Detailed information on CNT30551838


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT004724, E-value = 6e-47

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30690627Oryza brachyanthaOryza sativa7.0374.4985.84219reverse complement
CNT30675102Oryza brachyanthaSetaria viridis4.8160.2481.33150reverse complement
CNT30524066Oryza brachyanthaSetaria italica2.8939.4788.8990forward
CNT30554388Oryza brachyanthaOryza glaberrima8.8577.5378.99276forward
CNT30110945Oryza brachyanthaOryza longistaminata7.9926.2185.54249forward
CNT30116366Oryza brachyanthaOryza nivara7.9977.0984.34249reverse complement
CNT30556999Oryza brachyanthaPanicum hallii4.0422.8782.54126reverse complement

Expression of CNT30551838

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (29 aa)
MTRGTHSYSLGWIAVHVGHNTRLLIDKKE*

>peptide 2 (30 aa)
MDDLNSEILPTMRSKEPKEFTYRLPKIARC*

>peptide 3 (36 aa)
MDNSRTSSVKTNLALVDNKSIQSIKPNGVKQFLLYM*

>peptide 4 (50 aa)
MERGIKPSMCDENHSLSHEGSPSSTFDAPSEPQFGSSDEPNSGDRQAILG*

>peptide 5 (42 aa)
MESNNFFYICNVFRLIRNVGYYCHLSRHGSCIKLSSLCLNYL*

>peptide 6 (53 aa)
MRITLLAMKAHHLPHLMHHLNPNLVPVMNQIVEIGKPFLANRDKLTKVILYHFL

>peptide 7 (51 aa)
MIKHYIEPILFDFPDEMAVVNDFIFPSSSRYKWMFGSGIIFSPLSHRMFER*

>peptide 8 (37 aa)
MSKLFMMFLKNLNCIIQIGTSLCALSKKIYFFHYNQN*

>peptide 9 (38 aa)
MRWQLSTTSFFPVVVDISGCLDQGLFLVPYPIECLNVN*

Sequence

>CNT30551838
CCCCGCGTCAGGTGCCAAGTTCCGCCGGAGTTGAAACCTCGGAAGAGGGTGGTGATGCGCCGAAGGTAATTGATCTAATTGATGTGTAGATGATTTAAAT
GACCCGTGGCACACATAGTTATTCACTTGGGTGGATAGCAGTCCATGTCGGACACAACACACGACTCCTAATAGATAAAAAGGAATAACAAACTCTATCT
CTAATTTCAATTGAATACGACACGGATTCTAATAGACAAAAAGAAAACAAACAAGTCCTGATCAGGCTCTAATCTCTTAGAGATAAAATTCTAACTAACT
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TTTCTTAACCGAATCCACCAAGAAAATTTACCAAATTTTGGTGTTAACAATATGTTATTACCATATTAATAATATTTTTAAAATATAAAATCCCCTTGCA
ACGCATGAGCAGTTTGCTAGTAATACATATAGAAAGTTTACGTGAGAAGAAAGAAGAAATATAGTTCACCCTAGCCATCTAATCTTACGAAGATGATTTT
AGTTATCGGATTTAAAAAATGATGAATGAACTATGGATAATTAGTAAAATCAGTTGATGCACTGTAGGATAGGATAAAGTAGCATTGCATAATTAATTAT
AAGTTGACACACTTTGAATTACAAGTTTTCAAGTTAATTTGGATGGATAATTCCAGAACTTCCTCAGTGAAAACAAACCTAGCCTTAGTGGACAATAAGT
CTATCCAGTCCATCAAACCAAATGGAGTCAAACAATTTCTTCTATATATGTAATGTCTTCCGACTAATTCGTAATGTTGGTTATTACTGTCATCTCTCAA
GACATGGTAGTTGTATAAAACTGTCAAGTTTATGTCTAAATTATTTATGATGTTCTTAAAAAACTTAAATTGCATTATACAAATTGGAACTTCTTTGTGT
GCATTATCCAAAAAAATATATTTCTTTCACTATAATCAGAACTAGCATATTTTCTTTTTCAATTTACAAAATGGTATAGCACACCTTTTGGGAACTTGAA
CTGAATTGCAATTCATTTCCGGAGAGGGTAGGGAATGATGATCATTTCTCTGGTCAAATTTTCTCTACATATGTATATGTAGACTCAAAAAAGCCCATGA
ACATATATCCTCACCGAGTAATCAAATATTTACAGAAGGCTAGTAACATGTCTGTGTTTTAATGAGCTAGCTAGGGCCATGCAATTTTGAACGAAGAGGG
TTGATGATAAAGCACTATATCGAACCTATTCTTTTCGATTTTCCAGATGAGATGGCAGTTGTCAACGACTTCATTTTTCCCAGTAGTAGTAGATATAAGT
GGATGTTTGGATCAGGGATTATTTTTAGTCCCTTATCCCATCGAATGTTTGAACGTTAATTAGAAGTATTAAATATAGACTGATAACAAAACTAATTGCA
TAAATCAATGCTATTTCATTAGACAAATTTTTTAAGCCTAATTAAGTCATGATTAGCAAATGTTTACTGTGGCATCACATTCGCTAATTATGGACTAATT
AGGCTTAATAGATTCGTCTCGTGAAATAGTCCAGAATATGAGGTGGGTTTTATTAATAGTCTACATTTAATACTTCTAATTAGTGTCCAAACATTCGATG
TGACAGGGACTTAAAAAAATTTGGTGGGAACCAAACAGGCCCTAAATGACTGAGGCCATGTTTAGTTCCTAAAAACTTTTCTTAAAAACATTACATCGGA
TCTTTATACACATAAATGAAGCATTAAATATACATGAACATTAAAACTAATTTTACAGTTATGGGGAAAATTGTGAGATGAATCTTTTGAGCCTAATTAG
TGCACGATTAGTCATAAATGCTACAGTAACCAACATGTGCTAATGATGGATTAATTAGACTCAAAAGATTTATCTCGCAGTTTCCAGACGGAATCTGAAA
TTTATTTTGTAATTAAACTACGTTTAATACTTCAAATATACGACCGTACGCGCGGATGTGACCCCTCTCCCAAAAACTTTTGAAAACTAAACAGGTCTGA
GCCTAGGCCAGCCTTGTAGTTCAGTCTCCCTTGGCAGTTGACCAGTTGTTTTGCTAGCCAGTTCATTACCGAGTATCAACAGGTACTAGCTTAGCTATTC
TGTGTTCTTTTCTTCGGCTTATCTTTAGCTTTTTCCTTGATTTTTTGTACACGCTTTCTGAATGGTTAAGTAATATATTTTTAAATTTCTATATAGCAAT
TAATTATCTTATTTTTCTAAAGTAGATTTTTAATTTATAGTAGTTAATTCCATCGTTTAAACCATTAAATAGCTATAAAAAATTAGGTAATCTTTCATTC
TTCATCGACACAAAAAACACAACCACAGTCAGGGATCCCCTTCTGATGCTTGGAACCTCATTCTCAACATATCACTAAAAAGATATTCTCAACATACCAC
TAACAATATATTCTCAAAACTTCCCGTTGATATATATGCATTGTTGCTGCTAAGTTATGCAAAGAAATGCTCTAAGTTGGAGTGAGGAGTTATCAGAACC
AAATTATCTAACTTAAATGACACTGTTATCAGAAAATGGTTTGATGCAATGATAGAAACAACACAGATTCCACATCTCTAGAGGAGAACAACAAAGAAAC
GAAAAGGAGTTAAGTTGTTCCATCTTTTCAACAGCATACCACTGTTCCATTTCAACTTTGCATTTCACTCTATTTTTGTACTTCCCCTTATAACCTCAAT
TCTTCATACCCGTGTCTCTGAATTTGCAATGGATGATCTGAATAGTGAGATCTTACCTACAATGAGATCCAAAGAACCGAAAGAGTTCACCTACCGGCTA
CCGAAGATTGCGAGATGTTGAGACATGGAAAGAGGGATAAAGCCTAGCATGTGTGATGAGAATCACTCTCTTAGCCATGAAGGCTCACCATCTTCCACAT
TTGATGCACCATCTGAACCCCAATTTGGTTCCAGTGATGAACCAAATAGTGGAGATAGGCAAGCCATTCTTGGCTAATAGAGACAAACTAACAAAAGTTA
TTCTGTATCATTTTCTC