« Back to Saccharum spontaneum search


Detailed information on CNT30468914


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30176441Saccharum spontaneumVigna angularis36.9356.0379.65339forward

Expression of CNT30468914

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (33 aa)
MDCIPLTMESNHLVKGMVRMPCAQHMVRTKHLY*

>peptide 2 (35 aa)
CSLEKSDCMESSWGCLESMHVKGCTWLMKDCSLEK*

Sequence

>CNT30468914
CTGTAGCTTGGAGAAGTCTGACTGTATGGAGTCATCCTGGGGCTGCTTGGAGAGTATGCATGTGAAGGGCTGTACTTGGCTGATGAAGGATTGTAGCTTG
GAGAAGTAGGACTGTAGCTCGGAGAAGTAGGACTGTAGCTCGGTGATGTTGGGCTGTATCCTGGCGAGGTAGGGCTGTATGCAGGTGATGTCGGGCTGTA
TGAGGGAGATGTAGGGCTATATGAGGGGGAAGTAGGACTGTATGATGGGGAGGTAGGGCTGTATGCAGGTGATGTCGGGCTGTATGAGGGAGATGTAGGG
CTATATGAGGGGGAAGTAGGACTGTATGATGGGGAGGTAGGGCTGTATGACGGGGATGTTGGGCTGTATGATGGTGATGTAGGGCTATAAGATGGCGAAG
TTGGACTGTAAGATGGCGATGTGGGGCTGTATGCAGGAGATGTAGGGCTATATGCTGGTGAGGTTGGACTATAAACTGGTGAGGTGGGGCTGTAGCTTGG
TGATGTAGGACTATAGCTAGGAGATGTAGGGCTGTAACTTGGTGATGTAGGACTGTAGCTAGGAGATGTTGGGCTGTAACTCGGAGATGTCGGTGAGTAT
GATGGACTGGTAGGCGAGTAAGTCGGACTTGTTGGGGAGTAATTCGGGCTTGTGGGACTGTAGGTGGGAGAGCCAGGTGTATATGATGGTGAGGTGGGAC
TATAGCTTGGCGATGCAGGGCTGTATGATGGAGAAAGAGGGCTATATCCTTTCTCTGGGGTGAAAACTGGAGAAGATGGACTGTATCCCCCTGACGATGG
AGAGTAACCACCTGGTGAAGGGAATGGTGAGAATGCCATGTGCCCAACATATGGTGAGAACGAAGCATCTGTATTAATGGGGGAAGCCCTGATGTTTGGA
CTCAGCAGATAACTTGGG