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Detailed information on CNT30541474


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot:
sp|A4QL94|ATPI_LEPVR, E-value = 2e-152

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30535895Brassica napusEucalyptus grandis5.1728.5293.67158forward
CNT30282912Brassica napusChenopodium quinoa18.9654.187.07580forward
CNT30145240Brassica napusMedicago truncatula7.1639.3988.58219forward
CNT30598585Brassica napusFraxinus excelsior16.7760.1487.72513forward
CNT30205079Brassica napusHelianthus annuus17.3973.5885.9532forward
CNT30621081Brassica napusCajanus cajan18.0552.8785.51552forward
CNT30409854Brassica napusPapaver somniferum18.5785.6786.09568forward

Expression of CNT30541474

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (29 aa)
MVTMSIVLILFWKKKKNNAYHNRKERANQ*

>peptide 2 (41 aa)
WIIKPSPINTTPTLFDSKLRAIPIVPSSNSTNSPAITSSRP*

>peptide 3 (51 aa)
MTGIGTTKGTKETRTTTTNSSANIFPKSRKLSDRGFVKSSKMLMGKRIGVG*

>peptide 4 (52 aa)
MNSRTNSKKFWPPVGMVCGLRTARAAEPNKIAITTQEVIRTCAWTWNPPICQ*

>peptide 5 (30 aa)
MIKHSYCPLTEIRTLNYFDSRPPLFFYLFT*

Sequence

>CNT30541474
CTTGGATCATCAAACCGTCACCCATTAATACAACACCAACATTATTTGATTCTAAATTAAGGGCAATACCTATAGTACCCTCCTCAAATTCTACTAATTC
ACCTGCCATTACTTCATCAAGACCATAAATCCGAGCGATGCCGTCGCCCACTTGAAGTACGGTACCGGTATTTACAATCGTCACTTCTCTATTATATTGC
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CGCCTCCATTTCTACTTTACGCAGGCGAGCTCGGGCGTTTTCTAATTGTTGAATAGCTCCTTCACGTAGTTCTTCTGAATTTCGAATAGTATTTAATATC
CTCTGCTTTCGGTTATCTAATAAATCATTTAACACTCCCTTTCCAAAAAAGATCAATACACCGAAGACTACACTTAGATTTATTGGATTTGTTGCTAAAA
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TTGACCCGCAGCTGTACCTTGACCAACCCCAGGTCCAATAGAAGCAAGCCCAACAGCCAACCCAGCAGCAATAACCGAAGCAGCAGAAACCAGTGGATTC
ATGATAAGTTCCTCACACCAAAATAAAGAAATAGTTAATGATACAATCATCCAACGACTTAGGACTTAATTATAATTAAGTCATCGCTAAGATTCATCCA
GCCAAAATAACCAAAAACTTGATAAGAATTACTTTGATATTAGTTCCTATCCACGGGATTTTGAAAAATGCATAATATATATATATACGACTTTTTTATG
CCGTTTCTTTTTTGTGAACCATTCTTTTCTTTTAATTCTTCGTTCTTTTTTTGATCGTTTTTTTCAGCCAATTCACAGATAAAAAGTAAGAACTTATAAT
CGAATCGTTATCTAAATAGAAATTCACAAAAATAGTGGGGCAGATTATATAGATCTTTAACTTATATATACCTAGTCAATATCAAATATGACATATACAA
GTGTTTCTTACATAACGTAAACCAACTATTCGATAATTGGGCTAACCTAAATTTGAAAAAAAAAAATAGTTAATGATGACCCTCCATGGATTCACCTATA
TAAGCCGCAGCTAAAGTGGCAAAAATGAGAGCTTGAATCCCGCTTGTAAATAATCCAAGGAACATGACAGGTATAGGAACCACTAAAGGTACTAAAGAAA
CAAGAACAACAACTACTAATTCATCGGCTAATATATTTCCGAAAAGTCGAAAACTCAGTGATAGGGGTTTTGTAAAATCTTCTAAGATGTTAATGGGTAA
AAGAATTGGAGTTGGTTGAATGTATTTACTGAAATACCCTAATCCTTTTTTGCTAAGACCCGCATAAAAATATGCTACTGATGTGAGTAAAGCTAAAGCA
ACCGTCGTATTTATATCATTCGTTGGTGCTGCTAACTCCCCTTGAGGTAACTGGATAATTTTCCACGGTAAAAGGGCTCCTGACCAGTTAGAAACAAAAA
TAAATAAAAACAGGGTTCCAATAAAGGGAACCCATGGACCGTATTCTTCTCCAATCTGGGTTTGACTCACATCTCGAATGAATTCAAGGACAAATTCAAA
GAAGTTTTGGCCGCCAGTTGGAATGGTTTGTGGATTGCGAACCGCTAGAGCTGCGGAACCTAATAAGATAGCAATTACAACCCAAGAAGTAATAAGGACT
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AACATGATAAAACATTCATATTGCCCTCTGACAGAAATAAGAACTTTAAATTATTTTGATTCAAGACCCCCCCTTTTTTTTTACTTATTTACTTGAATTT
TTATTTTAGTTTTGGATACCAACTAAACGAATCACACAATATACCCAGTTTTTTATCTCTTTTTCTTTTGTATGATTCAGGAATAGTAACCGATTTTATA
AATCGAAATACAGGGAGCCCCTCCCTCAAAAAAAATTGATTTATTTATCTTATTATTAA