« Back to Brassica rapa search


Detailed information on CNT30262672


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot:
sp|A4QKG5|TI214_BARVE, E-value = 0.0

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30531354Brassica rapaEucalyptus grandis9.5425.688.73683forward
CNT30317759Brassica rapaCorylus avellana10.1435.6188.43726forward
CNT30615574Brassica rapaSesamum indicum7.7137.0787.5552forward
CNT30269412Brassica rapaChenopodium quinoa7.2727.6488.08520forward
CNT30406240Brassica rapaBeta vulgaris1.849.8192.25129forward
CNT30201824Brassica rapaPisum sativum5.8778.6589.52420forward
CNT30712407Brassica rapaGlycine max8.6349.8484.63618forward
CNT30569543Brassica rapaActinidia chinensis22.3433.4189.431599forward
CNT30237694Brassica rapaBrassica oleracea8.354.2599.49594forward
CNT30556103Brassica rapaOryza glaberrima2.0748.5289.19148forward
CNT30313805Brassica rapaCamelina sativa4.7885.7192.4342forward
CNT3077153Brassica rapaBrassica juncea2.9228.4100209forward
CNT30612782Brassica rapaArabis alpina3.5657.8291.37255forward
CNT30608772Brassica rapaGossypium raimondii1.5835.9997.35113forward
CNT30689544Brassica rapaTriticum urartu24.2427.7883.291735forward
CNT30360555Brassica rapaLactuca sativa8.1253.0688.81581forward
CNT30152193Brassica rapaPrunus persica15.7725.8486.451129forward
CNT30425744Brassica rapaPapaver somniferum4.1910086.33300forward
CNT3057989Brassica rapaAmborella trichopoda1.8925.7192.59135forward
CNT30321088Brassica rapaAsparagus officinalis4.0530.9583.1290forward
CNT3035415Brassica rapaCucumis melo5.3457.1988.48382forward
CNT30148081Brassica rapaBrachypodium distachyon5.8441.2683.49418forward
CNT30116024Brassica rapaOryza nivara3.3553.5786.67240forward
CNT30723989Brassica rapaLupinus angustifolius5.9830.787.62428forward
CNT30114853Brassica rapaEutrema salsugineum1.2324.4493.1888forward

Expression of CNT30262672

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (74 aa)
MVLYIISWPSFFTDKRTGSTINIPFFINFEKVKFFSIIRISKLISPLSIQDIVISVGFFSLTKKQYAFTLLRIF*

>peptide 2 (63 aa)
MKFLRIFFFSPHISNEKKKFLSILSKKRGECAFACNNSQITVLRLWERMDPLIISRRKSDCCE*

>peptide 3 (47 aa)
MQSEVNYIENDFVTSFSIDLFRNLKGFYLSIHNERFLVLEKNLLFDS*

>peptide 4 (49 aa)
MNLLVFATEFPIQIHRKTHNDQLYEDPMVFRMRVTLVRINPNLLLLPHQ*

>peptide 5 (30 aa)
MHLKSRIHVYSYHTEIISISRIKPIAIHTS*

>peptide 6 (30 aa)
MKDSLFLKKIFYLILNKKGCYVYVIFKKRL*

>peptide 7 (44 aa)
MTHGFILYVLENNKNSGKKKKSKFVIRGLSISSFIPIQSKKFIF*

>peptide 8 (39 aa)
MLPSIVIISANFILLTSSGRICKLIKPGGRIFHLQGKPL*

>peptide 9 (37 aa)
MFFGQENQSHILHPLTASRCRFSFHSHAKCSELRFCV*

>peptide 10 (36 aa)
FVSLTLFVSGLRLCVLYLGFELLSLFLIRPDITSCL*

>peptide 11 (32 aa)
MCFCLQQFPNNSFTPLGTHGSFNYLSTKIRLL*

Sequence

>CNT30262672
CTTCGTTTCATTAACTCTATTCGTTAGTGGGCTTCGTTTGTGTGTTCTTTATCTGGGCTTCGAGCTGCTGAGTTTGTTCCTTATCCGGCCCGATATAACA
AGTTGTCTCTAACCCTAATGTTCTTCGGACAAGAAAACCAAAGTCACATCCTCCATCCTTTGACGGCGAGTCGATGTCGTTTCAGCTTTCACTCACATGC
GAAATGCTCCGAGTTAAGATTTTGTGTTTAATCCACTCAGTTCGCGTTTTTACCTAATTACCGATCACTTTGTAATATATGTATATGTATAGTAATTTAT
ATAACTGATAGTGAAAACGTCATACGGATAATATTTTTTTTAACCCGCTTCAAGCCCGGCTGACTAATCAACCAACCTTGGGGTAAAGCGATTCTTACGC
TTACGTTTATTTCCATTTAACCTTTGTACATAGGAAATGAGACTTAATTTTTCTTTTTACTGCTAATTTCTGAGCAGTTTTTTTTCACTCATATATAACT
ATCAAATTCCTTTTATTAAGATAAACCCGAAAGATAAATATATATATTCCGTTTTTTTTTTTCATTTTTTTTATCTAGAAGAAACGGAATAAACCTTTCT
GTTTCAACGAATCGCACGTAGAGATATTGATAAAACACATAGAGTTAATGGTATTTCATAACTAATCGCTTGAGCAGCAGCTCGCAGACCACCTAAAAAA
GAATATTTATTATTTGATCCATATCCTGACATAAGAAGTCCGATCGGAGCAACACTTGAGATGGCAATCCATAAAAAAATACCGATATTGAGATCCGCTA
AAACAAGGTGATTGCTAAAAGGAATTACTGAATAACTTAGTAAAATAGAGATAACTGCTATAGATGGTCCAATACTAAATAAAGGAGTATTTCCTCTAGA
TGGACGAAGATCTTCTTTGAAAAGTAGTTTTGTCCCGTCGGCTAAAGCTTGAAGAATTCCTAACGGGCCGGCGTATTCAGGTCCAATACGTTGTTGTATC
CCTGCAGATATTTCTCTTTCTAACCACACAATTACTAGTACACCAGTTATGATTCCCAATACAAGAGAAAATATAGGGACAAATATCCATATGAGTCCAT
AGACCTCTTTTAAAGATTCCAATCTAAGAAAAGAATTTATAGTTTGTACTTCTGTTGCATAAATTATCATTTTAACGATCAACTTCTCCCATAATTATAT
CTATGCTACCGAGTATCGTCATAATATCAGCCAATTTCATTCTTTTAACTAGTTCAGGAAGAATTTGCAAATTAATAAAACCCGGCGGTCGGATTTTCCA
TCTCCAAGGAAAACCACTTTGATCTCCTATGAGAAAAATTCCCAATTCCCCTTTTGGAGCTTCAACTCTTACGTAAAGTTCTTGTTTCGATAATTCAAAA
GTAGGGGAAGGTTTTTTACTAATGAATCGATATTCAAAATCATTCCACTCTGGATTCCTTTTTTTATCAAAGCCTCTGCTTTCTAAATTTTCATAGGGAC
CCCCCGGAAGTCCTTCCAGAGCCTGTTGAATAATTTTGATGGATTCTGTCATTTCGCTAAGTCGTACTAAATAACGAGCTAATGAATCTCCTTGTTTTTG
CCACTGAATTTCCCATTCAAATTCATCGTAAGACTCATAACGATCAACTTTACGAAGATCCCATGGTATTCCGGATGCGCGTAACATTGGTCCGGATAAA
CCCCAATTTATTGCTTCTTCCCCACCAATAATCCCAACGCCTTCAACTCGTTCTAAAAAAATAGGATTTCGTGTAATAAGTTTTTGATATTCAACAACCT
CTGTTAAAAAATAATCACAAAAATCCAAGCATTTATCTATCCAACCATAAGGTAAATCCGCCGCTATTCCTCCAATACGAAAAAAATTATGCATCATTCT
CATACCGGTGGCAGCTTCGAATAGATCATATACAAATTCTCGTTCTCTGAAAATATAGAAAAAGGGAGTCTGTGCCCCAATATCTGCCATAAAAGGGCCA
AGCCATAACAGATGAGAAGCTATACGACTCAATTCTAGCATAATTACTCTGATATAGCTGGCTCTTTTAGGAACTTGAATATTTCCTAATTGTTCGGGTC
CGTTTACTGTTATTGCTTCTGTAAACATAGTAGCTAAATAATCCCACCGCGTTACATAAGGTAAATATTGTATAATTGCTCGGTTTTCTGCAATTTTTTC
CATTCCTCTGTGTAAATAACCCAATATGGGTTCACAATCAACAACATCCTCACCGTCTAGAGTAACAATTAAGCGAAGAACACCGTGCATGGATGGGTGG
TGAGGTCCCATATTGACTATCATAAGATCTTTTCCTGTAACTGGTCTCTTCATAAGTTTTTCCTTGATTCGTTCTGGTATGAATTAGATTGCTGAAAAAG
AAGTTTATTCAAAAATTCAAGATCTAAAAAATTAACTAATTCACAATTTTGGAATTTAACGAGTTTTTAATTCCCGAATATTCAACTGATTAATTAATTC
TTTATAACGTACTCTATTTTTTTTTGACAAATAAGCCAGCAGTCGTTGACGTTTTCCCAGAATTTTTCGTAGACCTCTCTGAGATAAATAATCTTTTCTG
TGCAATTCCAAATGTGAAGTAAGTCTTCGTATCTTATTAGTGAAACTGACTACTTGAAATTCAACAGATCCCTTGCTTTCTTCTTTTTTTTCTTGAAATG
AAATGAATGTATTTTTTATCATAAAAAGAAATCCTTCCCTTTTTAATATGAATTGAAAGATATGAATTTTACTGATCAGTAATAATAATGGTAGTTTTTT
TGTACAAGGATCCGAATTTAATTATCAACTTCTTAATTCTTAATTTTATAAAAAAAAAAGTTTAAATTTCGATCTAAAAAAGGAGGATTTTAAAAATTTA
TTTATGAGTTCGCTCTGAGTGGTATCTATGTCATTAATTCAATGAATCTCATGTATAAAGATTGAATTAAAAAAAATCCCTCACATTTGTGCATCCAATT
GTTTTCATATACCGTAACTTAATACTATCTATATATATAGTCAAAATATAGTAAAAAGGATCTACCATTAATGCATTTGAAATCGCGTATACATGTGTAT
TCTTATCATACTGAAATTATTTCCATTAGTCGTATTAAACCAATAGCGATTCATACAAGCTAAATCTTCTAATCGAAAATTGGGCCAAAGAAAGGATTTT
AATTTAATTAGGTTTTTTTTATCCTTATCAAGATCTTTCTTTTTATTCAAAACTGTGGTCAAGTTTTGAATATTTGTATCAAATTTTGAATTTCTATCCC
TTGCATTTTTTTTTTTTAAATTGAAACAAATTAGAACTCGAAATTCTTTACGTCGTTTAGGGGATAGAATAGTTTCAGGGACAAAGAAATTTAAACTTTT
TTTTTTATAAATATAGCTTTTTTTTTTTGATCTTTTACTTATTTTTTGTTTATTTTTATGAACCAATGAAATCCCGATGGTTCTATATATAATAAGTTGG
CCGTCGTTTTTTACAGACAAACGAACAGGTTCAACAATCAATATTCCTTTTTTCATTAATTTTGAAAAAGTTAAATTCTTCTCAATCATTAGAATATCTA
AGCTCATCTCTCCTCTTTCAATACAAGATATCGTTATCTCGGTTGGATTTTTTAGTCTAACCAAGAAACAGTATGCTTTTACATTATTGAGGATTTTTTG
ATTAAAAAAACAATTCCATCGCAATTGAAAACGCGAATACCTTTTGAGAAATAAGTCAAGTTCCGCTTCGGTATTGCTTTTTGGTTGTTTTTTATTTTTA
CGTTTTTTTATCTTCGATTCTGTATAATTTTCTTCAATATTTTTTTCTTGCTTTGATAGAGCTGATTCCGTATTTATTTTTGTTTCTTTATCTGATTCAA
ACTCTTCTTGACCTGCTGATTCGTTTTCTTCTTTATTTAGATTAAAAAACCGAAGGAATTTTTTTTCGTTTGATGGTATAAAACCTTTTTTCTTTAGGGT
GATCTGTTTATTCACATTTTTTGTTTCATTAAAATTGAAAAGAAGTAATTTAATTGGTATGACCCACGGTTTCATTTTATATGTACTAGAAAATAATAAA
AATTCTGGAAAGAAAAAAAAGTCAAAATTTGTTATACGAGGATTGAGTATTTCTTCATTCATTCCCATCCAATCAAAAAAATTTATTTTTTGATTGGCAA
GACTCGTCTTAGTTATTTTATAAATTCTTTTATAATTCTTAACTTTAGTCTTAATATATTCTTTTTTACTCCTAGTATCAAGCTCAATATTTACTTTTTT
TCTAAACCAAAAGTTGAGAATTCTCCAATCCAAATATTTTCTATGCAAAATTTCCCCTATACTCCGAATATTATATTTTTCTAGAAAACAAGAGATTAAA
AAATTTTCTAGGCCTGTAGACATATCAAAAAATTTTTCTGTAGAATGAATAGATTTGTAGCAAAAAAGATTATATATAGAATCCTTTTTGAAATTCTGTT
TATGTTTTGGATTGAAAAATAAGTTAGCCTCACAAAAATTTTGTTTTTTGTAATTATCAAAAATTTTTTTTTCGTATGAATCCACTTTGTTTAAACTTGG
ATTTAGAACTAGAGAGTCTTGGTTTATTTTTTTTTTCCATTTTTGGGTTACTAATCTAGCCCATGCAATCTGAGGTAAATTATATTGAGAATGACTTCGT
AACCAGTTTTTCCATTGATTTATTTCGGAATTTAAAAGGGTTTTATCTTTCCATTCATAATGAAAGATTCCTTGTTCTTGAAAAAAATCTTTTATTTGAT
TCTTAACAAAAAAGGATGTTATGTATATGTTATATTCAAAAAAAGACTTTAATTTAGAAAAGTTACTAACTTGAATTTGTGATAATTTGTAAAATACATA
TGCTTGTGATAAAGAGCATAAGTCATAACTAAAAAAATTTTTTTTTGATATGAAATTTTTTATAGTCGAAATAAAATAAATGGTATTTTTTTTTATTTTT
TTTTCTCCATTTTCCTCATTCTTGTAAATATATACATCAAGAATTTTTTTTGTTGAATCAACAAAAAGTTGTGTAGTAATTCTTGGAATATTAATAATAC
CTAGAAAAATAGAAATAGACAGTTGTTCAACGCAAAATTTAAAAAAAAAAAAAGATTTACGAATTAATCGAGTTTTTTTTTTTTTTAATGTCTGCCAACT
TTTTTTTGATGACTCAATTATTTTAGAATCATAACACAGTTTGTTACAACTATTAGTTAGTTTTTCTTTTTCTTTTGAAATTTTTTTCGTTTGATTTCTG
ATTGTCTTTATTTTATCAATCACATTTTTTATTTTGTTTTCGCTGAGTGAAGAATTTGGCCACTCCGTCGATTTTTTTTGAACAGATAGTTCATGAATCA
TCTGATTACTCATTATTGAATCTTTTTTAGTTTCATTTAATTCATATATTTCTCTCGGGCCAACTAATGGAATTCTATTTCGTTTTGAAAGGTTTTTTTT
TTTTTCTTTTAGAAAAAGCAAGTTTTTTATAATCCAGTTTTTAATTTCTTTTTGGACTTTTAGGAAAATTGTTGCTCTTTCTTTGAAAATCCTTAAAACC
GGAAAAGACTTCGTTTTGGATTTTTTGATTCTTTTTTTTAATTCTTTAAAAATAGGTTTAAAAAAAGAAGGCTTTGGTTTGGTAGAACCAAAAGGTAGGT
CAGTTTCCAGCCCCCAAACTGTTAAAAAACGAAAATCATTTTTTTCTCCTTTTGTTTTTTTTAGTCGAGCCTTCTGAGATGATTGAAATTTATATTTATG
CCAAGGTTTAAGATAAAACGGAAATAGGATTTTTATCTGAATACCATCCGTTAACCAGTTTCGTGGAAATTCTGTTTCGGATAGTTGAACCCCATTATAA
GTACATTTAACATGCATTTCACGTTTCCACTCCTTTAAATCCTCTTCCCACTCGGGAAGTTGAAATAATACGATACGGATGCTATTTTTAATTATTATCA
ATAAAGGTAATATAATATATTTTCTAAGAATAGATTGAGTTACTAAAATAAAACCTCTTATTATTTGAGCAAATAAGAAGCTATCCCAAGTTTCCGCAAT
TTCTATACGTCTTTGTTCTTCTTTTTTTGATTGTTCTTCTTCGTTTTTATCAAAAAAAAATTTTTTTTTCCACATGAAATTTCTAAGAATTTTTTTTTTT
AGCCCCCATATATCAAACGAAAAAAAAAAATTTTTATCTATTCTATCAAAAAAAAGGGGCGAATGTGCTTTTGCTTGCAACAATTCCCAAATAACAGTTT
TACGCCTTTGGGAACGCATGGATCCTTTAATTATCTCTCGACGAAAATCAGATTGTTGTGAATAACGGATCAAAGCCATTTCATCTGTTTGATCAGAATT
TTGATTATCTTTGAGATTAGTATAAATCTCGTTATGCGGTTCTTTTAAATCAGTAAAAACCACTACACGTTTTGCTTTTCTTGAACGAATTCCAGGTTCG
GTTGGTATATTTTCTTCAGTTTCAGCTTCCAATTCTTCCAATTCACTTGTTAATTTGTATGACCATTGAGGAACTTGTTTATTGATTTCATGGAAATCAA
TAAAATTTTTTATAAGAGTTTGATCATTATTATAAATTATAACGACATCAAATAAAATTTTGAAAATTTTTATTTCTTCTTCTGACTGAATTTTTTCTTC
TTGGGGTTCGGAAAAAAAATAAAGTTTTTTCTCTATTGATAAAGACTTTCTTTTAAATTTTTCTATTGTTTGCTCAAATTTTTGAGAATTAATCTTCAGA
AGTATAGCATGAATTTTGTTTATCCAAGATCCTCTTATATTCTTTTTTTTATAGGTTTTGGTTATGATTTGGAACGGAGATAATTTTTTGATTCTTCCGC
GCGAAATCCCATGTAAAAATGGATCATAAATTTTAGGTAAATATTCTTTTTGAGTTTCGTTATGACAAAATCGAGTTGTTTTTTCCAGTATATTTTCAAT
AGACCCTTTTTTATCTAAAGCTTCAATTCTATTTAAAAATGCGTTTTTTAAATTTTCCTTTTTTTCTTCATTGACCAAACTCCAACAAGTATAAACTTGA
TCCGAGGTTTTTTTTTCTGTTGTAAATGAAGGGATCTTTTTTTTATATTATTTTAAT