Detailed information on CNT30550978


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT006026, E-value = 5e-20

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30370799Oryza brachyanthaOryza glumipatula5.4424.883.42187forward

Expression of CNT30550978

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (31 aa)
MTGMTGPSRLAVEVASWFLLTCMGILVGGGA*

>peptide 2 (45 aa)
MSVQEGRKPIAQGMTRRVTPYELWCVGYMVVGLLLPREHQNSPHC*

>peptide 3 (45 aa)
MNCGVLGIWLLVYSSLGNIRTPLTASNGTSRVQQGLKFMEQPLPK*

>peptide 4 (31 aa)
MLGVKWCNSKFLNAKWTRKYTGSTSILSFFI*

>peptide 5 (32 aa)
MRGTSSTRLRTRQVTTPFDHVEPMIRKCILLL*

>peptide 6 (37 aa)
MLASNSNYMCLDITNESFLCRLQAEIDEDGCFLISHF*

>peptide 7 (38 aa)
MCWAVVEHGKVYNHCSVFKSIRIAALSDISTETWYTLG*

>peptide 8 (33 aa)
FLFKEIYFISKTFSCFQDLYLISTLFIYYLFLK*

>peptide 9 (34 aa)
MLPDFAFLMVFLLSQIELFSYVHLAHTLFWASRL*

Sequence

>CNT30550978
TTTCCTTTTTAAAGAAATTTATTTTATTTCAAAAACCTTTAGTTGCTTCCAAGATCTTTATTTGATTTCAACCCTTTTTATTTATTATTTGTTTCTAAAA
TAAAAGTGTGTTTCTAAAATATTTATAAAAGCCCTCGCTTTTTCGTCAGCAACCTCACGTTTGCGCCGATTGTTCGCTTTATTAGTTTGGGAGTAGCAAC
GAGTCGTGCGAGGACCTAGGTATAGCAAGCTAGTCATGCGAGGAACAAGCTCCACGAGACTTCGAACCAGGCAAGTCACTACACCTTTTGACCACGTTGA
ACCTATGATTCGAAAATGCATTCTTTTACTTTAAATTACATGCAGAACATTTAGAGGCCCATTGTAAGTAGTTTTACTCGTCATATGCTTGATTACCCTG
AAACCTTTGTAGCCTCATTACTCAACTATAAACTAGTCAACATATGATATTGCTTAGCCCTGCTATTAGCTACATTTTATTCAATATTATACTTTGAAAT
GATTAGGATGATGGCGAGCCATTACTCAGTGGGAGTAAATGCATGACGACGGGTAGAGACATGAGCGCCACCCGGCCATGTTGAGAATAAGTTGTTAAGA
TAAAAACTATTTTCGATTGGGGCGGAGCGGTGAGAATATGGGTGGTTCCAGGAAAAGGTTAGCCGCCTCTGATCAGTTAAGGACCGAGCCATGCAGCTAT
ACATGAAACGAACACCATACAACCGTGTTTCTCGAATGGGTATATACCTAGCTTATTAAATAGTCGAGCGGAGTTGGTGTCCAAGTCGCGGTGGTTCTTA
TGAGTGTGCAAGAGGGCAGAAAGCCTATTGCACAAGGGATGACCAGGAGGGTCACTCCCTATGAACTGTGGTGTGTTGGGTATATGGTTGTTGGTTTACT
CCTCCCTCGGGAACATCAGAACTCCCCTCACTGCTAGTAACGGTACGTCTAGAGTGCAACAGGGACTAAAGTTCATGGAGCAGCCACTACCAAAGTAAGG
TTATCGAAAAGCGTTGCAACGACCGTCTCATGTGTTGGGACGAGGCTCATGTGTTGGGCAGTCGTGGAGCATGGGAAAGTATACAACCACTGCAGTGTGT
TTAAATCTATTCGAATAGCAGCGCTCTCGGATATAAGCACCGAGACATGGTATACACTTGGCTAGACTTATAAAAACCCAACAGATGAGTATGGGATGAG
AATGAAAGTGTTGTATGTGTGTCTAGGTGATTTACTCCTTGAGATGCAAGGGGGTGAATTATCTAGAAGATGACATGGATGCCATGAAGGAAAACCATTA
GTGGACGGCTGACAGAACCTTCATGGCTATTTAATTACACTCATGGAATAGAAATTGCTGCTAGAAAATAGGTTTTGTGAAAACTATTTGAAAAGCCACT
TTTATGCAAAAGAACCCTATAGCCTTCCTTAATACAACCTTGCATATGCATATTTTCATGTTGATTTGCTGAGTACCCCGTACTCACCCTTGCTAAATGC
AAACCTTCAGTGCTCAAGAGGATATGGCTCTAAATCCAGTGTAGAGCTACGGAGTTATCACAGTTGAAGCGGTCGTCTAGCGGTCTCTGTCTCCCAGTCG
CCGCCTGTGTCGTGTCAGATGTGCCCTCCTATTCCCTTTCGCTTCCACTGTTATTGTTATAAAGTTTTGATTTAACCAAAGGTTCATAATTAAACCCTTT
CAACCTTATCTTTTTGTTGTGATATGTGACGATCCAAATATATATATGTACCAACTATTGATCTAAGAATTGGTACTGATAAACACAACACAGAAGGTTA
CCGATTAGCGCAATCGGGGGCCGACAATATGTTAGCGAGTAATTCCAATTATATGTGTCTTGACATCACAAATGAGTCCTTTTTGTGTAGACTGCAAGCT
GAGATAGACGAAGATGGATGCTTCCTGATTTCGCATTTCTGATGGTGTTTTTGCTCAGTCAAATCGAATTGTTTTCTTATGTCCATCTCGCACACACGTT
ATTTTGGGCAAGCAGACTGTGAGCGGAGAACACGGTTGACACGTGGATGACTTCACCAAGTGACAGACAACATAAACACCTTGATTTTTTGATTTTTTTA
ACTAGGTTAAGATTTTGATAAGTCATATGTTAGGAGTAAAGTGGTGTAATAGTAAATTTCTTAATGCTAAGTGGACACGAAAATATACCGGAAGCACATC
GATTTTGTCCTTTTTTATCTAGCCATAAAAGGTTTCTCCTCTAATTCTTTCTTATTGGTTAATCAGATTTTACTTATGTAATAAATTTAAACTTCTATTT
TTCCTCTAGAGTCAAAATCAATCATTTTAGACATAGTTGTCATGCTAAAAAAAGAAAATTACATTATAATATGCACAATATAAAGTGTAAGATATAAAAG
TGATAATATAAGGTTTGACTATTTTCTTAAATAATAAAGTCAATTTTACAAAAGCACATTAATGACTTGTGTCACTCACGTGGCCTAGGCTTTGTGGTTC
GGAGACTTCACAAGACTATGTCCTTATGAGGAGCACACATTTACATCAAGAACTTCATCATACACGAAAATAGTAGATGACTGGGATGACTGGACCAAGT
AGATTAGCAGTCGAGGTGGCATCGTGGTTCCTGCTAACCTGCATGGGAATCCTGGTGGGAGGAGGAGCATGAACATTTGCAGTCTACAGGTCTAGCCATT
TCTCGGAGACCATAGTATCTCTCAGATTCTTCATATTCCAATATAATATACCATGTATCACCTGAATATCTCTGCTGGGAACAAAAATCTCTGTAAGTTA
TTTATTTCATTTGAGTTTCCTTCTTCAAAGAGTTCATAGAGCACAAGGCTTGGTGGATAAACCACTTGAATACTGTTTACATAATTATTTTTGTTGTTTA
GAAGCACAATCTAACGCTGTTATTGTGGTTGTCCATTAAAAATAGAATTTGTGGCTTTACATTTACGGTCTTTCTTGGCTGGTTATTGTTGCTGTGGTGA
TGGTCCTAAAGGTTAATTTGAATTTGCCTGCTAGTTTTAAAATTTGAGCATATGCTGACTGAAATATATGTGCACCTTGTTACTCTTTTTTTAAGTTCTT
CAAAATGGAGCTGCCCTTGTTAAGTGAAAAAAATTTGATGGAGATGGGCTACAACCCTCCTCCTCTGCAGCCCTGGTCTAGATAGTTGACGCGTGAATAG
GTGAGCAATCCAACGACGTGCACCGCATCAGCTCCATCCCTGTGCGATTTTCTCCGCATCGGCTGAACACTAGCTCGCCCCTCTTCCAGGTCGCAGACCT
CATCTCCTTGGCTCAAAAAATATTCCGGTATCATGCTGTTAATGCTAGATTTTGGTAAATCAGCGTTATTGATTGAAACATGGATAAAAACCGAATCGGA
CAAGAAAGCTTGAATCGGCTGAAAACAGAAAGCTGGAC