Detailed information on CNT3050434


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT3039248Cucumis sativusCucumis melo21.4798.9490.97465forward

Expression of CNT3050434

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (40 aa)
MYEAHFCNDSMALCTSIVYSDTCDLVTSTTSCLVKRFYKC*

>peptide 2 (47 aa)
MVVIACCIIETSNWESVHSWRMSKLSLGEHGIYPCMEESYCIIGLGL*

>peptide 3 (33 aa)
MTVNKYKPFKRSMAFLSCSGCLCLCDICLDSSL*

>peptide 4 (35 aa)
MAYILVWRRAIALLVSVSKFKLCSFLMCIISYTWY*

>peptide 5 (53 aa)
MYSNAICGTRSHCRVVYGRTFDTCASSILYCVMVNFLLMGTGRTLLHWILLYT*

Sequence

>CNT3050434
CTAAGGGCCGTTGATCTCTAACTTCTGATTACTCTATACGATTAGGGTTCGGCGGGAGGTTCCCTTGCAATACCCTAATTTCAAGATTGCTGTATTTAAA
TGGCAATGCCAATGTTCCTTCTCAGCCGTCTCACATCCACTGGCTCAACAGTTCTGTACCTAAATAGCTGAAACAAGGTTTGCAGTTTAGGGGACCTTAA
TCCATTATTTCTTGCTTGAATCCGAGGGGTGTCGACTGTTCCTGATACTTATTGTGGGTCATACTGTACTTTTGTAAAGGAAAGTTTACGCCCAATTCTT
CTTAGTTGAAAACACTGTTATTGTATCGAGAGTGATCACCACAAATTTGATATCTCATGACTGTAAATAAATACAAGCCTTTCAAACGTTCAATGGCTTT
TTTAAGTTGTTCTGGCTGCTTATGTTTATGTGATATTTGTCTTGATAGTAGTTTGTAAAGAATTTTCCACGAGTACCGTGGCTCTATGTTATTGAATGTT
GAGAGCTTAGTATAACCGTGCACTAATCACAGATGGCATTCGCTTTGCAGCTCAAACAATAGCATATTTCTGCTGCCTGTAGTGACATTATACTTTCTAA
TGTATAGTAATGCAATCTGTGGTACAAGATCTCACTGCAGAGTAGTTTATGGGAGGACATTTGACACATGCGCTTCCAGTATTTTATATTGTGTAATGGT
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GGAATCAAATAGGACAAAGTGATGTTTTCGCAGTTTGTTTGTGATGAGCCTCAAAGTAAGAATTATGCTTTGTAGGAGATGTAGATAAGAACTCTAAAGT
TTGAATTTTCTTAAGATACATGTGAATTGACTACAAGGCTTTGGTTTGTGGGGACGATTTTTCTTTAAGTAAAGATTAAGAGCTGCAGGTGAATGTTGGC
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TTGTCCATTGAAAAGGCCACATGCTTGATAGTTCAAGGAGATGAAAATATGGTTGTAATTGCTTGTTGCATAATAGAGACATCAAATTGGGAAAGTGTTC
ACTCATGGAGGATGTCTAAGCTTTCATTAGGGGAACATGGCATATATCCTTGTATGGAGGAGAGCTATTGCATTATTGGTCTCGGTCTCTAAGTTCAAAC
TTTGTTCTTTCTTAATGTGTATTATTAGTTATACATGGTACTAGAATCTGTTCATTCTGTCTGTAAGATTGTTAGTAGCTTTTAGGCTTGACCCCAAGCT
AAATGTGGGGGATGGAGCTTTAAAACATTCCCTATACTCTTGTTTTGTTTTGTTTCTTTTGAGCAAATTTCGTATACTTTCGTTGACATTTTCTCACAGC
TCATTGATATTTATACAATATAATGTTAACAGGGAACCTTTCAAAGTGATGTCAAATGTATGAAGCTCATTTCTGCAATGATTCCATGGCCCTTTGTACA
AGTATAGTTTATTCTGACACTTGTGATCTAGTAACGTCCACTACCTCTTGTCTAGTTAAGAGATTCTACAAGTGTTAAAGGTTTCGACCTTTCTTCTTGT
ATGATTCAAGAAGTTTGTGGCTCTCAATACAAAAAAAAAAATGTTACATTTGTATTGGATAACTTTTAACTTTTCTTTTTGTTCTTTTAATGTAGCCGTA
TGTTGGGTTCTCCAAACTTCATAATTTCTTGAAGTTTACTATTCCCCTAGCCTCAAGCACCCTAAACTGTCTTGGTTGGGCCCTTGTTTAAAGGCAAAAA
TAGCTCGGTTTATTTAACTACACACCTCTTGAAACAAAAAGTTGGCTCTCAATTTCAAAGCGAAGAAAGTTAGGTTCGTTTAACTACGTCTTTAAATTTT
GTAATTGAATTTCGTTAGTATTCCTATATATATATACTTCTTAGTATCAAATACCTAGAGAGAGAT