Detailed information on CNT30552538


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30595789Oryza glaberrimaOryza meridionalis35.3539.8288.71788forward
CNT30109128Oryza glaberrimaOryza longistaminata15.1656.2493.49338forward
CNT30100105Oryza glaberrimaOryza rufipogon55.0923.7698.621228forward

Expression of CNT30552538

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (47 aa)
MVKSSIIYRASSEPQDVIKPTLTTTFLLPLEVSLVRRGYVIMLYHFI*

>peptide 2 (48 aa)
MTNYCLELANSCFIYLSQRESTYIPAGASLDACALISCRLIIYKRKKS*

>peptide 3 (50 aa)
MYKIDGRYFCKCCNFIWNFLWLIFIMYKCLEVHYISRLMIYICALVCLNN*

>peptide 4 (51 aa)
MSAAICMFEPIVVLWFLTFLYICYTIYRKEFSIKKITSMVPRFNRIFLARK*

>peptide 5 (73 aa)
MFIILFVPSWRKLVVYQKIKQFYANMKQNMILQKMYTYAAIEQKKKRNMEYLTCILIRYCITFVIFGSLANKT*

>peptide 6 (78 aa)
MIFWYMILYVHHSFCPLLEKTCCLSENKTILCKYETKYDSPKNVYICCYRTKKKKKYGVPYMHTDSILYNICYIWITS*

>peptide 7 (36 aa)
MMYIKHLIGINSTGKKYTVFQVAIFLYTTYVHGDQI*

>peptide 8 (41 aa)
MFGGSLYIQTYDIYMRPCLFKQLNWFLIFSKFIMYVIHCGN*

>peptide 9 (30 aa)
MFSLDQFIFRSTRLLVDICKYPYLVERRSS*

>peptide 10 (32 aa)
LSQENFPNQNKFCANLQLCTYISFNHFGLGEI*

>peptide 11 (32 aa)
MFHISQSEGKHVYTSWSILGCVRINFMPFDYI*

Sequence

>CNT30552538
TCTCTCTCAGGAAAACTTCCCAAATCAAAACAAATTTTGCGCAAACCTGCAACTATGTACATACATTAGCTTCAACCATTTTGGTTTAGGGGAGATCTAG
CTGGATGTGGAATCTTGTTAGTCTTAGTCTTTTAAGAAAAAAAGAACTCTCTTCGGTTTTTGTTTCATTTTCAGCTTACTAGAAACAAATGGTCCGGTTG
GTCCGGTTGTTTCTCTTATTCTGTTTAACCAGATAAAGTAAATTCAGAGGTTTTATTATGGTGCTAAACATATCTATCAATTGATGGTTCCTGCGCCCGA
AGTAAAGTTCGCTTTTTATTTCATTCATCACTTTGACTGTGAATGCCATGTTCTCTCTTGATCAGTTTATTTTCAGGAGTACTAGACTACTGGTTGATAT
ATGTAAATATCCATATCTAGTAGAGAGGAGATCTAGCTAGCTAATGCAACATCTTCATGTCTTTTAATTCTTTTAACACAGTTAATCTCTCAGAATCATT
ATCATTACCCTCTGCTAACAAAATTTGATATTTTGCGTTTCAAAGACATCTCGGCTGGTGGGTTATAAGTGTAACTAATGCATAACATGTTTCCTTGCAA
AACTTGAGTTCTTCTACTGGCAAAATATGACATCCAGATTTCACATCGATCAATCCAACTAATTAAAGCTAATGGTTAAGTCGTCGATTATCTATAGGGC
TTCGAGTGAGCCACAAGACGTAATTAAACCGACACTGACGACCACTTTCCTGTTACCGCTTGAAGTTTCCTTGGTGAGACGCGGATATGTCATTATGTTG
TATCATTTCATATGACTAATTACTGTTTAGAGCTAGCTAATTCATGTTTCATATATCTCAGTCAGAGGGAAAGCACGTATATACCAGCTGGAGCATCCTT
GGATGCGTGCGCATTAATTTCATGCCGTTTGATTATATATAAAAGAAAAAAGTCATGATGTACATCAAGCATCTCATAGGAATTAATTCAACTGGGAAAA
AATATACTGTATTCCAGGTAGCTATATTTCTATATACCACATATGTACATGGAGACCAAATTTAGATGTAAAGTTATGAATGTATAAAATAGATGGGCGC
TATTTCTGCAAGTGTTGCAATTTTATTTGGAATTTTCTATGGCTAATTTTCATCATGTATAAATGTTTGGAGGTTCACTATATATCCAGACTTATGATAT
ATATATGCGCCCTTGTTTGTTTAAACAACTAAATTGGTTTCTTATTTTCTCGAAATTCATCATGTATGTGATACATTGTGGCAACTAATCAAACTATTAC
AGTATCATTTTTTGTATCTCCATGTAAGCTTATTTTGTATGAGTATCAATAGTTCCAAACTTATATATGCAGTATTTTTTTGGACACCAAAAGTGTCTAT
ATATGGATATGTAATGTTAGATTGAATTGTGTGTTGTGTCCAAAAAGATAATCTTAGAATATCATGCTTACTCTAGTTAAAGTGATGATATAGCCAATTT
TTGTTCAACCAAGTTTGGATATATAGTTTATGACTAGCGCTAGCTAGTTCGTAGTACGTTCATTCAAAAGTTGCGTACACATTTTTCTGCTCGAGTTCCC
TCACACTGATATGTCTGCCGCTATATGCATGTTTGAACCAATTGTTGTACTATGGTTTCTCACTTTCTTGTATATATGCTATACCATCTATAGGAAGGAA
TTCTCAATTAAAAAAATTACTTCTATGGTTCCTCGCTTCAATCGTATTTTTCTTGCAAGAAAGTAGATGATTTTTTGGTATATGATTTTGTATGTTCATC
ATTCTTTTTGTCCCCTCTTGGAGAAAACTTGTTGTTTATCAGAAAATAAAACAATTTTATGCAAATATGAAACAAAATATGATTCTCCAAAAAATGTATA
CATATGCTGCTATAGAACAAAAAAAAAAAAGAAATATGGAGTACCTTACATGCATACTGATTCGATATTGTATAACATTTGTTATATTTGGATCACTAGC
TAACAAAACATAACCTATAAAATTGGAGATGTGTAAATATAACTAATTTTGCAACCACTATATAATAGTATATCAGTCTCAGTATGTACTGAAATAAAAA
AAAGGACGTGTCTACAACGAGATCGCTCTCCGTATGGTCATAACTAGCTACCTCAATCTCATATCTAGTTGCTACTAGTATACTCAAAAGTGCATGTATT
TTTTTTCTTATGGAATTTTCTCTTAGATT