Detailed information on CNT30574690


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT000291, E-value = 0.0

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30690731Oryza barthiiOryza sativa10098.5298.362262forward
CNT30596264Oryza barthiiOryza meridionalis35.2862.388.22798forward
CNT30110249Oryza barthiiOryza longistaminata25.5575.7595.67578forward
CNT3099957Oryza barthiiOryza rufipogon100.494.997.752271forward
CNT30115548Oryza barthiiOryza nivara27.910099.05631forward

Expression of CNT30574690

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (34 aa)
MVITCEPIGGECAQTDLRTSLNVSSFRIQYNHMC*

>peptide 2 (67 aa)
MPSKSSFDFILFRPLQRRERDLVYGSSGARSKRRRSRHRRRSDRCRPSQAEPSRQRLLLEALLKTPQ*

>peptide 3 (75 aa)
MAQQVRRSATVFFTSGCRRHCRFRLLRSSSSRSSRRRSPAEGRRRREDARAVAVTKTPENFNLTRDDCLIGEEVI*

>peptide 4 (76 aa)
LGFPCLALFSASLSRHSSLSTPKPKKPRERAPTLPLHLSFVVGRRKGGRRRSPTSRLHPYLIHVLLSSLHAEQILF*

>peptide 5 (81 aa)
MYRVPCSCMIIISHHVGKVYKLCRVKTNRLAVLAVMSGVWICVEYRLVFILLNAEIYLQIVMKFKNELLAAMDGNEVYIYT*

Sequence

>CNT30574690
CCTCGGTTTCCCTTGTCTCGCTCTCTTCTCCGCCAGTCTGAGTCGCCATTCTTCACTGTCCACCCCTAAGCCGAAGAAACCCAGGGAGAGAGCTCCAACT
CTCCCTCTCCACCTCTCTTTCGTCGTCGGCCGCCGAAAAGGGGGACGCCGCCGATCGCCAACGAGTCGTCTCCATCCCTATCTGATTCACGTTCTATTAT
CTTCTCTCCATGCCGAGCAAATCCTCTTTTGACTTCATCTTGTTTCGTCCACTGCAGCGACGGGAACGCGACCTCGTCTACGGGAGCTCTGGAGCGCGCT
CCAAGCGCCGCCGCAGCCGACATCGTCGCCGTTCCGACCGCTGTAGACCGAGCCAAGCCGAGCCGTCACGCCAACGCCTTCTCCTTGAAGCCCTCCTCAA
AACCCCTCAATAATCCCAGGCAATGGCGCAGCAAGTGCGGAGATCGGCCACCGTCTTCTTCACCTCCGGTTGCCGTCGCCATTGTCGTTTCCGCCTCCTC
CGCAGCTCGTCGTCCCGTTCGAGCCGTCGCCGTTCACCCGCAGAAGGACGCCGTCGCCGGGAGGATGCGCGAGCCGTTGCTGTCACCAAGACCCCGGAAA
ACTTCAACCTAACCCGCGATGATTGCTTAATCGGTGAAGAAGTGATTTAGGTGCTGACTTTTTCCAGTTACAAGGCAAGTCCCACCTCCCTCTCTTTGAT
CACTTTAAACCTATGTTTTGGAGGTTATTGAAAATGTTTGCAAATCTTGCATGCCGATTATACGCTAATAAATTAAAATTTTGTTAAACTTGTTAGACAA
ACTCCTATTATTTGCATTATCACCTTAACCCCACATATATCCTTATCCATCATTCCTAACCTTAGGAACAATATGACTATACCATTTCATATATGAGTTT
TGGAGTCACTAGGTTACTATAATGCTTAGCCATGCTTAGAATGGTCTTCCTTATCATTATGGGCTCATTACGAACATGAAAATTGATTTTGAAATAATCT
GGACAGAACTTTAATACTTGTAATTTTGATAAATAAAATGATGGAAAACATGGATTTTAGGTTTGGGCCTCAAGTGGTGCACATATGGTGATTACTTGTG
AACCGATAGGGGGAGAGTGCGCCCAAACCGACCTAAGGACTTCACTCAATGTCAGTTCATTTCGTATACAGTACAACCACATGTGCTAGTATGGGATAGC
CCAAGCTTAGTAAACTATTTATGGTTTAGCCTTACATTCTGGTAGGTCGGTGTGTATGAGTTCGGATAACTCAGAGGAACTTCCTATTTACCCCGGCGTG
GTAGTTTAGGTGACTAAGTCTGTCCAATACAATGGTATTGTGCCACGTGGGTGGGTTCCCGTTGTGTCCGTCACCACGGCGTTAAGTTTAAGGCGTGGGC
CCGCCACTTAACGGTTCTAGGTCATATAATGGGTATGGCTTAGGATGGAGTAACACGTATCGTGCTGGTGTAAGGCTAAATCATGAATTTTGGAAAAGCT
TTGTTGTGAGTAATAAATCGGGTACTTATGTATCGCGTGCCATGCTCTTGCATGATTATTATTTCGCATCATGTGGGTAAAGTGTACAAACTCTGCAGAG
TTAAAACTAATCGATTAGCCGTGCTCGCGGTCATGAGCGGTGTGTGGATATGTGTTGAGTATAGACTTGTGTTTATTCTTCTAAATGCTGAAATTTACCT
TCAAATTGTGATGAAATTTAAGAATGAACTCCTTGCTGCCATGGATGGCAATGAGGTGTATATTTATACATGACTAATGACTACTTTGATGCCCATATAT
GTCAAGTACTAGCTTGCTGAAATTTATTTGAAAGCAAATCTGATTTGGAAATGTTTTATGCAAATAAAATTTGCTTTATGCTAAAAAGAACCATACTATG
CCTTTCTTGATTATATGTGCAAGTAGGGTGTTAGGCTTGTCTTGGTGCTTGCCAGTACATTATTTTTAATAATGTACTAACTCTTATAACTCTTATTGTT
GAATTAACCTTTTGCTTGCAGGTTTTAGATTTAGTCTTTGAGTGATGCGGGTAATCGACTGATTCTTCTAGGACTTGAACTTAATGGGGTAAACCCCTAG
TCGGTGTGCTTGTGGATTGGGTAGACAAGCTTCCGTTGTTCTCTCATATATCTATTTGGCCGGTCGGCATATGTAATTATTAAGTTGTTGTAAGTCTTAA
GTTTCTTTCATCTTAGTTGTGTTTGCTATGTATAATCATGCTTAAGATGAAAGTGTGGATCT