Detailed information on CNT3017908


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot:
sp|P48186|ATPF_MAIZE, E-value = 3e-69

BLAST vs NONCODE:
NONZMAT000296, E-value = 0.0

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30632292Zea maysVigna unguiculata26.0315.680.56468forward

Expression of CNT3017908

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (52 aa)
MNLSIHLALPLLFFFFVMYYGYFHIFFLCNEPILYPLFSVCISIYPNLYKTR*

>peptide 2 (49 aa)
MKVDYLAIKFTIFMISSRTKHESFDSFGSPAPFFLFCYVLWLFPYLFFM*

>peptide 3 (35 aa)
MAISISFFYVMSLSSILSFLFVFLYTQTYIRLDEY*

>peptide 4 (40 aa)
MAPRMPILARIVRKCNSVFKQLFRVPRAPCTACWKTRCRT*

>peptide 5 (73 aa)
MSVLYQINSTLAISRLKHFETNTNVVVERVPLFARTSSSLALTVLMVSHYWSIENQSKFTNESRNAMVLPYDF*

Sequence

>CNT3017908
TCTTTAATTTTTTTTTTTTTGGAAGCAAGGGAAAAATAATGCCTAAATTCTAAACAAAAGTAGAAGTTCAAAACCTAATAAATTGAATTATCTCTTCCAT
TCTATGGCCCCGAGAATGCCAATATTAGCACGAATCGTACGGAAATGTAACTCGGTATTCAAACAACTATTCAGAGTTCCTAGAGCTCCTTGTACAGCTT
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GTAGATTATCTTGCTATTAAGTTTACAATTTTTATGATCTCTTCCCGAACCAAACATGAATCTTTCGATTCATTTGGCTCTCCCGCTCCTTTTTTTCTTT
TTTGTTATGTATTATGGCTATTTCCATATCTTTTTTTTATGTAATGAGCCTATCCTCTATCCTCTCTTTTCTGTTTGTATTTCTATATACCCAAACTTAT
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AATTTCAATTTCATTAAGAAAAACTAACTAAATAAATGGAAAATAAAAATTGATAGAATTCCTTTTATTTTTTCTTCAAATCCAAAAAATTTCTCTTTTT
TTTATACATAGGTCGTCGATTTGGCATTGGAAAAAGGGCTGCGTGCCCTTCTAGTAAATAGTTCAAACTATTTTATCGATATGAGTGTTCTATATCAGAT
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GCTTTAACCGTGTTAATGGTCTCACATTATTGGTCTATAGAGAATCAAAGTAAATTTACCAATGAATCGCGAAATGCTATGGTTCTTCCATATGATTTCT
GAAGTTATTCAGAAGTAATTCGTCGAGATCGTGCACCTTTTCTTATTTATCAAAAAAAATACTAAAAATATTCTAAAGTGCAGCCGGATAGATCCAATCT
ATTCTTGAAATAGACAACTCGCACACACTCCCTTTCCAAAAAAAATCAATACACCAACCACTACAGTTAGATTTATTAGATTTGTTGCTAAATATCGGTA
TTAAGCCCGAAACTCCCAGCGAATGGCCAGTGAGCTAAAAAAACAAAAGAATGGGTTACATTTTTCATATGCTCTCCTCTTATAGATAGGACGAACAAAG
AAGAAAGTTTTTCGATTACTTACTTCGCTCGTCCTTTTTTGATCGGTTTTTTTTAATGCAAATAGATTCAATCTAATAATTTCTTTTAGATTAAGTCTTA
GGTCTCGTTTGACCTGTGAAAGATCTCCTTTGTTGAAATGTTCCCAAAATTCCTAAAATAAAAGGAAAAATACTTTCCACTGTCCTAAACTAAGGACGGG
AAGGAAGAGGGCGAGCATATCCTCTAAATTGATCATGCTCAAATCAGCCCTTCTTGGGGTTCCTAGGGTATTGGCTGATTTGAGCATGATCAATTTAG