Detailed information on CNT30535442


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30702815Eucalyptus grandisQuercus lobata3.6726.985.8699reverse complement
CNT30247574Eucalyptus grandisAvena sativa3.6720.3786.8799reverse complement

Expression of CNT30535442

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (61 aa)
MPSKSSVAATADWRLSDLTASCGSAGSTDALKGISLWIREGSIVLSEAHSPLKLGSKAFFH*

>peptide 2 (51 aa)
MFLIFLEIHALGILRCFLHGMTSFINCLQNGFRYHVGYTLIAPFALNTYVE*

>peptide 3 (52 aa)
MVKVNVHSDCYHVMLIFPTYVSGFMHCIKPDELRVSFLSRLFSLLYSLELHD*

>peptide 4 (41 aa)
MLARSIRFAISLSIALSRAQPVARFLSLFSPINCLLLKFTR*

>peptide 5 (43 aa)
MISLVALSYLAVAFWTRGRDTYFLLDEMLKLDQSWLSSVSFNY*

>peptide 6 (29 aa)
PLSKKKRPNGLSDSLSLSDWLIIWCIRNP*

>peptide 7 (31 aa)
SLSQRKNGRTVSRTLSLSLIGSSSGAFETLD*

Sequence

>CNT30535442
TCCCTCTCTCAAAGAAAAAACGGCCGAACGGTCTCTCGGACTCTCTCTCTCTCTCTGATTGGCTCATCATCTGGTGCATTCGAAACCCTTGATTGAATCT
CTGGATCCAATCGCGAATCGGCAAAGTAGCTCTGTTCGATTCCCTGTCGTCGCAAATCGCGCCGGATGCCGTCGAAGAGCAGCGTCGCCGCCACCGCCGA
TTGGAGGCTCTCGGATCTCACCGCCTCGTGTGGCTCGGCCGGATCGACGGACGCTCTCAAAGGGATCTCTCTCTGGATTCGTGAGGGTTCAATCGTTCTT
TCAGAGGCTCATTCTCCGTTGAAGCTTGGGTCGAAGGCTTTCTTCCATTAGCAGGCGATCGGAGATCGAGCGCCGGCGGTTGGGGATCGCTAGGGAAATC
TGTTCTTTCTCTCTGTTCGAGTTCTCGCTCTCTCTGTTCGAGCGGTCCGGATTTTTTTCTCTCATCTTGAGGTCTCTCAATCGGATGTTTCTCTTGCTGG
ATCCGGCTTCGGAAGCTTTGGATCAGGTGTTCTCCGACTCTTTCCCGGAGATTTGATGCTCGCTCGCTCAATCAGGTTCGCCATCTCTCTCTCGATCGCT
CTATCTCGCGCTCAGCCTGTCGCTCGCTTTCTCTCTCTATTTTCCCCTATCAATTGCCTACTATTGAAGTTCACTAGGTAATCTGAGCTTGTAAAATTGC
TGTCATGATAAGTTTGGTTGCGCTTTCCTATCTGGCTGTGGCATTTTGGACTCGAGGCCGAGATACCTACTTTCTGCTCGATGAAATGCTTAAGCTAGAT
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GAGGTTTTCTCTCAGATTGACCACAAGTTTGATCTCATGTATTGCTAAGCGTGTTTTTGTGCATTGATATGTCAGTGAGGGTATAGAGGAGGAAGAGTTC
TCTGAGGCCCGTGAAAATCTCACTGCCCTTAAGAAAGATTTTTGGGGAGGTGGATGTTGAGTCTGCCGAGTAGGAGTTGACTGGTGATTGATCGTCCAAT
GTTAATCTGTTCTAGGATTTTGGAGGTTAATGAGTCAATGTGATTAATAGATTGATTTGGACAATTAAACGCAGAGATTAATGGAAGAAATCAGCTAGAA
AAAATAATTCTGATTTCTTAAAGCTTCGAATCAGTAGGGTGCCTGTTAAAATTGAAGTTCATTTGCTGTGAGAAACAAGCCACTAAATCTAGGTGCTGAA
TCTGAGAATTTTGACTTCAATTCTTCAATAATAGTTTCTGGCATGATCTGTGTTTGTTCTCTAGTCATACGTTGTCTTGAATATATTGATATAATCTACT
GAGGTTAATGAATTTATGTGGATTGATGATCAATGATCATGAACTTGAAGTTGACTGAACTTGATTTGCCTTGATATGTCACTTTCTGTTTTGGCTTAAA
TGAGGTGATAGATGAGGCTTTCTGGTCTTGAGCCTTTTTAGACATAGAAAATAGACTTCTCAAGCTTTGATTTGATATGTTGCATGCCCTGAACGGACGT
CATTCGGTCATTAAAAAACACCTACAAAATCTGTTAATTCTACAGTAGTTTTTTAGGTTGATTTGCTATTTTGACCTACTGCAATTTTCTGTTTTAACTG
GAACGAGCTGGAAGATGATGTTATTAGGACTTAATGTCTTCTAGAGATTCGTAATAGGCTTCTCAAAATTTCCATTGACATATTATATGTGCGATTTGGC
CATCATTTGCCCTGCCCTTTTCTTTTTTTTCAAATTGAGCTTTGAAATCTGGAATTTGTCTTGAACTGCAATGCTGTCTTTTCTGTGGATAGTTGTTGTT
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ACCATGTGGGTTACACATTGATTGCTCCGTTTGCCTTAAATACATATGTTGAGTGAATTCAATGGTGCATGTTTTGGAATAAGTGATCTTTAGTTGGTTC
ATTCATTGTTTTGGGTTGATTGAGGACCAAGGTCATGTGGCTTGAATGTTTGTCATGTTATATGCTTTGTGTGTGATCATTAAATAGATGATTTAGGTGT
AATACATAATGATGCTAAATCTTGGGATTTCACTTAGAATTTGGTGTAAGGACTTCATGACTTTAGTCACCATTTTTGAACACTAATAATGTCATATTCT
TTGATGTTTTGATATGTTTGTTTGTTTCCTTCCACTGCATATACCTAGTTATAGGTTTATTAGATTAGGTTTAGATTAGGATCCCGAAGATGGAGAAGGC
GTGAAGATGGTGAAGGTCAATGTCCACTCCGACTGTTATCATGTAATGCTCATTTTCCCGACATATGTCTCGGGTTTTATGCATTGTATAAAGCCCGACG
AGTTGCGGGTTTCCTTTCTTTCTCGATTGTTTTCTCTTTTATATTCTTTAGAATTGCATGATTAGGTTTACTGTTTTATCTTGATTGTTTACTTCATG