Detailed information on CNT30474664


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT3015424Saccharum spontaneumZea mays28.540.9587.551108forward

Expression of CNT30474664

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (30 aa)
MTDCEKKDKNICSIVNSISRCKKYDDLGNL*

>peptide 2 (34 aa)
SPRTIPHFFAICCSKHLIREIMGAILLSLILSIA*

>peptide 3 (43 aa)
MPPNQTILLCKSNLYMVGVFTLVFLDTLFAELLPFLNCNANDL*

>peptide 4 (86 aa)
SSDDPALLRHLLQQTSDSGDYGCYFAIPHLIHRMTGKSAAPSTVDSANLSLFALPYLVSPVFILFYSGPPCLTNTSRRICFLKHAF*

>peptide 5 (57 aa)
MKAWHECPLTKQFCYVKVISIWLVFLLLFFWIPCLLNCCPFLTAMPMTSSFTVYSLA*

>peptide 6 (48 aa)
MFSSIWIWILIYMSIVVDNSRLEFIEVNQRFGMATQSGTLHCKQGEMK*

>peptide 7 (39 aa)
MFGICMRIAITTFGCIKAGNGKKQDKDICSVPGIRDVIA*

>peptide 8 (55 aa)
MQYFTLWAKLADYEKQRKLHLLCSWFMGAQRHDDCLGESLMLMLMRIFLYSLQGV*

Sequence

>CNT30474664
TCTCCTCGGACGATCCCGCACTTCTTCGCCATTTGCTGCAGCAAACATCTGATTCGGGAGATTATGGGTGCTATTTTGCTATCCCTCATCTTATCCATCG
CATGACAGGTAAATCTGCGGCGCCCTCGACTGTCGATTCGGCTAACCTCAGTTTGTTTGCCCTGCCTTACCTTGTGTCTCCAGTTTTTATTTTATTTTAT
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CGATTTTGAGGGCCTGGATCTATCAGCTTGTAGAAATGCCTAATCCCTTTTAAATCGGTTGTGGTTTCAGCCTCATTTCCGAGCTGACTAGATGATCGTT
TTTTTTTCTTTCATGAGGGCTATTCTAATCCGTCAGCCTGATGATTAGCATTCTTTGCACAAAATTCGGAGATCTGAATGTGCCTTCCGTCGAAGCCTGC
TAGACCGCGGTGGTGGGTCATGTGAGCCAGTGAGCTCAGCTCGTTGACTCCCTTACTACTCCCTCCATTCCAACCCTGTTCGTTTCGCTGAAATTTGGTT
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CTCCGGGAGATGCATCTGTAGATGCAAAAGTTATGAAGGCTATCCCAGATCGGAAGAGTGCCCTGCTTAAATTCATTTTTAACTTGTTTAACAAGTTCTT
TATCATTATCTGAAAAGCTGTTCCTATTATAAAGCACTGCAATGCAGCCTGGGCTGCTTGTGATTTGGTCAGCATGCTGTTAATGATTTCACTTTAGCTT
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TAGGTGCAGTTTGGAGGAATTATGTTTGGTATTTGCATGAGAATTGCCATCACAACATTTGGCTGCATAAAAGCAGGTAATGGCAAGAAACAGGACAAGG
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TTGACCATCCTGGCTAAGAGGCTATGGCAAGTGTCCCTGTAGTACAATTGCATTTTGTGCTAGAGGAAGATCATTTGTGAAAGCATGAGTCCACTCCACT
TGCAGAAATGCCAATGCGTAGTACCTTGAAAATTTTCTGAGTTTCTGTTCATTTTGGAGGCAAGTAGTTCAATGTTTTGGTTTTGTTAGGGCGTAGGCAT
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TGCTGGTGCTGCTGCTGCTGCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTACTACCTTCTCAGCCCTGTCCCTGTCCCTGTCCCTGTCCCTGTTCCTCGCCCTCTCT
CTGGCTGCTTGCTTGATGCCTGCCTCCGTGTGGATGTGTGTGTGAGATTCTGTGAACCAAGCTGGCTTAAGTGGGCTCCGGGGAATGCATATGCAGATGC
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ATACCCTGTTTGCTGAATTGTTGCCCTTTCTTAACTGCAATGCCAATGACCTCTAGTTTCACCGTTTATTCTTTGGCTTAAAAAAACAAATGTTGGAGTT
GTGTATTGTCAAATGTTCTCTTCCATCTGGATTTGGATCTTAATTTACATGTCCATAGTGGTTGATAATTCAAGGTTGGAATTTATTGAAGTGAACCAGC
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TAGACTGTGGTTTTAACTAGTGCTAGTATAGACACATTCATTTAATAGATGGGTGGGTGCTGTTAGACCGTGGATGTAACTAGTGCTAGTATAGACAAAC
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GTTAGCTGCTAGCAGAGGGAAGCTAGCTAATAGCTTTTAATTAGCAGGACAATTAGCTGACCTATTATTTGAGCCCTATTTGGATCCTCCATTTAATACT
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TAAATAGACTATGAAAGTATATTATATGGTGTATCTAATGATAACTCACTTTGTGTCATAAATATTGGTATTCTTTTCTATAAATTCTGTTAAATTTACA
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AGCTAGGTACTTTATTCTGGGTTATTAGTTGTCCTATTAGTTAGGATGTTTGGATCTGCTAGTGCTAATTTTAGCTACTAACAATTAGCATGGGGGCGTT
CTGGCGAATCTGGTCTAACTGCTTGATTACCTTTGCACTAAGAATGGAGATCTGAATACACTTGTTGGTTGAAGCCAGCTTGGCCGCGGTGGTCGATGGT
GTACTGAACTCCCTCTGATAGCACCAATAAGCCAGTCAATCCATCCATGCATCCATCCGTTGATATCTTGTCTTGCTCTTATTTTCTTCCTTCAAGCTGG
CCGAGCAGGCTCCGGCGGGTGTTTGTGTAGATATAAAAAAAAAAGTTTATAAAGGCTCTGACAGACATGAGACATGACCACATGGTGTTTCTGTTGCATT
TTGTGCATGTGGAGCTTGTTCCTGGTATCATGAGTCAGCTTTGAGGATTGCCTTTTTGTTTGATATACTAGCGTGATGATTACTGGTGTTTTTGCAATAA
GAATAAGAATGTATATCTGAATGCACTTCTTCGGTTGAAGTCTGCTTGGCAACTCTGGTTGATTGCTGCTGCTGCCACCGTCTGCTCG