Detailed information on CNT30553227


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT005458, E-value = 2e-10

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30110600Oryza glaberrimaOryza longistaminata36.2460.2398.221743forward
CNT30575570Oryza glaberrimaOryza barthii84.2297.6699.884051forward
CNT30118033Oryza glaberrimaOryza nivara63.6810099.413063forward

Expression of CNT30553227

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (47 aa)
MEKNLILTECICVQIVDKRMSNVLFWRRHETICVIILVHIPFMQIFN*

>peptide 2 (45 aa)
MRFLNYFIFGVLRLTTILYFNNFIKYNKFVIKGSYYFNDKYAQII*

>peptide 3 (51 aa)
AGAGRPPLSTASPPPIALHRAAIAPTPSLSFRSPPPPITSRFPTLTPAAGA*

>peptide 4 (49 aa)
MDIYIVVRSKIYSYASCYFLTVGPRFYTKVVVFESHEDKRLSVSRKTRW*

>peptide 5 (80 aa)
RRRRAPTALHRVSAAHRSPPRRHCAYALPLFQVASPADYLAIPNPNPRRRRVAPPPPLLPRIPPPFLLPPTCHRRRHPWQ*

>peptide 6 (76 aa)
MRFHRCIKIYCVTMKPVATTILGYQYVLPRCTSWVMSCGSCPYPPGKYVDRLCEVLGQRHRDIVLGRRYGERYVYR*

>peptide 7 (44 aa)
PAPGAHRSPPRLRRPSLSTAPPLRLRPPSLSGRLPRRLPRDSQP*

>peptide 8 (39 aa)
MLVSLQFTYEGDMKSGMSNSCGFASFSGHTYFHPFCSKQ*

Sequence

>CNT30553227
CGCCGGCGCCGGGCGCCCACCGCTCTCCACCGCGTCTCCGCCGCCCATCGCTCTCCACCGCGCCGCCATTGCGCCTACGCCCTCCCTCTCTTTCAGGTCG
CCTCCCCCGCCGATTACCTCGCGATTCCCAACCCTAACCCCCGCCGCCGGCGCGTAGCGCCGCCGCCGCCCCTGCTGCCCAGGATCCCCCCGCCTTTTCT
CCTTCCGCCCACCTGCCACCGACGCCGCCACCCCTGGCAGTGACTCCTCCTCCCCGCTGCCAACGCCACCGCCGTCGACGCCTACTCCTGTGGCAGTGTG
GAGGACTGCTGCTTCCCTGTCTCCATCAGAAACCTGTCGAATGGGAGGCACCATCATAATTATATGATCTAACAATATGAAGTAACCATCAACTGATCTG
AGTGTGGAGATAGAGAAGCTTTTCTTGATTGAAGCATTTTAAGACTTGTACTACACCAGATGTGCCCCCTTGAGAAACAAAGGTTAGTGTTCTGCTATCG
AGTTTTTTTTAGATTGTAGCAAATAGAGATTTTGTTAATTTTTAATCAAATGTGAAGCTAAACTTCTCATTAATCTGGGATTGTTTTCCATAATTGTCCC
GGTGTGAGAGATTGACAATTGATTTCACAACCAAATGAAAGGTAGTGTTTTTCTGGGAATGCCATCAGGGGCGCAGATCTGAGTGTAGTCAAAATCCTTC
AATTTTTCAAATCCGTTTGGTAAAAGTTACCACTTTCTGAATTCCATGCAAGGACTGACTTATGAAAATTTTACTGTATATTATTGTTCTATAATTTGTT
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GTGCTCACCGAGGATCAACTGTCCAGGATCCAGGATTTTTAGCATTTGTTTTATTGAACGCTGGAATTACTTTTCTCCTCGTGCCATCTAAAGGTAACTT
CAAAGCTAAATGGCTGGCCATGTATAATCCTAGGAGCATAAATATTTTTACAAACTATATAAATTTCTTTGTAAAATTTTAATAGTGATTCAGTGTTGCA
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TCCCAAGTTATGTTTCTAAATATGTAGACTGTGGTACGATATTTATAAAGTTCAAGTTGTCTTTGTTTCCCAGAAAATCTTAGGTCTAGCAGACTTACTT
AGTTTCTGTTTACAAATGAATAATCGGGTAGTTAATACTGTACCTGTATATTTGTACTACTCTCTTATTTAGTAATGTATCTAAAATAATGTAGACTGTA
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GAGCTTTCTTGGAATGTACGCTGTTAAGAAAATTTAGATAAATTAAATCCTTATGCCTTATATGGTTTCTTAAACACACCTATAAGTTTGATTGGAGAAG
GGGACATTAACCAATTGCTTGAAAAAGGTGTTTTGTTAGCTCAAGATATGGTGGAATATTTACAACTGTTTTAGTAACTCCCAGATAATCTTTCTCTACA
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TTCTAAACTTGGGTGCACTTTGAATCAGGACGAATAGGCTCAGTTGGATCAGTTGAATATAAAGAAGTGGTGTGCGATTAGTTTTTTTTGTAAATAGCTC
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CTGAAGAGTGTTTATAGCTGAAGTTGTTTCTTCTAATTTTGCTGAGGTTAACCCTCCTATGGCATGCATCCTTCTAAATTTTGCTGAGGTAAACCCTCCT
GAAATTAGTAGGGTGCACGAAATACTACTGTTTTTTTAATTTTTGTACAGTGGCATTGAACATGGTTTTGCTCTTTGAGATATGATGCTTCCCTCATGAT
CAATGAAGATTTGCATTACTTTAGGTGATCTGCTCATGTTTGGGTGTTTGGGTAAGGAGAAGAAGAAATGGCTGGGGTGTCGGTGGTAATGAGGTTGTTG
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CTAGACTCGATTGTTATAGGCAACTAAGTAAAAAAAACAAGGTGATCCAATAAAGTATTAAAACACCCATGGATCATGTTGCTACCCTGTGGTGATGAAA
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ATTTGTCTAGATTATTGCATTTATAAGCAGTAAATCTTTTTCAGAGCAAATAGCATTTGTGCAGTGACCAAGGGTACTATCTTCTTGATTTGCTTGCAGT
CTCCCATTGTTTGCTGAGACCATCAATACTCTTGCATGGATGATGGTTCAATTGAATAATTAGGAACTGCAATACTGGACGAGGCTTGTTTGAGTTTTCT
TTAGTTCTCTTCAATAAGTTACCTCTTTAATTATATGGCTTCAAACTTTTTCATATTCCCGAGAGCATGTCTGTTTGGCACCAAACTGTTCACCTGAGCA
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GGGAGTTGTCCATATCCTCCTGGAAAATATGTTGACAGGTTATGCGAGGTTCTAGGACAGAGACATAGGGATATAGTTCTAGGACGGAGATATGGGGAGA
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TAATATGCGATTAATTGCTCCATCTAAATTTACTACTCCCTTTCACAAAAATTAAAACATTTGATTTTTTGAATTATTTTAATTTACTACTCTCTTTCAC
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TGATAAAGGGGAGTTATTATTTTAATGATAAATATGCGCAGATCATTTAGCATTCGGATAAAGACATGTATATCTTGCTTGGATATTTGTATTTTAGACA
TGTTTTGAATATGTTTCTTCAAAAGTTATTTTGATTTGTATTGTTAAATATTACCGTAGCGTTAGCACGGGCAGATTACCAGTGACATTAAAGTAAAAAG
GTGAGTCTAGTTTAATCTATTATGCAACTTTGATGGATATATATATAGTAGTTCGAAGTAAAATTTACTCTTATGCTTCTTGTTATTTTTTAACTGTAGG
TCCTCGTTTTTACACTAAGGTGGTGGTGTTTGAATCTCATGAAGATAAAAGATTAAGTGTTTCACGTAAAACAAGGTGGTAATAACGCGTGATTAATTGA
GTTTTAATTATTACGAACTTGAAAAATGGATTAATCTAATACTTTAGAATAACTTTCGTATATAAAATTTTCGTACGAAACGTACCGTTTAGCCGTTTGG
AAAGCTTGCC