Detailed information on CNT30358521


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONCSAT002465, E-value = 7e-22

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30626868Lactuca sativaDaucus carota4.3925.2986.92130forward

Expression of CNT30358521

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (46 aa)
MKQKNKSAMAALMKLKRLCILLPMLILQNIQLIRFRFPSIVKAKGP*

>peptide 2 (41 aa)
MKKLTSVSYIFQMKKYKRQKQKTLIRYLQTYFFKFIVISVL*

>peptide 3 (45 aa)
FGIIIINFLTLDILDVSFFFLPPPMLLLHASFSPLQVGSDIWLTT*

>peptide 4 (33 aa)
MYVMYHKKPKIAFGKYNINFSFDFNPMPTIHFR*

>peptide 5 (37 aa)
MCQKNYANDEFGVRSAIHNEYLLYLMRHLGRLYVEFF*

>peptide 6 (30 aa)
MVEPPMIMCINQAMSSNNFCEPSQKLLSLS*

Sequence

>CNT30358521
ATTTTGGTATAATTATAATTAATTTTTTAACCTTGGATATATTGGACGTCTCTTTCTTCTTCTTGCCTCCTCCTATGCTTCTTCTTCACGCATCCTTCTC
ACCTTTGCAAGTGGGTTCCGATATTTGGTTGACGACTTAAATGGAGGAGACGACGTTTGCCATTGATCTGACACTTACAAATCGTCGGAATCCCTGATTC
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CCCTAAATTTTTGGATCGCTTAGAGCCCCCAAAATGGTTGAGCCGCCTATGATAATGTGTATAAACCAAGCCATGTCGAGTAATAATTTTTGTGAACCAT
CACAAAAATTATTAAGTCTTTCCTAAAGGACTTAAGGGACTCTTCAAAAGGTATTCAAGCCCTA