Detailed information on CNT30555565


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT002853, E-value = 0.0

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30697530Oryza glaberrimaOryza sativa39.7628.5199.52837forward
CNT30371506Oryza glaberrimaOryza glumipatula62.7143.1298.791320forward
CNT30110392Oryza glaberrimaOryza longistaminata28.6948.0193.87604reverse complement
CNT30104613Oryza glaberrimaOryza rufipogon39.7630.5499.16837forward
CNT30578599Oryza glaberrimaOryza barthii63.4243.9399.11335forward
CNT30117986Oryza glaberrimaOryza nivara54.6357.2499.481150forward

Expression of CNT30555565

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (48 aa)
TRAAPPIVGCVAAASAWLAGKVPPPPLLPPLPFLQSSLPLFPSLNLSI*

>peptide 2 (31 aa)
MNADMHKPMNCITEIKITLISLVLIYAYMLN*

>peptide 3 (38 aa)
MQTQIHNLLISHAILQIKLLIIYDVFSIKSGLSFITFK*

>peptide 4 (58 aa)
KGCAPNCRVCRRRLCLAGRQGAAAAASSSSPLPSILSSPVSLSKSLYIAHLPFSPLLP*

>peptide 5 (34 aa)
MYWFVLDFTELLLSRMNYSLLPKKRQTLVSVSNV*

>peptide 6 (36 aa)
MWFSSSFKNPSLIFYCCSSGSKGDFARTKLLHLELG*

Sequence

>CNT30555565
ACAAGGGCTGCGCCCCCAATTGTAGGGTGTGTCGCCGCCGCCTCTGCCTGGCTGGCCGGCAAGGTGCCGCCGCCGCCGCTTCTTCCTCCTCTCCCCTTCC
TTCAATCCTCTCTTCCCCTGTTTCCCTCTCTAAATCTCTCTATATAGCTCATCTTCCCTTTTCTCCTCTACTGCCCTAGTTAGTATTATCCTCAATCTCT
TCAACTTCTGCTCTATGCTAGTGTTTATCTCTCCTTGGTGATGTCTGTGATAGCGGTGGACTAGTGATGCTGGTTGTATATAAATGATCCTAGTGGTCAC
TTGATTTTTTTTCTATACTCAGGGTTGTGCTTACTGATTTCAGGGTTCTTACGTTTGACTTGGTTTGGTGAATAATGTCTATATGCTCATGATAAATGAA
TGCTGACATGCATAAACCTATGAATTGCATTACTGAAATTAAAATCACACTAATATCACTGGTCCTTATATATGCATACATGTTGAATTAACTGAATCTT
CTAAAATTGGTGACATACAAGCAGGATCAGATCTTTGACTAAAGTCTTATTAATTTACATGGTTCTACACTTTGATAATCATGGCAATTTCTATCTATAC
ATATTGAATTATTGGACTGAAGATCCCTAAAACTTGAATCTTGAAGTTAATAAATGATAATTTGTTTCTCTAAATAATTTACTACTAGTCTATATGTCCA
GAATTTCATCTCTATATAATTTATTAGATTAGAGTTATTGATAGATTATATTACTTACATTTGTTTTATTATGAGACTATGCTCTAAACATTTACTCTCC
TGCACATAATAATCTGGTAAAGAAACTTGCATGTTCTGTTAAGTCTTTACGATTTAGTACAACTATTATTACTTTAACACTATACAGGCTTAAATGTACA
TCAAGATTCATCCTATGACGTCTTTTCTGAATTTTGTAGTAAAGAACTAGATACATATGCAAACCCAGATTCATAACCTACTAATTTCACATGCTATCCT
TCAAATCAAACTATTAATAATTTATGATGTTTTCTCTATTAAATCAGGGTTGAGCTTCATTACTTTTAAATGAAATCAGATTCATAGACACAGGTCCTAA
CCCTTCCAGGAATATGCACATGTCAAGGTTATGCCCTGTTTGCATGACTAGAATATGAAAACTTACAAATTCTCATGCATGATCAGTTTCTTCTATACAT
GCTCTATTCCTAAATAATTTATATCATGAACACTAGTTGATTTATACAAGAATTACAGCTACACATGCTTATTGATGCTATCAAGATTTCATATATTATA
ATTGATATACGTCTATATTAAGATTTAAAGACATACATTTATCTTAAACTATAGCCTCCTAATTTTTGTCACTTATATTCATTTGGAATTTCTAAGGTTT
TGGTCAGTATGGATGGTGCATATATCTGTATGAAACTCTAGCTCTAACAAATGCTGTTACTATGAATGCAGGATCTACTCTCCTTCCCTATTTTAATTTT
TGGTTACCTCTGATGATTCTACAGTGATTGAAAAATATGTGGTTCAGCTCCTCCTTCAAAAATCCAAGTCTTATCTTCTACTGCTGCTCTTCTGGATCTA
AAGGTGATTTTGCTAGAACTAAGCTTCTCCACCTTGAGCTTGGTTGATTGTTCCCCCTCTTGAACTGAACCCCCTGTTCTACTTGGAACTCAGGTAATTC
TCCTCCTTGGCCCTTCCTCTACTGGTAATACTTGACTGCTTCCTGACATCTTTCTTGATCTGCTACTGGTGATTCTCTTCCTCCTCTTGAGACTGATCCT
CTTGCTTGATTATTGCTGCTCTATCTTGCTTCCTAACCTTGGTAACATCTTCTCCAAGAGCTGAAACCCCTGTTCATCCAAGAACAGAACACCCTGCTTC
TCCTTTTACTCCTCTGACCTCCCTCTCTCTCTCTTCCTGATTGTTTTTACTATGGATACTATGCAGCTATGGTTAATTGATGTATTGGTTTGTGCTGGAT
TTCACTGAGCTGCTCCTCTCTCGAATGAACTACTCCCTCCTTCCCAAAAAAAGACAAACCCTGGTTTCCGTGTCCAACGTTTGACCGTCCATCTTAATTT
AAAAA