« Back to Oryza glaberrima search


Detailed information on CNT30553634


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30693444Oryza glaberrimaOryza sativa2.3821.7893.1844forward

Expression of CNT30553634

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (34 aa)
MVSVRYCIIHLFGSSCFFIFDGFLTVKKYHIFSP*

>peptide 2 (38 aa)
FRCGFGVCLPEWLLCLNLNLCYGACLLLIERLFCNTYE*

>peptide 3 (29 aa)
MIDILNFNFSYSDMLKIILPMLLGLPFVI*

Sequence

>CNT30553634
GTTTAGGTGTGGGTTTGGAGTGTGTTTGCCCGAGTGGCTTTTGTGTTTGAATTTAAATTTATGTTACGGTGCGTGTTTACTCCTCATTGAGCGGTTGTTT
TGCAACACCTATGAATAAAATGAGTTGATGAATTTCGTTTCATTTTTGCCTCTCTATTTAAATTCCACAAGTTAAATTCCGCTTTTGTTTTTGCGATTTG
GATTTTTCGATAACGGTTTTTTCTTTCTCCCTCTCACCTCTCCCCTAGTTTTGGTTTTTCTTGCACCTCTTTCCTAGGTCCAGTTTTCTAATAACAATTT
TGAGAAATCAATTTTGAGAAACACTTTTGATGAGTACTTTCAATGGCAAATCTTGAATTTCATATTCACCCCTCTAAAGCAATTCTTGGTGTTTCATATG
TGCACTAGTTTACAACAGAATTATGCATATCACACGGAAATTCAGAAACAATAAGCTCTTCTCTTATTAGATCCATTTATCTATTGAAACTTAACTTTTA
CAACATGATTGACATCCTTAATTTCAATTTCTCGTATTCAGACATGCTAAAGATCATTTTGCCTATGCTATTAGGTCTTCCTTTCGTGATCTGAAATTTA
TTCTCTCATAGTAAAAGATTTCTTGAAAAACTATCTGCTTAGATTCTACTATCTCTGAAATGCATATTTGAGTTGTACTGTTGAAAAACGAGTACCATTT
GTTTTGACTTTTAATCACACGTTTGCACATGTGTGTACCATAGTGTGTTTTACCATTTTTTAGAATTAACAATGTAACAATTTTAATTAGGAAAATATGT
TTAGCGTTCTAATTAATTAGCATGTGATCGTCATGGTTTCAGTTAGATATTGCATCATTCATTTGTTTGGCTCGTCCTGCTTCTTCATCTTCGACGGCTT
CCTCACTGTGAAGAAGTACCATATATTCTCTCCGTAACCCTTATATTTCTCTACAAGTAATTATTCATGCATGTGCAGTGCATGCAATCATATCACCACG
GTTAATTAATTATCATATATGTATGCAATGGTTGATCAATTGTTTTACACTGTTAATAAAGTGAAATAATTAAAAAAGATTAGTTACCGATCAATTTGAC
TGGATCTAAACTAATAATGTTAACCTCGTTGATGAAGTCCATGGGCGGCCTACGTTGCTCGATCTCGCCGCGGAGGTAGAAGTCAACGAGCTCCTCATCC
GAGACCACAAAGTGGTGGCCTAGAGACAACCGCAGCTTCGGCACCAGCTCGTGTCTCCGCCGGCCTCCATTGCTCGCCGGCGCTGCCACCGCCGAGCAGT
CACCGCCATTGCTCTCCGTTTTCTTTTGTTGTTGAACACGGTACAAATTTGTATCCTTGTTCTAAAATCTGAAATTGTATTAACACTTGTTTTGCAATTT
GAATCTTTTGCTTTAAAATTGAAAATCTGAGAGTGCTTTTTTTGAAATTTGATATTGTACTAGCACTTGTTTCCTTGTTGATTTTAGTGTTATCAAGTTG
TCATCGTTGATTGCCAATACAGTGTCCCTGATGCCAGCTGCCTCAGCAAAGTCAGAGCAGTAGTCAGATTACTTGTTTACATTGGCTTACAAAGATAAGC
ATGCTGGTTCAGAGTAAAAGTCCATGAATCATAAGATATTTTTCTCCCAAAAAGAGTTTACAAGGAGTACATGAATGAACATCCAGATAGATATTTTCCC
CTAAAAAAAGTTGGATAGTTTTACATGAACATGAATTAACTATATTTTGTCCAATTGCTACAATGCTTAAAGATTTTGTCCTGAAGTTAAGCTAAAACTA
TAATTCAAAATGAGTACTGCTGGGCTCAAGTTCTCAACTTTTCAAG