Detailed information on CNT30554817


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30596845Oryza glaberrimaOryza meridionalis21.8298.8396.781771forward
CNT30371473Oryza glaberrimaOryza glumipatula26.9573.1298.812187reverse complement
CNT30577135Oryza glaberrimaOryza barthii3.6898.6896.66299forward

Expression of CNT30554817

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (31 aa)
MLTDPQVCFVLPSAAYESFRFRDVRFDFPVC*

>peptide 2 (32 aa)
MGKFVHNWRYDHLDHNALFFFILGSNLIVVLC*

>peptide 3 (29 aa)
MLSCLVKLNPNPYMRSAFFRLYSTVLFGL*

>peptide 4 (36 aa)
MNTEFFKKFKNDSIYSPGTFRCTVVIYVTFVICNCN*

>peptide 5 (32 aa)
MCKLCTKFNIWANLYTTGDMTIWTTMLYFFLS*

>peptide 6 (34 aa)
MVFYVFFSNPRGFLYFWFDFSSGVFMLGVGFRGI*

>peptide 7 (45 aa)
MFLVRICSFFFFSFSSLSMACSICFARSGGFVRTGVVSLCYFVFF*

>peptide 8 (46 aa)
MITDLSMFSCFLFLRTKFCHFHISPIAYPLIFQTVTHQTLHVYIIL*

>peptide 9 (40 aa)
MLSVHCSDLQVSSCLLILLRKFCHFDIYLTLYSLLLELLI*

>peptide 10 (40 aa)
MHRTYDISNLIFSYITIQHHLQCKMPSVTVVNLALMHCNF*

>peptide 11 (58 aa)
MQYKNSINMLFVHLQCEQSPLTMHLQCKYTIDTFVTLVMMCCNYCFLVVLVAIKSTSN*

>peptide 12 (50 aa)
MIVTILVVHLLISLFMFLNLLTKSIMVITVIDLLTKITQFFLLVLFLGVY*

>peptide 13 (52 aa)
MFFFLIHEGFCIFGSIFLQGCSCWGLDSGVFDGVKGLIRGGFRGFFSNHPDS*

>peptide 14 (29 aa)
KKHYRKVALKNHINPFLKFKILNNQLIMC*

>peptide 15 (38 aa)
MSTEFFLKKNQRMIPVITQLLFKCTVVTSVTFVISHCN*

>peptide 16 (39 aa)
MYFFTCFHSSELLIDAAFMVNGVFHVLLASMCFSLILFP*

>peptide 17 (40 aa)
MVLVNCNSHMLTCLEKTRKESTMSFLPSLINLLTNNYPVIM

Sequence

>CNT30554817
AAAAAAACATTATAGAAAAGTTGCTTTAAAAAATCATATTAATCCATTTCTAAAGTTTAAAATACTTAATAATCAATTAATTATGTGCTAATAGCTCACC
TCGTTTTACATATCTTCTTAATCTCCTCTGTCTCCTCTCTTCAAACACAGCCTTATTCTCTCTCTTTCTCTACCTCTCTTTCTCCTCTTTCTTTTCTCTT
CTCGTTTTCTCCGTCGAGAGAGAGAGAGAGCTCGCGGCGAGAGAGAGCACGAGCAGCTCCCCGGCGGGAGAGAGAGAGAGCGCGCGCGCTCGCTGGGGGA
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TTTTCTAATCCACGAGGGTTTTTGTATTTTTGGTTCGATTTTTCTTCAGGGGTGTTCATGTTGGGGGTTGGATTCAGGGGTATTTGATGGAGTTAAAGGT
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CGTAAATCTGTTTGAATTGGCGCTATTTCTGAACTTGGGAACATAATTGGCACTATTTCTGAATTGGGAACAGGGGATAGCACGCTCGTAAATCTATTTG
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ATAATATGAAAGCACTAATTTGGCACTAGTAATCACACATATGTTCAAGGCTGTTGTAATGATACATCTGTTGTAATCGGCCTGCTTGGAACATGTGTAA
GGCTGCAAGTCTTAATGCTTAATAGTATATATTGCATATGTATTTTTTACCAGTTTCCATGGTTCTAGCATGTATTTTTTTACCTGCTTCCATAGTTCTG
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GGTGCTGATCCAAATGATTTAGCAACAAAACATTATAAAATTCCAGTATTTCTGGCCTTTCATTGTGTTCTTTTTCTATGTTAATCGATACACAATTGTA
AATCTATTTGAATTGGCACTATTTCTGAATTTGGGAACAAATTTTGCACTATTTCCGAGTTTGTGAACAGGGTATAGTATGATTTCCTATTTGATATACT
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CTGCAAAAAACCAATGTAAACTTGAACTTTTCTTCCTTTGTAGCATCTACCACAAATATTTTTGCATATCTACTAGTGCATTCTTTCTTAGGTATTTGAC
TTCTTAAATTAATATTTTTTTAGTTTATATGCATCAAACATTTAATAAATCTAACCTTAACTCCAGTTACAGTACAATTCTACATGACTTACAGTGCACT
TAAAGTGCAAAACGCCCTCAGTTACAGTTGTAAATTTAGCCTTGATGCATTGTAACTTTTAGTTTTCTATGTTAAACAATTTTGTTTTTATGCTATATTG
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TAACTGTGATTGATTTGTTGACCAAAATAACACAGTTTTTTCTACTCGTATTATTCCTTGGGGTTTACTAGTATTTAATGTTAGATTTTGTAGCAACTGG
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AGTTACAGTTGTAAATTTAGCCTTGATGCATTGTAACTTTTAGGTTTTTTGTTATATTGAGCTAATATGAGGAAACATGATTTTTGTGAATATATTGCTA
ATTTTGGTTATGCAAATCAACTAGTGTATTGATCTTAGGTGCTTGACTTCTTAAATTAAATATTTAGTTTCCATGCAGTATAAAAATAGCATAAATATGC
TTTTTGTACACTTGCAGTGTGAGCAATCACCACTTACAATGCATTTACAGTGTAAATATACCATAGATACATTTGTAACTTTAGTGATGATGTGTTGTAA
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TTTTTAGTACTGAAACCAGCATAGCATGATATGTATTTGCAGTTAAGTAGGCACAATATAGTACTCTCTGTTTATTTGAATATACATACCTGATTGCCCA
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CTTTTTTTTGTACCTTAGATGGTCATCCAAGGGTGGCCAAAATCTGGGTGATTTTGGCCAAAAAATCTGTCGACAAATAGTGATATACGATTTTGCTAGT
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TACAGTCTATATGTACTGTAGTTACATATGTAACTTTTGTTATTTCTCACTGTAACTAACTATAGATATATAGTCCTTGAAAATTTATCAACGCTACAAT
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CATGTTTATATTATTTTGTAACATAATTTAGAACTTGTTATAATAGGGGAAAATATTTAATGCTGCTGCATGAGTACTGAATTTTTTTGAAGAAATTCAA
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TTAGTTGTCTTCTTGCTTCTTTTTTCATCAGACGAAATTAATGTTATCTCTTTCATATCTCTCTGATTATGTATCCACTGTTACTTAAGATCGAATTGTA
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GCTACTATCTCTAATTTGTTGTATATAAATTTTTGCTAGATGACATTTTCTGACAAGATAAAAAATGGTCCATAATGCTAGGTGAGAATGATTCTCACCT
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ATAGTTCTTTATATATTTGTAACATAATTTAGAGCTTGTTATACTAGGGGAAAGTGTTTTAATGTTGCTGCATGAATACTGAATTTTTTAAGAAATTTAA
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TGTTACGAGTTTTTCTGGAAAAGTTACATACTTTTAACTACTTGATCTAAAGAAATTTCCTATTCCAAGTGCTTTTCTCCAATATTTTTACAGAACTGAG
TTGTTTTTGTTTGATTTAAAAGATGACTGGCAGAATATGGTGAAGTCAATGGGGGAAAGGTAAAGGTGGATTTTGTGCTAGGTAATTTGTTACCTGGAAG
ATTATGTCTTGTTGATTTCAACTTCTTGACCTCAATGTTCTTGGTAAGAATTTGCTCCTTCTTCTTTTTCTCGTTCTCCTCACTGTCTATGGCGTGCTCG
ATTTGTTTTGCTCGATCTGGGGGATTTGTGCGAACTGGTGTGGTCTCCCTGTGTTATTTTGTTTTTTTCTGACCTTTATTAGATGTGAAGTTGATCATAA
TGGGCCGTGATGTATTTGCAGTTATGGCCTGTATAATTTTTTGTATTGTTCTATGGGCTAGAATTCGAGCCCATGTAGTTTTGTGATCTGACTAGTCAGA
GAAAAAAAATATGTAGCATTTTTTGTGTCCTCTGGATCTTAATCTAACGGTAGGAAAAAATCTGGGTGATTTTGACCCAAGAATTTGTCGACAAAGACAT
AGCTAGTCCCCTGACCTGCATGGCTGCATATCAACCAAACTGTCAAAAACAAATTTAGACAATTTTACAATGCACATTATAACATCATATATCACTTAGA
AAACATAAAGAGTGAAATTATATGTAGAATATTTAAAAAACAAAATAAAAACTCTATTTGTGACTTAACGTTCCAAAATAATAATATTCCATATGGTGCT
CGTAAATTGCAATTCTCACATGTTAACATGTTTGGAGAAGACGAGAAAAGAAAGCACCATGAGCTTTTTACCGTCTCTTATAAACCTTCTTACAAATAAT
TATCCTGTAATTATG