Detailed information on CNT30574647


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT000270, E-value = 0.0

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30552239Oryza barthiiOryza glaberrima84.6898.4399.751630forward
CNT30596758Oryza barthiiOryza meridionalis45.7191.6791.82880forward
CNT3099966Oryza barthiiOryza rufipogon72.2198.4498.21390forward
CNT30118029Oryza barthiiOryza nivara45.7175.692.5880forward

Expression of CNT30574647

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (62 aa)
KNEKQKRKKNRGIAPASPSRHISCVLPPPALFLSPPAPPPPPVQPSSSFATPSARLLAWLAA*

>peptide 2 (51 aa)
MVLVLCYIFIFHFMFKFTTLFIFRSSGSFCLHYSSTMRSYGSAIWIFIHDP*

>peptide 3 (37 aa)
MVFLSKTISFLLSLRAQRTAEAPTRIIFFIFLLTPKS*

>peptide 4 (33 aa)
MLHIHISLHVQVHDVIHISFFRKFLFTLFKYHA*

>peptide 5 (80 aa)
KTKNKKEKKTGGSLLQALAATSPASYHRRRCSCLRRRRRRRRFSRRRPSPPHPLVSLRGLLLDAAASIRDEKAPDSTGSS*

Sequence

>CNT30574647
AAAAACGAAAAACAAAAAAGAAAAAAAAACAGGGGGATCGCTCCTGCAAGCCCTAGCCGCCACATCTCCTGCGTCCTACCACCGCCGGCGCTGTTCCTGT
CTCCGCCGGCGCCGCCGCCGCCGCCGGTTCAGCCGTCGTCGTCCTTCGCCACCCCATCCGCTCGTCTCCTTGCGTGGCTTGCTGCTTGACGCTGCTGCAT
CGATCAGAGACGAGAAGGCTCCAGACAGCACAGGAAGCAGTTGAACAGGAGTAACAAGGGAAGGAAAAGGTATGGAGGGTTCCAACGTTGGAGGAGTTGA
GTCGGAGTATTGAAGGAGTTAAAGCAAGTACAAGACGGACTTGTGCGATGGATAAACTGTGTTACTTTGTTGGTTTTATTTACCCAATTATTATTTGAAG
CTTCCTATTATCAATTGTATGGTTTTGGTATTATGTTACATATTCATATTTCACTTCATGTTCAAGTTCACGACGTTATTCATATTTCGTTCTTCCGGAA
GTTTCTGTTTACATTATTCAAGTACCATGCGTAGTTATGGGAGTGCAATTTGGATCTTTATTCATGATCCTTGAGAAGCGCTGATCACGCTTGCTCGGCT
TATCGGTAATGCTAAGAGGATATTCACACCTGCTCGGGAGGGAACTACTACTTTTTGTCTCCTTCGTTTTAAATTAATGGAAAGCAAATGTTTCATATTG
GTTTCTTATTGCACTAAACCTGCGTATGTTTTACTAGTTCAATATTATACTTGCTAAGTATTCTTTACTCACTCTTGTGTTTAATTTGGTTTTTAGGTAC
CAAATGACATTGATCGGCATGGGGCGGGAGTAGCACCCTTGGACTACACATTATTATTGCACACTATTGGAATTTAGTTTTAGATTATGTTTCTGCTTAG
CATAAGTTTTGCGTAGAACTTGTAACGGTCATTTAAAGTTCCGGTCCTTATTTTCACGTGGAATTTGAGGAGCTAGGATGGTTTGGATTGTGTGGATTAT
ATCGTTATTGAGTTATCTTATAACTGACTGTCGTGGATGTCCGTAATTTTAGGAGGAGACTGCCGAAATTTCTAATAATTTTCGGAGTTAGTGGTTTTTG
AGTGTATTTTGGTGTGGCACTCTAGGTACGTGGTTACCTGGGATGTTACATAGACACCAACAGAAGAAAAAGATCCCCTAACTACTTAATTCTATTAGAG
AACCTCGACCCGAAGTTGGCAATAGATGCATAATTGTCGTGTCAAGTTTACGACATTCATCATTTATTAGCTTGATATCTTCATCATGTCTTTGTAGTTG
AACCCATCCTCGAAACTAATATGTTGCCCTGAAAAACACCTGCAAATAAGATTTTGATGGTGTTTTTATCAAAAACCATATCATTTCTACTAAGCCTAAG
AGCCCAACGTACAGCGGAAGCTCCAACAAGAATAATTTTTTTTATTTTTTTACTAACACCCAAAAGCTAATTCCCAAACGTATGAGATATACTATGTAGA
GGATAAAGTCCAAAAAATAATTGTATAGCTCTCCAAAGAAATTTAGAAACATGGCACTCAAAGAATAGATGGTATATTGATTCATTTTTCATATAAAAGC
AACATCTTAAACTATCATTCCAATTCCTTCTAGTCAAATTATCTTTAGTTAAAACGATCCCTTTAAGGAGATACCACATAAAAATCTTAATCTTAATAGG
CATTTTAAGTTTCCAAATAATCTTATTTCTCTCTATGTATTATTAATTAAAGCTAAGTACATAGATCGAACAGAAAATTGGCCATTTTGATGAAAATTCC
ATCTAAAAATGTCACTCTCGTCTGTTAAGTTAATATGTACAATGGAAGCACACAAATTATGCCACCTAATTAGATTTTGACCAACTAATGCTCTTCTAAA
AGTAACATTAAGCGGAATAGAACCC