Detailed information on CNT30552988


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT007171, E-value = 0.0

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30692674Oryza glaberrimaOryza sativa10.0534.9394.51401forward
CNT30106952Oryza glaberrimaOryza longistaminata44.6533.4197.641782forward
CNT30604371Oryza glaberrimaOryza punctata6.2433.0783.94249forward

Expression of CNT30552988

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (30 aa)
MSESYTNCSVESWQFAECVFYSCFCLVGFT*

>peptide 2 (29 aa)
MIYLPTYLSYVSVNLVLAYQFSSIGCFSF*

>peptide 3 (38 aa)
MTYFFLFLLMHIFLDFLERNYHKIDICTIFLCAHMVYL*

>peptide 4 (34 aa)
MLMAILLENNGAETPLQIKGVACLLCNSIWPKSI*

>peptide 5 (48 aa)
SPPRNSTSPTFLVESTARPPELGSRLPELGRCVVVEVPMPRRGDRLPL*

>peptide 6 (42 aa)
MRVVKSSVVGFLLYSVKEIDLLKEAYLEETEFKENAAWQVIY*

>peptide 7 (56 aa)
HRHEIRPRLPSWSNPPRARRSWAAACRSWAAASSSRCLCLAAGIACRCNVVLSRPI*

>peptide 8 (50 aa)
MYTWGLCNLSLRSIQFGASPPFLLLLLFFTFRRNLAPDAGLHRLRSPAKG*

>peptide 9 (58 aa)
MLKCMDLITCTYVPEFYLFIYLLSMSMSNCMDIKVVFENFHLINSFICFECIFKGNMK*

>peptide 10 (87 aa)
VTATKFDLAYLLGRIHRAPAGVGQPLAGVGPLRRRRGAYASPRGSPAAVTSFCLAPSSLVWSVCSPFVHLASVASPLVRDCAAKGQG*

Sequence

>CNT30552988
GTCACCGCCACGAAATTCGACCTCGCCTACCTTCTTGGTCGAATCCACCGCGCGCCCGCCGGAGTTGGGCAGCCGCTTGCCGGAGTTGGGCCGCTGCGTC
GTCGTCGAGGTGCCTATGCCTCGCCGCGGGGATCGCCTGCCGCTGTAACGTCGTTTTGTCTCGCCCCATCTAGTTTGGTCTGGTCAGTTTGTTCCCCTTT
CGTTCATTTGGCTTCCGTGGCGTCTCCTTTGGTGCGAGATTGCGCAGCCAAGGGGCAAGGGTGATCGCTAGTTTGGGTTTCGGCTGTTGTTTGCACCGAT
TCGTCCGTTCCCCGTGCTCGAGGTGCTTGGCTTGGGTCTGCTTTTCTTTCCGATTTTGCAAGTGTTGATGTCGATTTGGTTCTGCGCTTGCGTTTGCATG
TGTTCTTAAATCTTAAGATGAGGCGCGCACGTTGATTCTGTAATTCGTGTCGTGATGACTTGTTTGTGGAGATAAGGGCGATAGGGCGATTTGATTTGTG
TTTTTTTTGTGTTGTCCTGGCAGTGAGATCAGCGGTTTGAGCGGCGTGTTGAGATTTGTGTTGTTTTTTGTTTTTGCGGCTAGTGCGATTCGAACAGCGG
GTTGATTTGTGTTTTTATTGTTTTTACAACAAGATGTGCGATTTGAATGGCATTGATTTCATAGATGGTGCGATTTTGATGGGCAGATTGATGTGAATTG
TTTTGATTGTCCCTGTGGTGAGCAGATTGGACGTGTGTGCTAACGTTGGCGAGTTGATTTGTGTTTGGTGTACTTGTGCTTACAGTGAGGTGTCAGGCGT
GATATTCATTTGTCTGGTCGGTTTTGTGGTGACATGTGGCCCATATGCCTAAGAATATGATTTGAGGAGTGGATTGATTTGATTTGGGTTGGCTTTAGCT
GTTCATATAGTAAGGAGGTCGTCCTGAGTGAATTGATTTGGTTTTGGTCTAGGACCAATGCATGTCGTGAGTGGCCGATAAAATAAATTCCTTTTGGTAA
GGTGGTTGATTTGTGATTAAGATGTGATTCTATCTTAGGTTCTATTGCTTAAGTTGTCAGTATGGTTTTGCTTCCGGGCAAGAGTGCGTCTGGGTAATGG
GTATATAGAAATAGGCTTGACTATGTTCCAATACAAGAGGTTGTGCTTGCGGTTAAGAATGTGATCAAAGGATGATTTTGCCTTGCTTTTTGGCTTTAGA
TCGTTATAGTGGTGTTGTGCTTCTAAATGAGTGAATCTTATACCAATTGTTCTGTGGAGAGTTGGCAGTTTGCTGAATGTGTCTTTTATTCTTGTTTTTG
CTTAGTAGGTTTTACGTAATGGGCTTCATTTGATTATATGTTGAATTGATTTAGATGAAGTTGTGCTTTTGATTAGAGAAACGTGATGTGCCTCCATACT
ATCATAAGTGCTCCCTCGTGTTTATGATTTTATTTGCTTGGTTATGGTCAACTACTGCATGCACAAGCACTTCTGTTCTTCTGCTTTCTGAATGAGGTAG
CATTGCATCCATTAGGCATAATCGCAAAAAGGGAAGATAACCGAATAACTGATTTTTAAAAATTCGCATATCTGTGTCATTTTGTTCATTTGTGTCAAAA
TGGTTAAATGCTTAAATGCATGGATCTCATAACATGTACATATGTGCCTGAGTTTTATTTATTTATCTATTTACTATCTATGAGTATGTCTAATTGCATG
GATATAAAAGTAGTTTTTGAAAACTTCCATCTCATTAACTCATTTATATGTTTTGAATGCATCTTCAAAGGCAATATGAAGTAATATACTATATGTAGAG
TCCATGCTCAACATTTTACATTTTGTACAGGCTTAAATTAGTAATCCCATATCATCTTGGTTGCATTTTGGTCTCTGCTTATTTGGAGGTATATGGTTAG
AATTGTTAACATTCAGGTCATGAAAGTGAATTGATCACATGTAGCTTTTGTTCTGTTTTTCGTCAAATATTTTTTGGACTTCTTTATTTAGTTGAGTTAA
TCATGGCAGGATCTCTTTTATTTTGTTTGCTTGTCTACTGATATTTGTTCCTAGTTCTATGTAGAACATGATATAGATTACTGGTATGATATGGACCTCA
AGCTCAAATCAGGTACTCCTATTTTCCCGCTGGTCCTTTAGTCGGTATCTTATTGAAGTTGGATTGTAAAGAGTTTATATAATCTGTAAAATGACATACT
TTTTTTTATTCTTGTTGATGCATATATTCCTTGATTTCCTAGAAAGAAACTACCACAAAATTGATATTTGCACAATATTTCTATGTGCACACATGGTATA
TCTTTAGATGATATGAATAAGAGGTAGTTCAACTTGGTATCATTAATCTATTTAAATATTTATCAGCATGGTGCTTATCGCTAATGGAAGTTGTCATTGT
TATAAACTTTGCATTTTTAATTTGACATACTTTTTGAAATGGGTTGTATAATTGCATTTATGTAGTATCTCTGGGACTGTCCTGTACTAAAATCTAACCC
CTAGAATCTATTAATGCAAATCTTTCTTCAACTTCTATCAAATGCAAAGGTAGTGGGTTAAAACCAATGAATTGGATGAGGTATGCTGATGGCTATACTT
TTGGAGAACAATGGTGCAGAAACCCCATTGCAGATTAAAGGAGTTGCTTGTCTATTGTGTAACAGTATTTGGCCCAAAAGTATTTAGTTAACTGTCTAAG
TCTTGTCCTTTTAGTTTTCTAAAAATTGTGAATGCCTGTTAACAGTGAAATTTGGTAAGCCCGGAGTAGTCATCGGCTTAGAGTCAGCATCGGCTTCGAA
GTCCTGAGATTAGCCGATGAGAGTTGTCAAGTCGTCAGTTGTCGGATTCTTACTATATTCGGTTAAGGAAATTGATCTACTAAAGGAAGCTTATCTAGAA
GAGACCGAGTTCAAAGAGAATGCGGCATGGCAAGTTATCTATTAATTAGAAATAGTTTGTTAGTTTTCCTTTTATCTTTAGAAAAGTGTGTTTAGTGTCC
TATAAGGACTTTATCTTTTCCTATTATCTTTAGGTTAGTTTCTTTCTTGTCCGACAAGGACTTGTATCAACCCATAGGTATAAATATGTACACCTGGGGT
CTATGTAATCTATCTCTACGATCAATACAATTCGGCGCATCGCCACCCTTTTTACTTCTACTTTTGTTTTTTACGTTCCGGCGGAACTTGGCACCCGACG
CGGGGCTACATCGTCTTCGATCTCCGGCGAAGGGATAAGTCCAGTGTGCCGCCGGCCCAGGCAATTGTATCGTTTACGTCGGCGTCGTTCAAGGCTGCAT
CAGTACATTCGACCTCTTGGATTGCTCTGGTTTGGATGATATATTTGCCTACCTATTTATCATATGTCTCTGTTAATCTAGTCTTAGCATATCAATTTAG
CTCTATCGGCTGCTTCTCGTTTTAGGGTTTCTGCCGGTATTGGCTAAATCGCATTGCTAGATTAGATTAGCTTAGACATCTACCACCCTGAAAACTCAGT
CAACGGCTTGATTGTCTAGATATTAAGTTTCTTTTCATACTTAGTGCTGCATCAGTTAAGTTTGATCTACTAAGTCGTGCTTAGAACCATAATCTCTAGC
CTGCTTCTTGATTGCCAATAAGGGTTTCATCGGGGTTTCAGCCGGTGAGTTATCTGGACGTTGCATCGGCTCATAAGGATTACATATACATATAAGTTGG
ATTTAGCCGATGACAACAAAGGCTTCACTGTTTAATCTAATCTCGTGGATTTCATGACATCGGACCTCCAGCCGATGTATGCTTTAACCTTCGGATCAGT
GCTTATTCTATCATATCAATGCTAGCCGATTGGTTTATACTGGACTATATTATTGTTATATTTTATTATCAGTAGCCGATTGCCTTTATATCATTATCTA
CATTGGACATATAGCCGACTGCTTAAACCCTATCGCTATCGGCTGGTATCGGCATCGGCTATTATCGGCATCGGCTGGAACTACTCCATCG