Detailed information on CNT30378086


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot:
sp|Q8S8S7|PUB34_ARATH, E-value = 4e-109

BLAST vs NONCODE:
NONATHT003439, E-value = 0.0

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30559435Arabidopsis thalianaActinidia chinensis2.5725.4789.3694forward
CNT30541001Arabidopsis thalianaBrassica napus2.3525.6788.3786reverse complement
CNT3061557Arabidopsis thalianaArabidopsis lyrata12.4547.6485.05455forward

Expression of CNT30378086

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (30 aa)
MRSCSLSDKDWIKKPEDGTRGGASVLVIGL*

>peptide 2 (74 aa)
MYRRFRSFLEFFFTGQRYCFLIVLLFLETLTFASLFNFTKICFSIHYNFINIEIPFHTKTFLKMILGIKLLVTS*

>peptide 3 (48 aa)
MVTEESEHTWWLSCIFEGSMLEAMCAHSLSVTPFSPSPSLSLSLQHFI*

>peptide 4 (51 aa)
MICKPLCSFFDLFYTIFSVANIVMCQSTHCAVFVLFFTYSFHLCLLPSLSF*

>peptide 5 (41 aa)
MTYTEQKSGVDFIMLDCTSCGLLNIKDLAKVFFVDAPNTRLL

>peptide 6 (52 aa)
MSTVLNKKLAQIKLFTFLFAVSASLQAELYMSIVCLSSSFSLLISASISFCK*

>peptide 7 (52 aa)
MNQHIKMSIDIPLLCRLCNFMIATPSLCVPFFFRRLSIERDIPIGLISSAYI*

>peptide 8 (33 aa)
MFSQLPLSLILCTSLIYMGIMTILLTCTLFAIW*

>peptide 9 (37 aa)
MWSRFQLFLFLIFYDRCIEDSDLFLSFFLLVKDIVFL*

>peptide 10 (33 aa)
MSIRLILWLTFLFVGIQGLCNKTFLPQMSCGIA*

>peptide 11 (43 aa)
MHHDKNPYYFEKRDQLNPSLQTHHQIHQKTNFVTWDFFGRQLD*

Sequence

>CNT30378086
GCCAAAGATAAAGAAACACCTATCCTATAATAATTTAGAGCAATATACCTCCATAATGGAACATCTATATATATAAAGGTATCCGTATATCTCTATATAT
TATATTCATTGAGTTTAAAGTGGCTAGGGTTTATAGATGTATGTGATATTAAGAGATATGAAACATATTTGTCGACGGTTTGAGTGGTGAGGAATTGATG
GTGACAGAAGAGAGTGAGCACACATGGTGGCTTTCTTGCATATTTGAAGGTTCCATGCTTGAAGCTATGTGTGCTCACTCTCTATCCGTCACCCCCTTCT
CTCCCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTACAGCATTTCATTTAGTTTTTAGAGTTAAACATTTTGATTTTGATTTTTACATCCATTCTTTTGGTTTTACA
AACATGAATCAGCATATTAAAATGTCAATTGATATACCATTGTTATGTAGATTGTGTAATTTTATGATCGCCACACCCTCCCTCTGCGTCCCCTTTTTTT
TCCGGCGTCTCTCTATCGAGAGAGATATCCCGATTGGCTTAATCTCATCAGCTTACATATAGTTTGGTATTTTTGAACCTCTCAATATTTGTGTTAAACA
TTTTGAATAAATATGTGCAGAATTAAAGTCGACTTTATGGAAGATCCAAAGAAATAAATATCAATATTATATAGCAATATATGTGGAGTAGATTTCAATT
GTTTTTGTTTCTAATTTTCTATGATAGATGTATAGAAGATTCAGATCTTTTCTTGAGTTTTTTTTTACTGGTCAAAGATATTGTTTTCTTATAGTTTTGT
TGTTTTTGGAAACCCTAACATTTGCAAGTCTTTTCAATTTTACAAAGATTTGTTTTTCTATACATTACAACTTCATAAACATTGAAATCCCATTTCACAC
GAAAACTTTCTTAAAAATGATTCTTGGTATTAAATTATTAGTAACATCTTAACATGTAGTCTTTTTCTCTTCTTTTAATCTCTTGTTTGTATACTCAAAA
ATTCATATACAAATGAAATCTATCTTGAAGCCTTATTGAAAAAAGAATAACCACACTTCATACCTCTTGGTTGGAGTCTATATGTTTTCACAGCTACCTC
TATCTCTCATTCTTTGCACTTCATTGATTTACATGGGGATAATGACGATCCTTTTAACTTGTACTTTGTTTGCCATTTGGTAAGATAAAGATTTGGCCTT
GTAGGTCGTTTGTCATCTCACACTCTTTACACAAGACATGTCTCAACCAGTTAATGTAAAATTTATTTAAAACAAAAAACAGTCTTACATCAAGTGCTTC
TGCTATTCGAAAAATTAAACGGAATTTAAATTTTAAATCTAGGTATGTACTCCCTGATGTAAAATTTGAAATGGCTCATGTTGTATTTTGAAAATTGTAA
TAAAAAAAGACAAACTTTATGAGAAGAGAGACTCGATTCGAATTCCAACATGAGCCATTGTATGAATTGTATATGAAGTTTAATTAATTGTTTACATTGT
GTGTATATTTCAAAATATATGTTTCTTCTTTTTTTGTCATATCCATTCGTTAGTTCTCTCATCACCATCATTCCCAAAGTTTTTTAATCTAATAAGATGT
GGGACTACTTCCTTCCCAAGATCTGGTCTATCTCTTTTTCTTAGCTCCGCACATTTCAACGCTAGAGTAGCAAAAGATTGAGCCTCTTGTACAGGCCAAT
CAGGCACAACGGGGTCAAGCATTTCCTTGAAAGTTCCTTTACTAATTGCCCTTGAAACTTGGTGAGCCAGCCCCATGGGAGGCCTTCCGGTTATAATCTG
AAGTAGCAATATCCCCAATGAGTATACGTCTGATTTTGTGGTTAACATTCCTGTTTGTTGGTATTCAGGGTCTATGTAACAAAACGTTCCTGCCGCAGAT
GTCATGTGGAATTGCGTGACGCTATCAGCTATCGATGCGGGGACTAACCGCGCTAAACCAACGTCGCTGATCTTGCTCACGTAGTTTTTGTCTAAGAGTA
TATTGGCTGGTTTTAGGTCGCGGTGAACTAAAGGTTCTGGCTTAGCTTGATGAAGGAATGAGAGTGCGGTAGCAATCTCCGCCGCTATTTCAAAACGTTT
CCTCCACGAAAGCGGTGGAGAGTTTCCAGTACGAAAAAGTCTATCCTCTAAGCTCCCATTTTCCATGAACTCGTAAACCAAACATCCATATTCAGGACAT
GCACCAAGGAGAAGAACCATGTGAGGATGCCTTATGGAACATAGAACCTCAACCTATAAAATAAGAACAAAAATATGTATGATTTACGCAAAAGCATAAA
ACAAAATAGAAAATAGATAAAATCTTACTTCTTGTTGAAATTGTTTTTTTCCTTGAGCAGCATCAGGTCTTAAAACTTTAATGGCAACAGGAGTGTGGTC
AAGTTCACCATTGTACACAGGTCCATATCCTCCTTCACCAATCTTCCTATGATTTGCAAACCTCTCTGTAGCTTCTTCGATCTCTTCTATACTATATTTT
CTGTAGCGAACATCGTTATGTGCCAAAGCACTCACTGCGCGGTCTTTGTCCTTTTCTTCACTTACAGCTTTCATCTCTGCTTGCTTCCTTCTTTGTCCTT
CTAGTTCAGCCATTCTTTGAGCTTTCTCAGCTGCTTCTACGGCTGTTCTACACTTTGCTTTCTCGATTTCAGCAACTGCCAATGCTGCTTCTTCAGAAAG
CCTCGCTTTCTCGAATTTACGAGCTTCTTCTATCTTCCATTGATTTAGCTCGTTTGCCTAGAAAATAAAAGAAGCCATGAGTACCGTGCTCAACAAGAAA
CTTGCTCAAATTAAACTATTTACCTTTCTTTTTGCCGTAAGTGCTTCTTTACAAGCTGAGCTATACATGTCCATAGTTTGCTTAAGTTCAAGCTTTAGCC
TTCTCATCTCAGCTTCAATATCTTTCTGCAAATAAAGCAACAACCATATTTACATTTAGAGCCTTTCAAACTTAATTCTTGAACCTAAAAAGAAATTCGT
TCAAGAAAACGTACAGTTGATTGTGGAATTGACTCTTCTGAAGAACTCGATGCACCATGATAAAAATCCATACTATTTTGAGAAGAGAGATCAACTGAAC
CCATCACTCCAAACCCACCATCAGATTCATCAGAAAACGAACTTTGTAACGTGGGATTTCTTTGGAAGGCAGCTTGATTAAAGCCGTTGTTGAAATCCAT
CGACCCATTTATAGGGCTTTTGTAACCTTTTTGCGTCGTGTTGAAGGCGGCACGATTATGCGGATAAGTAGTCTCATTAGGTTTGTTCCTTGCACTACGC
TGGACCCTAAAACGTATCAAGAAAACAATAACATTTGCTTTTAGTAAAAGTTTTGAGAGAAAACTGATAAAAAGAACCGAAGGTTGGGTTACCTAGGTAT
GAGATCTTGCTCGCTATCGGATAAAGATTGGATTAAAAAGCCAGAGGATGGAACACGAGGCGGGGCAAGCGTATTGGTGATAGGTCTTTGAGCTGGTCGG
GAAGACTGAACTTTCCCTCCTTTAGAAATGACATACACCGAACAAAAATCAGGCGTCGATTTCATTATGCTAGATTGCACCTCATGTGGTTTACTAAACA
TAAAAGACCTAGCGAAGGTGTTCTTCGTGGATGCTCCCAATACAAGATTGTTAAC