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Detailed information on CNT30118057


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT002489, E-value = 0.0

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30693197Oryza nivaraOryza sativa83.8635.3487.361574forward

Expression of CNT30118057

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (52 aa)
TASPSRSCALAVAALVPVAAAVFAPPPRAIAGDRSHHHPSQLVFSFHFPCSR*

>peptide 2 (75 aa)
MDKLCYFVWFHLPNYYSKLPIINYVVLVLCYIFIFHFMFKFTTLFMFHSSGSFCLHYSNTMRSHGSAIWIFIHDP*

>peptide 3 (30 aa)
LQPALAAPARLPSPPSSQLPPPSLRRRHGP*

>peptide 4 (33 aa)
MLHIHISLYVQVHDVIHVSFFRKFLFTLFKYHA*

Sequence

>CNT30118057
CTACAGCCAGCCCTAGCCGCTCCTGCGCGCTTGCCGTCGCCGCCCTCGTCCCAGTTGCCGCCGCCGTCTTTGCGCCGCCGCCACGGGCCATAGCCGGAGA
CCGCAGCCACCATCATCCATCACAACTGGTGTTTTCTTTCCATTTTCCTTGTTCCAGGTGAGTTCCTGCTGCTGCTCCTTCTATCGTTGCCGATCTGCTG
TTGCTGCTGCGGTTGCTGCCGATCTGCTGTTGCTGCTGCTTGTGCGTTGCTGCTGCTATTGGGTGTTGAGCCGATCTGCTGTTGCTGCTGCTTGATCAGA
GAGAAGGGTACAGAGAGATTGTACAGGGGGAAGAAGGAAAGGAAAAGACAGAGTAACGTTGAGGAATTTCAGCGATTTCGCAAATTAGGGTAATTTGTCG
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GGTGCTTGAATATAGGCTGAAATTGTATTTTCAATTCTGGTATTAAATCATCGGAATTCAGGTTAGTTGTCCTAAATAAAGTTTGTAGTCATCGCCGATG
TATTTCTAACGCCGCTGGTTTCGCTCTATTCTGATAAACGGTTTAGGAGAAACAACAGAAACAGTACTACTGACTGGGTCCGGAAATCAGGACAGCACTT
CGTTTTCCTTAATCTGGGATTTTCAGAGGCATAATCTGATTTTGTGCTCAATATGAAAGTGGTAGAAAATTTTGTCTAGATGTCCAAAGTTGTATTATTT
GCTAGGTTCCGTTAGACGGTTTGTGAGTTACGCATAAAACAGTAATACAACAGTTATAGGTTATTTAATACAAATCGGTAAAAAAATTATATGAACTGGG
TTTCGATTTTAGTAAATATCCTTGTAACTATCATTAGTTGAATATAGTGGTTTATGCGTAGTTTTGGCTCCACAGTTGTTGAGGGTTCCAACATTGGAGG
AGTTGAGTCGGATTATCGAAGGAGTTAAGGCAAGTACAATACGGACTTGTGTGATGGATAAACTGTGTTACTTTGTTTGGTTTCACTTACCCAATTATTA
TTCGAAGCTTCCTATTATCAATTATGTAGTGTTGGTATTATGCTACATATTCATATTTCACTTTATGTTCAAGTTCACGACGTTATTCATGTTTCATTCT
TCCGGAAGTTTTTGTTTACATTATTCAAATACCATGCGTAGTCATGGGAGTGCAATTTGGATCTTTATTCATGATCCTTGAGAAGCGTTGATCACGCTTG
CTCGGCTTACCGGTAATGCTAAAAGGATATTCACACCTGCCCGGAAGGGAACTACTACTTTTTGCCTCCTTCGTTTTAAATTAAAGGAAGTCAAATGTTC
CATATTGGTTTTCTTATTGCATTAAACCTGTGTATATTTTACTAGTTCAATATTGTACTTGCTGAGTATTCTTTACTCATTCTTGTGTTTTATTTGGTTT
TTAGGTACCTAATGATATTGATTGGCATGGGAAGGGAGTAGCACCCTTGAACTACACATTATTATTGCACACTATTGAAATTTAGTTTTAGACTATGTTT
CTGCTTAGCATAAGTTTTGCGTAGAACTTGTAACGGTCATTTAAAGTTCTGGTCCTTATTTTCGAGTGGAATTTGTGGAGGTAGGATGGTTTGGATTGCG
TGGATTATACTGTTATTGAGTTATCTTATAACTTTCTGTCGTGGATGTCCGTATTTTTAGGGGAGACTCTGTCGAAATTTCTAATAATTTTTGGAGTTAG
TGGTTTTTGAGTGTATTTTGGTGTGGCACTCTAGGTACATGGCTACCTGGGGTGTTACACTTAGCAGCTCGTCCGAG