Detailed information on CNT30379737


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT3058692Manihot esculentaAmborella trichopoda2.2226.9489.42104reverse complement

Expression of CNT30379737

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (48 aa)
MLLFVLFMFCFPLPFVYVYSFTHTKPKKCVQNKVMRFFSEEIFVWSSN*

>peptide 2 (52 aa)
KFHLNIFFFGLHQIGMCGTSKAQLSINFLLYFLLLYYYICYITIFVIFFYLL*

>peptide 3 (40 aa)
MFHSGTWVASSCYSRIGCVNACLSSMLLWMIGAPAVHATS*

>peptide 4 (38 aa)
MICKHRGSHWGWVGWGLRCSSLPQPSFIPSKYINNDYC*

>peptide 5 (36 aa)
MLLEVEHWTLLMLCLIFQGKLHLIIGEGSFALHSVV*

>peptide 6 (33 aa)
MRLYRDFYGRCGSSFCWDGNGGWKILGLEIVVL*

>peptide 7 (47 aa)
MGCLILLLKNRLCKCLSELHVIMDDRSPSSARNIIILGSNGISSINS*

>peptide 8 (46 aa)
MQASRESSEGGRALDPPPSLNPPKIPSYAYMCTCVCLVSSLHLDLV*

>peptide 9 (45 aa)
MIICFLVYVDYILFFVSFGNPCCDFGQVSADQLLVSHLEVRVLVK*

>peptide 10 (41 aa)
MSNKCRSKSLFCYVCACVFTVQLTFVTEIALHERSTKLCNE*

>peptide 11 (32 aa)
MKKYGVINEENIAGSKVALVYGQMNEPSGAQT*

>peptide 12 (32 aa)
MLSMFLLQLYDYLLPCLCRLHSFFCQLWQPLL*

Sequence

>CNT30379737
TGAAATTTCATTTAAACATATTCTTTTTTGGACTGCATCAAATTGGCATGTGTGGAACATCTAAAGCCCAATTATCAATTAATTTTTTGTTATATTTTCT
ATTGTTATATTACTATATTTGTTATATTACTATATTTGTTATATTTTTCTATTTATTATAGTATCATATTACATAAAACCCTCAAAACAATAAACTTGTG
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TACTGAGTCCTTAAGTTATCTAGGAGAGGATACTAACTTGCTTGTTGATTGTTTTTACTCTTTGTTTAATTGAAGGTGTAATCTTTGGAACAAGTGGTTG
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TCTTATTTTAAACTATATGATGTCTAACTTAAGTTAAATAATCTATATTTTATATATTTATATTTATTATGCATTTGTATACATTGTTTTGAATTAAATA
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GGTCTTCTTTTTGTTGGGATGGTAATGGTGGATGGAAGATACTAGGGCTTGAAATTGTAGTTTTGTGAAGAAAATTAAGCTAATGAAGGATAGACTTAAA
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TTAACTAGGTTTGTAGTTTTGCACTCCTATGCAATGATCTAAAGCTTGTTTAATTAATGGGGGAGCTAAAAATCTATAGGGCAATCCAATGCTGAAGGTT
TTTTCATTTTACATCAGTACTGAGTTTTGGTTAGTCTGATTGTTCTCTTCTAATAATGATGTTGCTTAATGGTGTTAATAATACTTGCAGGATTCAGGTA
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CCTGTGAAGGAAATGATCTTTACATAGGAATGAAAAAATATGGAGTAATTAATGAAGAAAATATTGCAGGATCAAAAGTGGCTTTAGTCTATGGTCAGAT
GAATGAACCGTCGGGAGCTCAAACTTGAGTCGACATTGGTTGTGACCAAACTCCTAGAGGGTGATAGTGAATAACATTTACAGATGACCTTTGGGTTGTA
CATGCAGGTGAGAGACATATTGGCTTTAGTTTAATGATCTGTCTGGACTTGCATTGTTTGATTTGGATGTATTATCATGGTGAATGAGGAGATTGGTTAC
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CAGCTTTGGCAACCCTTGCTGTGATTTTGGCCAAGTCAGTGCCGATCAACTGTTAGTTTCTCATTTGGAAGTACGTGTTCTAGTAAAATGAAAGCTTAGT
TGTGATTTATCTCATACTCATCCTCATGCATGTCAAATAAGTGCCGGAGTAAAAGTCTTTTCTGCTATGTTTGTGCTTGTGTTTTTACTGTGCAATTAAC
TTTTGTTACAGAGATTGCCTTGCATGAGAGAAGTACGAAGCTTTGCAATGAATAAGCTTATTGATTGGAGAGTTTGATCCAACTTGGAGGTGGAATCTAC
TAGAAGGGTGTGAAAGGCAACAAGCTGATGTTATTGGAAGTAGAACATTGGACGCTGTTGATGTTATGCCTGATTTTTCAGGGAAAATTACATTTGATTA
TTGGTGAAGGCAGCTTTGCTCTTCATTCAGTTGTTTGATTAATAAACCAGACTCGATCATCGGCCGATCAAGTGAAGCATAAATGGTGTATATGCATGAT
TAGGCCATAACGACACACTCTGATCCTAAAAGAAACTACATTTTTCTAGCATATATGTTTCACAGTGGAACATGGGTTGCCTCATCTTGTTACTCAAGAA
TAGGTTGTGTAAATGCTTGTCTGAGCTCCATGTTATTATGGATGATAGGAGCCCCAGCAGTGCACGCAACATCATAATATTGGGCTCAAATGGAATTTCT
TCAATCAACTCTTGATTTCTCCAATAACGAGAATATACAAGTATAATGCTCCATCTAGATGAGAGTAAAGATGTTGGTGAAACAAATCATCG