Detailed information on CNT30508390


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot:
sp|P84977|GRP3_POPEU, E-value = 2e-13

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30373658Solanum lycopersicumArabidopsis thaliana2.8243.7784.48116forward
CNT30568254Solanum lycopersicumActinidia chinensis3.3327.5783.94137forward
CNT3060770Solanum lycopersicumArabidopsis lyrata2.5831.8382.08106forward

Expression of CNT30508390

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (38 aa)
MMKQTGDWTIINKSPFTSIHENFVNKDPQGNFNQTSKP*

>peptide 2 (55 aa)
MCYKSRIICYSQFLVQPNQSKLLRTNNINLTKHYPLNFNHKQVNVRRKVEEKNKW*

>peptide 3 (41 aa)
MLRPSRSWPFIPSIASLMACSSLKVTNPNPLDLPVSRSLMI*

>peptide 4 (40 aa)
MREPIEKLILLVRIKKKEDARHKIRYTSCITSNIGRVLYI*

>peptide 5 (33 aa)
MLSELLIINKWGEVECIGKDKRVLIDMGWVVIG*

>peptide 6 (32 aa)
MGYIPKNLIVNERTNRKAYLISENKKKRRCKT*

>peptide 7 (31 aa)
MLDTHTLKSFDENLPNLGINTKSKLLQYLIV*

Sequence

>CNT30508390
GGAGAATATATATTTATCAAATTGCAGAATATACAGCAAAGAAGAAACAAATGAATGGGTTATATTCCTAAAAATCTTATAGTAAATGAGAGAACCAATC
GAAAAGCTTATCTTATTAGTGAGAATAAAAAAAAAAGAAGATGCAAGACATAAAATTCGATACACAAGTTGCATCACTTCGAATATTGGACGTGTGCTTT
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GTAGCCGCCGCCGCCGCCTTCACGTCGGCCACCTCCGTAGCCGCCGCCACCACCGTAGCCTCCGCCACCGCCTTCACGTCGGCCACCTCCGTAACCACCC
CCGCCTCTTCCACCTCCACCTCCACCGCCTCCGCGTGATTGAGCTTCGTTCACGGTGATGTTGCGACCATCAAGATCCTGGCCGTTCATCCCTTCAATAG
CATCCCTCATGGCTTGCTCATCCTTGAAGGTAACGAATCCAAATCCTCTAGATCTACCAGTTTCCCGGTCATTGATGATCTGAAAAAATTTTAAAAAAAG
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CTTGGATTCGAC