGATAGTTACAAAAAAATAAGGTAAACTTGCATTTCTTGCATGAGCAAAGTTCATTACAACCTATCTAAGTATAAT
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TTGTTTCAGTTATACAGTTCCGCATAATTGTGTGACGTCCTGACTAATCCTGACTAATCTGTATGACCTTTTCTTCCATTTACAAATGCTTGTGTCTCTC
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GTACTAGACTCGATTGTTATAGGCAACTAAGTAAAAAAAACAAGGTGATCCAATAAAGTATTAAAACACCCATGGATCATGTTGCTACCCTGTGGTGATG
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TTTTCTTTAGTTCTCTTCAATAAGTTACCTCTTTAATTATATGGCTTCAAACTTTTTCATATTCCCGAGAGCATGTCTGTTTGGCACCAAACTGTTCACC
TGAGCAAATGGTCCAATAATGAATTGTGCTTTGTCATGGTACGTTGCTAACTGTTTGGGCCTTCTGGTGCAATTTTATCATTGAGATATTTTGTGCAGTG
ATGAAATGCATATTTGTATTGTACGATACTTTTATATTATCAATAGTAATTTACTTTAATTATTTTTTCAATTTTAAAAGTTGACCTGTTAAATGAGGTT
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AGTTGTGGGAGTTGTCCATATCCTCCTGGAAAATATGTTGACAGGTTATGCGAGGTTCTAGGACAGAGACATAGGGATATAGTTCTAGGACGGAGATATG
GGGAGAGATATGTATATCGTTAGGCGTGAAGTTCTGATGGTAAATTTATGGAGAAAAATTTGATATTGACCGAATGTATCTGTGTGCAAATTGTGGATAA
AAGAATGTCAAATGTTCTGTTTTGGAGAAGACATGAAACAATTTGTGTTATAATATTGGTGCATATACCTTTTATGCAAATATTTAATTAATTTATCTTC
TGTGCATAATATGCGATTAATTGCTCCATCTAAATTTACTACTCCCTTTCACAAAAATTAAAACATTTGATTTTTTGAATTATTTTAATTTACTACTCTC
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