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Detailed information on CNT30575220


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONOSAT000225, E-value = 6e-101

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30696895Oryza barthiiOryza sativa18.7875.3190.07302forward
CNT30596177Oryza barthiiOryza meridionalis21.9556.5789.8353forward
CNT30551189Oryza barthiiOryza brachyantha12.3147.2686.36198forward

Expression of CNT30575220

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (37 aa)
MCVSTKALENFIHDSGLPVQTRHHTHITMDKEIQQPI*

>peptide 2 (60 aa)
MVVGGFLVNLVGGGFKQRPGCCSNKGLPGGTWMWVSYKIPVRILCSNRLKFSSCISIRIS*

>peptide 3 (32 aa)
MCKTYGDLAHLKKLCISCSKKFHLHINKKALL*

>peptide 4 (32 aa)
MSNCVMSYYKYFGLPFCYALSCGTINTITHIC*

>peptide 5 (32 aa)
MRQISYVITIDSEPSVLHIFNVHVAKLCMGLI*

Sequence

>CNT30575220
CGGGCAGCGGGCCCGCGGCGGTGCAGTAATTCAACCAATTTTATCAGCACTTGCATTTTGTAGTTAATCACGACAACAATTTGGTCTGCAACCACATGAA
CTATCCATGAGGCAAATATCATATGTTATCACGATTGATTCTGAGCCTTCAGTCCTTCACATATTTAATGTCCATGTTGCAAAACTTTGCATGGGATTGA
TTTAAGTTATTTCTTGTGTATGTGCTCTCTTTGCCAAATATGTGTATATCACATGGTCTTCATAGGAGGACAGCGGAGCTATATCATTATATTTCTGTAG
CATGATGGTGCAAATTTAGCCTGTGGGATGGTTGTGGGAGGGTTCTTAGTTAACCTGGTGGGTGGTGGGTTTAAACAGAGGCCAGGCTGCTGCTCAAACA
AGGGACTTCCTGGAGGAACATGGATGTGGGTGTCCTACAAAATCCCTGTGAGGATACTATGTTCCAACAGGCTGAAATTTTCAAGCTGCATTTCAATTAG
GATAAGTTGATTTTTTTTCATAAGTTGAAATTTTCTTAATTAGCTGGCCCTTTCCTTTGGAAGGCTTTCTTCCTCTCATTATTTTCTAATGAGTAACTGT
GTCATGTCCTATTATAAATATTTTGGTTTACCCTTCTGTTATGCCTTGTCGTGTGGCACAATCAATACAATAACTCATATTTGTTAATGAAGCTAGGAAC
TAAACATTGGTGGGAGTTTGGTTGTATCTGCTCTGGAGGAGGCATTAGGACCCAACAGATCTAAAATACATGAGATGTGCAAAACGTACGGCGATCTTGC
ACATCTCAAGAAGCTATGTATAAGTTGTAGCAAAAAATTCCATTTGCACATCAACAAGAAGGCCTTGCTGTAATTCAATCCTCTATTTGCTGACTGGAGG
ATGAGAAGCAGGGAGTGATTCCATTGAATATTTAAAAGATATGTTTTCTATTTGCAGATTTCCTGTTATTATGTTGAATCTGAGATGAACTATTGTTTGA
ATTATGTTGTATCCTGATTGTATCTGTTATTAGTTGAATCTAATATGGTATATGTTATTAGTTTTGAATCTGAGATGGTATGAGAAATTGGATTGAATTT
GGTGGGCTCAAATTTAATTGGACTGTTTAGTGGGCTTTGATATGATAGTTGGTTGATAAAATGGGCCAGTTCTGAAATGGGCCTATTTAAAAATGGGCCA
GTTCTAAAAAAAATAATGGGCCTCTGTTAAATAATTAATGGGCGTATTATCCCATAAGCGTTTTATGACGGTTAAAAAACGTCATAGATTGTGCTGATCC
GTGACGAATTTTTTTCGTCATAGATTAAATAGATTCTTGTAGTGGCAGGAGCGGCTAACCTGAGGCGATACCAGTTCGAAAAGCTTTCGAATTATGTGTG
TGTCTACAAAAGCTTTAGAAAATTTCATCCATGATTCAGGACTACCTGTTCAAACAAGACACCATACTCATATAACCATGGACAAAGAAATACAACAACC
AATTTGAACTACAGTCTTACAATTCTAATATTGCACCTGACATGGGTCACATTGACTTTCTCAAACAAAAATGAACAAACTAACTTTGCACTAACATATT
TACTATCT