« Back to Saccharum spontaneum search


Detailed information on CNT30468704


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT3042412Saccharum spontaneumPrunus dulcis22.6537.6581279forward
CNT30554580Saccharum spontaneumOryza glaberrima37.0967.2185.12457forward
CNT30596736Saccharum spontaneumOryza meridionalis37.0960.5384.68457forward
CNT3028162Saccharum spontaneumTheobroma cacao22.6549.7383.15279forward
CNT30149777Saccharum spontaneumBrachypodium distachyon39.5352.8886.04487forward

Expression of CNT30468704

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (33 aa)
MDCIPLTMESNHLVKGMVRMPCAQHMVRTKHLY*

>peptide 2 (35 aa)
CSLEKSDCMESSWGCLESMHVKGCTWLMKDCSLEK*

Sequence

>CNT30468704
TGTAGCTTGGAGAAGTCTGACTGTATGGAGTCATCCTGGGGCTGCTTGGAGAGTATGCATGTGAAGGGCTGTACTTGGCTGATGAAGGATTGTAGCTTGG
AGAAGTAGGACTGTAGCTCGGAGAAGTAGGACTGTAGCTCGGTGATGTTGGGCTGTATCCTGGCGAGGTAGGGCTGTATGCAGGTGATGTCGGGCTGTAT
GAGGGAGATGTAGGGCTATATGAGGGGGAAGTAGGACTGTATGATGGGGAGGTAGGGCTGTATGACGGGGATGTTGGGCTGTATGATGGTGATGTAGGGC
TATAAGATGGCGAAGTTGGACTGTAAGATGGCGATGTGGGGCTGTATGCAGGAGATGTAGGGCTATATGCTGGTGAGGTTGGACTATAAACTGGTGAGGT
GGGGCTGTAGCTTGGTGATGTAGGACTATAGCTAGGAGATGTAGGGCTGTAACTTGGTGATGTAGGACTGTAGCTAGGAGATGTTGGGCTGTAACTCGGA
GATGTCGGTGAGTATGATGGACTGGTAGGCGAGTAAGTCGGACTTGTTGGAGAGTAATTCGGGCTTGTAGGGCTGTATGCAGGTGATGTCGGGCTGTATG
AGGGAGATGTAGGGCTATATGAGGGGGAAGTAGGACTGTATGATGGGGAGGTAGGGCTGTATGACGGGGATGTTGGGCTGTATGATGGTGATGTAGGGCT
ATAAGATGGCGAAGTTGGACTGTAAGATGGCGATGTGGGGCTGTATGCAGGAGATGTAGGGCTATATGCTGGTGAGGTTGGACTATAAACTGGTGAGGTG
GGGCTGTAGCTTGGTGATGTAGGACTATAGCTAGGAGATGTAGGGCTGTAACTTGGTGATGTAGGACTGTAGCTAGGAGATGTTGGGCTGTAACTCGGAG
ATGTCGGTGAGTATGATGGACTGGTAGGCGAGTAAGTCGGACTTGTTGGGGAGTAATTCGGGCTTGTGGGACTGTAGGTGGGAGAGCCAGGTGTATATGA
TGGTGAGGTGGGACTATAGCTTGGCGATGCAGGGCTGTATGATGGAGAAAGAGGGCTATATCCTTTCTCTGGGGTGAAAACTGGAGAAGATGGACTGTAT
CCCCCTGACGATGGAGAGTAACCACCTGGTGAAGGGAATGGTGAGAATGCCATGTGCCCAACATATGGTGAGAACGAAGCATCTGTATTAATGGGGGAAG
CCCTGATGTTTGGACTCAGCAGATAACTTGGG